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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第52卷

期数:

2024年第21期

页码:

197-203

栏目:

畜牧兽医与水产蚕桑

出版日期:

2024-11-05

文章信息/Info

Title:

Identification and functional analysis of transcriptome SNP loci in Chinese mitten crab under cold stress

作者:

李青¹; 2; 曹玉兰²; 李丽娟²; 葛传龙¹; 2

1.贵州省典型高原湿地生态保护与修复重点实验室，贵州毕节 551700； 2.贵州工程应用技术学院生态工程学院，贵州毕节 551700

Author(s):

Li Qing; et al

关键词:

中华绒螯蟹; 低温胁迫; 转录组测序; 单核苷酸多态性; 功能分析

Keywords:

-

分类号:

S917

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

为深入探究低温环境对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)转录组的影响，特别关注SNP标记位点及其关联基因SNP-Unigene在低温胁迫条件下的作用。选择在低温环境和原产地条件下饲养的中华绒螯蟹作为研究对象，利用Illumina平台对其肝胰腺进行转录组测序。使用SOAPsnp软件对测序数据进行SNP位点检测，并对这些SNP-Unigene进行GO、KOG和KEGG数据库的比对及功能注释。结果表明，在中华绒螯蟹中共发现了429 684个SNP位点，这些位点分散在22 249条SNP-Unigene上。SNP 位点的突变类型有 12 种，其中转换SNP位点远远多于颠换SNP位点，而其中又以C-T类型的突变数量最为显著。功能分析结果显示，在低温胁迫下，中华绒螯蟹的SNP-Unigene主要涉及细胞活动、代谢途径和信号传递等关键生物学过程，尤其是与能量代谢相关的路径。进一步研究筛选出了599条SNP-Unigene被注释到了磷脂酰肌醇3-激酶信号通路等26条与信号转导相关的通路中，以及315条SNP-Unigene被注释到了趋化因子信号通路等22条与免疫相关的通路中。本研究为未来深入探讨中华绒螯蟹在低温胁迫条件下的分子机制提供了重要的理论依据和基础材料。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2024-05-27
基金项目：贵州省教育厅科技拔尖人才项目(编号：黔教技［2022］096)；毕节市揭榜挂帅项目(编号：毕科合重大专项字［2021］1)；毕节市科学技术项目(编号：毕科联合字［2023］48)。
作者简介：李青(1989—)，女，山西临汾人，博士，副教授，研究方向为水生生物学。E-mail：liqingdream@163.com。

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更新日期/Last Update: 2024-11-05