[1]陈欣瑜,周荃,罗梅,等.花生黑腐病菌碳水化合水解酶的全基因组分析[J].江苏农业科学,2019,47(22):52-56.
Chen Xinyu,et al.Whole genome analysis of carbohydrate hydrolase in Cylindrocladium parasiticum[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(22):52-56.
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花生黑腐病菌碳水化合水解酶的全基因组分析(
)
《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]
- 卷:
-
第47卷
- 期数:
-
2019年第22期
- 页码:
-
52-56
- 栏目:
-
生物技术
- 出版日期:
-
2019-12-20
文章信息/Info
- Title:
-
Whole genome analysis of carbohydrate hydrolase in Cylindrocladium parasiticum
- 作者:
-
陈欣瑜; 周荃; 罗梅; 董章勇
-
仲恺农业工程学院,广东广州 510225
- Author(s):
-
Chen Xinyu; et al
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- 关键词:
-
花生黑腐病菌; 寄生帚梗柱孢霉; 水化合水解酶; 全基因组; 分析
- Keywords:
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- 分类号:
-
S435.652
- DOI:
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- 文献标志码:
-
A
- 摘要:
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花生黑腐病(Cylindrocladium black rot of peanut,简称CBR)是由寄生帚梗柱孢霉(Cylindrocladium parasiticum Crous,Wingfield & Alfenas)侵染引起的一种严重的检疫性病害,给农业生产造成了巨大的经济损失。以笔者所在实验室前期获得的花生黑腐病菌全基因组18 366个蛋白序列为基础,利用CAZymes Analysis Toolkit预测程序进行注释,共获得注释碳水化合水解酶(CAZymes)1 197个,分为6个家族,分别为191个辅助酶(auxiliary activities,简称AAs)、137个糖基转移酶(glycosyl transferases,简称GTs)、422个糖苷水解酶(glycoside hydrolases,简称GHs)、48个多糖裂解酶(polysaccharide lyases,简称PLs)、300个碳水化合物酯酶(carbohydrate esterases,简称Ces)、99个碳水化合物绑定结构(carbohydrate-binding modules,简称CBMs)。根据Blast2GO对花生黑腐病菌CAZymes蛋白的功能分析结果,将CAZymes分为3大类分别为生物进程、细胞成分、分子功能类。该研究可为进一步解析CAZymes的功能奠定基础,为深入研究该致病菌侵染植物的作用机制提供了一定的理论依据。
- Abstract:
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参考文献/References:
[1]Bel D K,Sobers E K. A peg,pod,and root necrosis of peanuts caused by a species of Calonectria[J]. Phytopathology,1966,56(12):1361-1364.
[2]Wheele T A,Black M C. First report of Cylindrocladium black rot caused by Cylindrocladium parasiticum on peanut in texas[J]. Plant Disease,2005,89(11):1245.
[3]Wright L P,Davis A J,Wingfield B D,et al. Population structure of Cylindrocladium parasiticum infecting peanuts(Arachis hypogaea) in Georgia[J]. European Journal of Plant Pathology,2010,127(2):199-206.
[4]Tazawa J,Takahashi M,Usuki K,et al. Nodulation during vegetative growth of soybean stage does not affect the susceptibility to red crown rot caused by Calonectria ilicicola[J]. Journal of General Plant Pathology,2007,73(3):180-184.
[5]刘会梅,王向军,封立平. 花生黑腐病研究进展[J]. 中国植保导刊,2010(5):19-21.
[6]盖云鹏,潘汝谦,徐大高,等. 进境检疫性有害生物——寄生帚梗柱孢霉[J]. 植物检疫,2014(4):76-81.
[7]潘汝谦,关铭芳,徐大高,等. 警惕花生黑腐病菌的入侵[J]. 植物保护,2011,37(1):164-165.
[8]潘汝谦,关铭芳,徐大高,等. 花生黑腐病菌的生物学特性[J]. 华中农业大学学报,2011,30(6):701-706.
[9]蓝国兵,何自福,佘小漫,等. 广东花生主要品种对黑腐病菌的抗性水平鉴定[J]. 生物安全学报,2016,25(3):214-217.
[10]陈相永,陈捷胤,肖红利,等. 植物病原真菌寄生性与分泌蛋白组CAZymes的比较分析[J]. 植物病理学报,2014,44(2):163-172.
[11]van den Brink J,de Vries R P. Fungal enzyme sets for plant polysaccharide degradation[J]. Applied microbiology and biotechnology,2011,91(6):1477.
[12]Lombard V,Golaconda Ramulu H,Drula E,et al. The carbohydrate-active enzymes database (CAZy) in 2013[J]. Nucleic Acids Research,2014,42(1):490-495.
[13]Cantarel B L,Coutinho P M,Rancurel C,et al. The carbohydrate-active enzymes database (CAZy):an expert resource for glycogenomics[J]. Nucleic Acids Research,2009,37:233-238.
[14]Park B H,Karpinets T V,Syed M H,et al. CAZymes analysis toolkit (CAT):web service for searching and analyzing carbohydrate-active enzymes in a newly sequenced organism using CAZy database[J]. Glycobiology,2010,20(12):1574-1584.
[15]韩长志. 全基因组预测希金斯炭疽菌中碳水化合物酶类蛋白[J]. 江苏农业科学,2017,45(2):24-28.
[16]韩长志,许僖. 黏绿木霉Gv29G8的碳水化合物活性酶类蛋白预测及遗传关系分析[J]. 华中农业大学学报,2017,36(5):39-44.
[17]韩长志. 基于全基因组测序的禾谷炭疽菌中碳水化合物酶类蛋白预测[J]. 河南师范大学学报(自然科学版),2016,44(4):118-124.
[18]Zhao Z T,Liu H Q,Wang C F,et al. Comparative analysis of fungal genomes reveals different plant cell wall degrading capacity in fungi[J]. BMC Genomics,2013,14(1):1-15.
备注/Memo
- 备注/Memo:
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收稿日期:2018-07-26
基金项目:广东省普通高校特色创新项目(编号:2016KTSCX060)。
作者简介:陈欣瑜(1994—),女,四川自贡人,硕士研究生,主要从事植物病理学研究。E-mail:1084918406@qq.com。
通信作者:董章勇,博士,副教授,主要从事植物病理学研究。E-mail:dongzhangyong@hotmail.com。
更新日期/Last Update:
2019-11-20