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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第53卷

期数:

2025年第7期

页码:

22-28

栏目:

生物技术

出版日期:

2025-04-05

文章信息/Info

Title:

Bioinformatics and expression analysis of PEPCK gene family in rice

作者:

宗琳皓; 吴彤; 徐僡; 高志萍

南京师范大学生命科学学院，江苏南京 210023

Author(s):

Zong Linhao; et al

关键词:

水稻; 磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶; 生物信息学; 表达特征; 共线性分析

Keywords:

-

分类号:

S188；S511.01

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)普遍存在于开花植物中，是将草酰乙酸(OAA)转变为磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)的关键酶，参与植物体多条代谢途径。PEPCK由PEPCK基因编码，本研究通过全基因组数据，鉴定编码水稻PEPCK蛋白的基因家族成员，并围绕水稻PEPCK基因家族的理化性质、亚细胞定位、保守基序、顺式作用元件、组织特异性表达、胁迫下表达以及进化关系等方面进行生物信息学分析。结果显示，水稻全基因组共有4个PEPCK基因，其中一个成员(Os03g0255500)含有2条转录本，并且家族成员分布在水稻3号、4号以及10号染色体上，具有相似的保守基序；顺势作用元件分析以及基因表达分析显示，该基因家族在水稻光合作用碳反应、种子萌发、防御与应激、抵御干旱胁迫等生理功能方面具有重要作用；利用不同碳代谢类型植物的PEPCK基因家族蛋白进行系统发育树构建，并对禾本科植物PEPCK基因家族进行共线性分析，结果显示，植物PEPCK基因在不同碳代谢类型植物中较为保守，且其进化在禾本科不同物种间经历相似途径。本研究为明确水稻PEPCK基因家族各成员的功能提供了参考依据。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2024-03-14
基金项目：国家自然科学基金(编号：32101639)；江苏省优势学科项目(PAPD)。
作者简介：宗琳皓(2003—)，男，江苏南通人，主要从事生物信息学研究。E-mail：licht_hao@163.com。
通信作者：高志萍，博士，副教授，主要从事植物学研究。E-mail：08295@njnu.edu.cn。

常用功能

更新日期/Last Update: 2025-04-05