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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第53卷

期数:

2025年第8期

页码:

35-41

栏目:

生物技术

出版日期:

2025-04-20

文章信息/Info

Title:

Development and application of InDel markers of broad bean based on transcriptome sequencing data

作者:

周瑶; 周恩强; 姚梦楠; 赵娜; 李宗迪; 朱宇翔; 王永强; 李波; 王学军; 缪亚梅; 汪凯华; 顾春燕; 魏利斌

江苏沿江地区农业科学研究所经济作物研究室，江苏南通 226000

Author(s):

Zhou Yao; et al

关键词:

蚕豆; 转录组; InDel; 分子标记; 遗传多样性

Keywords:

-

分类号:

S643.603.2

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

我国是全球最大的蚕豆生产国，然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G)，蚕豆基础研究进展缓慢。目前，受限于有限的蚕豆专用分子标记，我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型，充分有效评价和利用蚕豆种质资源，拟开展7份蚕豆材料的转录组测序，并对测序数据间存在的插入/缺失(InDel)位点进行特征分析。结果表明，成功挖掘出2 666个InDel位点，其中插入、缺失位点分别有841、1 825个，且单碱基的插入/缺失位点类型占比最大。此外，根据InDel位点信息，从插入/缺失碱基长度大于5 bp的序列中随机挑选25条序列进行InDel标记开发。利用开发的标记对国内141份蚕豆资源进行扩增，共筛选到有效InDel标记20对，多态性信息含量均值为0.32，平均每对标记中检测到2.85个等位基因，香农指数均值为0.62。聚类分析结果表明，江苏、浙江、湖北等省份的资源呈交叉分布，可能因为近年来各省份的蚕豆资源相互借鉴、利用，从而打破了地域限制，增加了彼此间的联系。基于转录组测序数据首次开发蚕豆InDel标记并成功将其应用于蚕豆种质资源的遗传多样性分析，不仅丰富了目前蚕豆的分子标记类型，而且对于今后蚕豆的基础研究和育种研究具有一定意义。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2024-05-23
基金项目：江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目［编号：JBGS(2021)056］；国家食用豆产业技术体系建设专项(编号：CARS-08-Z10)；江苏省“双创人才”项目(编号：YSSCRC2022469)；江苏沿江地区农业科学研究所青年科技基金［编号：YJ(2022)005］。
作者简介：周瑶(1993—)，女，江苏泰兴人，硕士，助理研究员，主要从事食用豆育种研究。E-mail：1090362118@qq.com。
通信作者：魏利斌，博士，研究员，主要从事豆类品种育种研究。E-mail：libinwei2013@aliyun.com。

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更新日期/Last Update: 2025-04-20