[1]赵小峰,吴桂梅,金磊,等.家兔Neto2蛋白质的生物信息学分析[J].江苏农业科学,2018,46(24):63-67.
　Zhao Xiaofeng,et al.Bioinformatics analysis of Neto2 protein in rabbits[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(24):63-67.
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家兔Neto2蛋白质的生物信息学分析()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第46卷
期数:
2018年第24期
页码:
63-67
栏目:
生物技术
出版日期:
2018-12-20

文章信息/Info

Title:
Bioinformatics analysis of Neto2 protein in rabbits
作者:
赵小峰1;  吴桂梅1;  金磊1;  汪瑶1;  颜景芝2
1.徐州医科大学国家级基础医学实验教学示范中心，江苏徐州 221004；
2.江苏省脑病生物信息重点实验室/徐州医科大学生物化学与分子生物学研究中心，江苏徐州 221004
Author(s):
Zhao Xiaofeng; et al
关键词:
家兔; Neto2; 生物信息学; 序列分析; 氨基酸序列
Keywords:
-
分类号:
S852.2
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为分析和了解家兔Neto2蛋白质的基本信息，研究其结构和功能。利用NCBI、ExPASy和CBS网站中的各种分析工具，对家兔Neto2蛋白质的结构特征和功能进行分析。结果表明，家兔Neto2蛋白质由518个氨基酸残基组成，等电点为6.34，分子量为58 742.06 u，为不稳定的跨膜亲水蛋白质；二级结构主要由α-螺旋、折叠延伸链和无规卷曲构成，含2个CUB和1个LDLa保守结构域，有62个磷酸化位点和3个糖基化位点，三级结构中长链卷曲分布较多；系统进化树分析发现，家兔Neto2蛋白质与啮齿目Neto2蛋白质进化关系最近。家兔Neto2与Necab1、Necab2、NCK1、SHCBP1、Grik5等蛋白质存在相互作用。结果可为进一步研究家兔Neto2蛋白质的表达和生物活性提供试验依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Lomash R M，Sheng N，Li Y，et al.Phosphorylation of the kainate receptor (KAR) auxiliary subunit Neto2 at Serine 409 regulates synaptic targeting of the KAR subunit GluK1［J］. Journal of Biological Chemistry，2017，292(37)：15369-15377.
［2］Griffith T N，Swanson G T.Identification of critical functional determinants of kainate receptor modulation by auxiliary protein Neto2［J］. Journal of Physiology，2015，593(22)：4815-4833.
［3］Tomita S，Castillo P E.Neto1 and Neto2：auxiliary subunits that determine key properties ofnative kainate receptors［J］. Journal of Physiology，2012，590(10)：2217-2223.
［4］Copits B A，Swanson G T. Dancing partners at the synapse：auxiliary subunits that shape kainite receptor function［J］. Nature Reviews Neuroscience，2012，13(10)：675-686.
［5］Ikai A. Thermostability and aliphatic index of globular proteins［J］. Journal of Biochemistry，1980，88(6)：1895-1898.
［6］付海辉，辛培尧，许玉兰，等. 几种经济植物UFGT基因的生物信息学分析［J］. 基因组学与应用生物学，2011，30(1)：92-102.
［7］杨佳栋，刘月琴，张英杰. 山羊FSHR基因编码蛋白的结构及功能分析［J］. 河南农业科学，2017，46(7)：120-124.
［8］薛澄，周晨辰，许晶，等. 基于常染色体显性多囊肾病基因芯片数据的生物信息学分析［J］. 协和医学杂志，2017，8(2/3)：171-177.
［9］Collingridge G，Olsen R J，Spedding M.A nomenclature for ligand-gated ion channels［J］. Neuropharmacology，2009，56(1)：2-5.
［10］Straub C. Distinct functions of kainate receptors in the brain are determined by the auxiliary subunit Neto1［J］. Nature Neuroscience，2011，14(7)：866-873.
［11］Lerma J，Marques J M. Kainate receptors in health and disease［J］. Neuron，2013，80(2)：292-311.
［12］Kidd F L，Isaac J T. Developmental and activity-dependent regulation of kainate receptors at thalamocortical synapses［J］. Nature，1999，400(6744)：569-573.
［13］Zhang W，St-Gelais F，Grabner C P，et al. A transmembrane accessory subunit that modulates kainate-type glutamate receptors［J］. Neuron，2009，61(3)：385-396.
［14］Sheng N Y，Shi Y S，Nicoll R A. Amino-terminal domains of kainate receptors determine the differential dependence on Neto auxiliary subunits for trafficking［J］. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，2017，114(5)：1159-1164.
［15］Tang M，Ivakine E，Mahadevan V，et al. Neto2 interacts with the scaffolding protein GRIP and regulates synaptic abundance of kainate receptors［J］. PLoS One，2012，7(12)：e51433.
［16］Vernon C G，Swanson G T. Neto2 assembles with kainate receptors in DRG neurons during development and modulates neurite outgrowth in adult sensory neurons［J］. Journal of Neuroscience the Official Journal of the Society for Neuroscience，2017，37(12)：3352-3363.
［17］韦雪芳，王冬梅，刘思，等. 信号肽及其在蛋白质表达中的应用［J］. 生物技术通报，2006，22(6)：38-42.
［18］章晓联. 蛋白糖基化与免疫［J］. 中国免疫学杂志，2004，20(4)：290-293.
［19］刘振宇，谢荔岩，吴祖建，等. 孔石莼质体蓝素氨基酸序列分析和分子进化［J］. 分子植物育种，2005，3(2)：203-208.
［20］杭柏林，徐军，胡建和. 鸡内源性抗菌肽LEAP-2的生物信息学分析［J］. 江苏农业科学，2018，46(6)：46-50.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2018-06-14
基金项目：江苏省自然科学基金(编号：BK20141150)；江苏省高校自然科学研究重大项目(编号：17KJA180012)；江苏省徐州市科技计划(编号：KC16S248)。
作者简介：赵小峰(1982—)，男，安徽萧县人，硕士，实验师，主要从事疾病的分子生物学机制研究。E-mail：xxzh2020@163.com。
通信作者：颜景芝，博士，副教授，主要从事癫痫发病分子机制研究。E-mail：yanjingzhi@xzhmu.edu.cn。
更新日期/Last Update: 2018-12-20