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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第53卷

期数:

2025年第7期

页码:

38-44

栏目:

生物技术

出版日期:

2025-04-05

文章信息/Info

Title:

Analysis of codon preference in chloroplast genome of Rosa lucidissima

作者:

侯哲¹; 姜正之²; 沈萍¹; 黄长兵¹

1.苏州农业职业技术学院园林工程学院，江苏苏州 215008； 2.苏州市华冠园创园艺科技有限公司，江苏苏州 215500

Author(s):

Hou Zhe; et al

关键词:

亮叶月季; 叶绿体基因组; 密码子偏好性; 突变; 选择

Keywords:

-

分类号:

S188；S685.120.1

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

本研究选取亮叶月季叶绿体基因组的58条CDS蛋白编码基因序列作为研究对象，进行了密码子偏好性的分析。使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对亮叶月季的密码子碱基组成进行分析，得到GC、ENC、RSCU等参数，基于这些参数，用Orign、SPSS等软件进行中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和相关性分析，并选出最优密码子。结果表明，亮叶月季叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量顺序分别为GC₁(46.38%)＞GC₂(39.63%)＞GC₃(25.08%)，说明亮叶月季密码子优先使用以A或T结尾的碱基；中性绘图分析结果显示，GC₁₂与GC₃的相关性不显著，密码子第3位上的碱基构成可能与第1、2位上的不同，可以推断出密码子的偏好性主要受自然选择的影响；ENC-plot 分析结果显示，绝大多数基因在标准曲线的下方，表明ENC的实际值与ENC的预期值之间存在一定距离，可以看出密码子偏好性不仅受到突变压力的影响，还受到选择压力的影响；PR2-plot绘图分析中，大部分亮叶月季密码子基因坐落在右下方，说明密码子在第3位碱基的使用上具有偏好性，且使用次数表现为T＞A，G＞C。综上，选择和突变等因素共同影响着亮叶月季叶绿体基因组密码子的偏好性。在亮叶月季叶绿体基因组中共筛选出UUU、UUA、CUU、AUA、AAU、GUA、UCA、ACA、CAU、GAU、UGU、CGA、AGU、AGA、GGU、GGA等16个最优密码子，并全部以A或U结尾。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2024-03-22
基金项目：江苏省高等学校基础科学(自然科学)研究面上项目(编号：23KJB220008)；苏州市科技计划(农业科技创新)面上项目(编号：SNG2022025)；江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(编号：JBGS［2021］109)；苏州农业职业技术学院博士提升计划科研启动基金(编号：BS［2022］08)。
作者简介：侯哲(1991—)，男，山西运城人，博士，讲师，从事园林植物抗逆性分子机制研究。E-mail：houzhedota@163.com。
通信作者：黄长兵，硕士，副研究员，从事观赏植物新品种选育与抗性研究。E-mail：cbhuang@szai.edu.cn。

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更新日期/Last Update: 2025-04-05