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[1]黄松,张辉,邱林,等.白蜡树叶绿体基因组结构特征及系统发育分析[J].江苏农业科学,2024,52(16):36-44.
 Huang Song,et al.Chloroplast genome structure characteristics and phylogenetic analysis of Fraxinus chinensis[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(16):36-44.
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白蜡树叶绿体基因组结构特征及系统发育分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第52卷
期数:
2024年第16期
页码:
36-44
栏目:
生物技术
出版日期:
2024-08-20

文章信息/Info

Title:
Chloroplast genome structure characteristics and phylogenetic analysis of Fraxinus chinensis
作者:
黄松1张辉23邱林23王辉1但汉平4李凤英2许芳芳1
1.信阳农林学院,河南信阳 464000; 2.信阳市林业科学研究所,河南信阳 464000; 3.河南鸡公山森林生态系统国家定位观测研究站,河南信阳 464000; 4.国有信阳市南湾林场,河南信阳 464000
Author(s):
Huang Songet al
关键词:
白蜡树叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子序列分析
Keywords:
-
分类号:
Q943.2;S188
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为确定白蜡树叶绿体基因组结构特征,密码子偏好性模式及系统发育关系。以10年生白蜡树叶片为材料,利用高通量技术测定叶绿体基因组DNA序列,组装、注释基因组后,进行序列分析。结果表明,白蜡树叶绿体基因组为典型的4分区域结构,全长为155 610 bp,GC1、GC2、GC3和GCall含量分别为47.1%、39.6%、28.3%和38.3%,其密码子第3位更加偏向于使用A和U作为碱基。有效密码子数平均值为51.021,最低为46.679,最高为56.643,其密码子使用偏好性较弱。中性绘图显示,GC12与GC3的相关系数为0.020,而回归系数为0.029,说明密码子使用偏好性很大程度上受到自然选择的影响。ENC-plot绘图显示,白蜡树叶绿体基因组密码子主要倾向于随机使用密码子,部分基因偏好性受碱基突变的影响。PR2-plot分析可得,T频率高于A,G频率高于C,密码子使用模式受自然选择等多种因素影响。通过构建基因的高低表达库,筛选得到了4个(UUG、GCU、UCU、CGA)共有最优密码子。系统发育分析发现,白蜡树与韩国白蜡亲缘关系较近。综上所述,白蜡树叶绿体基因组密码子偏好性主要受自然选择和突变的影响,该结果为白蜡树的分类进化、优化基因工程等进一步研究提供了依据,可以促进白蜡树资源的开发和利用。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期:2023-09-09
基金项目:国家自然科学基金(编号:31860228、31360197);河南省科技攻关项目(编号:212102110186);河南省科技兴林项目(编号:YLK202138);信阳市苗木花卉培育重点实验室项目。
作者简介:黄松(1968—),男,南阳内乡人,副教授,主要从事园艺植物栽培及科研管理工作。E-mail:13803862987@126.com。
通信作者:王辉,硕士,教授,主要从事植物资源保护与利用研究。E-mail:tdhp2006@126.com。
更新日期/Last Update: 2024-08-20