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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第44卷

期数:

2016年10期

页码:

69-73

栏目:

生物技术

出版日期:

2016-10-25

文章信息/Info

Title:

Identification and analysis of DGAT2 genes in cotton and model plants

作者:

张晓琼;  乔琳;  胡利宗;  廖立冰;  王秋霞;  解恒昌;  周琳

周口师范学院生命科学与农学学院，河南周口 466001

Author(s):

Zhang Xiaoqiong; et al

关键词:

二酰甘油酰基转移酶; 保守基序; 棉花; 模式植物; 进化

Keywords:

-

分类号:

S562.03；Q78

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

二脂酰甘油酰基转移酶Ⅱ(DGAT2)是催化三酰甘油生物合成的关键酶，利用生物信息学手段在二倍体棉花和6种模式植物中共鉴定出25个DGAT2基因，详细剖析这些基因的结构、序列和进化特征。基因结构分析表明，绝大多数植物包含8个或9个外显子，且内含子相位高度保守，说明该基因结构起源于陆生植物。蛋白序列分析显示，核心保守基序1、2、3与功能结构域相互重叠，说明功能结构域起源于藻类植物。进化分析显示：在棉花中，DGAT2基因发生特异性扩增，其分子机制为串联重复；结合滑动窗口方法和位点模型选择压力检测结果，DGAT2蛋白均受制于负选择作用。这些结果为棉花及模式植物DGAT2的功能研究提供帮助。

Abstract:

-

参考文献/References:

［1］Weselake R J，Taylor D C，Rahman M H，et al. Increasing the flow of carbon into seed oil［J］. Biotechnol Advances，2009，27(6)：866-878.
［2］唐桂英，柳展基，单雷. 二酰基甘油酰基转移酶 (DGAT) 研究进展［J］. 中国油料作物学报，2010，32(2)：320-328.
［3］Turchetto-Zolet A C，Maraschin F S，de Morais G L，et al. Evolutionary view of acyl-CoA diacylglycerol acyltransferase (DGAT)，a key enzyme in neutral lipid biosynthesis［J］. BMC Evolutionary Biology，2011，11(1)：263.
［4］Chai Y，Hao X，Yang X，et al. Validation of DGAT1-2 polymorphisms associated with oil content and development of functional markers for molecular breeding of high-oil maize［J］. Molecular Breeding，2012，29(4)：939-949.
［5］Lardizabal K D，Mai J T，Wagner N W，et al. DGAT2 is a new diacylglycerol acyltransferase gene family purification，cloning，and expression in insect cells of two polypeptides from Mortierella ramanniana with diacylglycerol acyltransferase activity［J］. Journal of Biological Chemistry，2001，276(42)：38862-38869.
［6］房逢立，吴洪，周志刚. 缺刻缘绿藻二酰甘油酰基转移酶2(DGAT2)的基因特性与功能鉴定［J］. 水产学报，2013，37(8)：1162-1172.
［7］袁峥嵘，柳小春，马海明，等. 二脂酰甘油酰基转移酶2(DGAT2)基因研究进展［J］. 遗传，2008，30(3)：289-294.
［8］Li R，Yu K，Hildebrand D F. DGAT1，DGAT2 and PDAT expression in seeds and other tissues of epoxy and hydroxy fatty acid accumulating plants［J］. Lipids，2010，45(2)：145-157.
［9］Paterson A H，Wendel J F，Gundlach H，et al. Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres［J］. Nature，2012，492(7429)：423-427.
［10］Li F，Fan G，Wang K，et al. Genome sequence of the cultivated cotton Gossypium arboreum［J］. Nature Genetics，2014，46(6)：567-572.
［11］Bateman A，Birney E，Cerruti L，et al. The Pfam protein families database［J］. Nucleic Acids Research，2002，30(1)：276-280.
［12］郭安源，朱其慧，陈新，等. GSDS：基因结构显示系统［J］. 遗传，2007，29(8)：1023-1026. ［13］Bailey T L，Williams N，Misleh C，et al. MEME：discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs ［J］. Nucleic Acids Research，2006，34：369-373.
［14］Tusnady G E，Simon I. The HMMTOP transmembrane topology prediction server［J］. Bioinformatics，2001，17(9)：849-850.
［15］Thompson J D，Gibson T J，Plewniak F. The CLUSTAL_X windows interface：flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools［J］. Nucleic Acids Research，1997，25(24)：4876-4882.
［16］Tamura K，Dudley J，Nei M，et al. MEGA4：molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0［J］. Molecular Biology and Evolution，2007，24(8)：1596-1599.
［17］Librado P，Rozas J. DnaSP v5：a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data［J］. Bioinformatics，2009，25(11)：1451-1452.
［18］Suyama M，Torrents D，Bork P. PAL2NAL：robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments［J］. Nucleic Acids Research，2006，34：609-612.
［19］Yang Z. PAML4：Phylogenetic analysis by maximum likelihood［J］. Molecular Biology and Evolution，2007，24(8)：1586-1591.
［20］朱红霞，胡利宗，邓小莉，等. 三种豆科植物 DGAT1 基因家族的分子特征与进化分析［J］. 生物技术通报，2011，3(10)：163-166.
［21］Cao H. Structure-function analysis of diacylglycerol acyltransferase sequences from 70 organisms［J］. BMC Research Notes，2011，4(1)：249.
［22］陈振玺，王鹏，盖江涛，等. 在基因家族背景下对四种植物中DGAT2的鉴定和序列分析［J］. 植物科学学报，2015，33(2)：186-194.

相似文献/References:

备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2015-08-28
基金项目：周口师范学院高层次人才科研启动经费(编号：ZKNU2014109)；周口师范学院大学生科研创新基金(编号：ZKNUD15037)。
作者简介：张晓琼(1991—)，女，河南安阳人，硕士研究生，主要从事植物遗传学研究。E-mail：zxqxiaoqiong00@163.com。
通信作者：胡利宗，博士，副教授，主要从事植物遗传学研究。E-mail：hulizong@126.com。

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更新日期/Last Update: 2016-10-25