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[1]綦洋,王柬钧,桑园园,等.大白菜YUCCA基因家族的鉴定与生物信息学分析[J].江苏农业科学,2019,47(03):49-54.
　Qi Yang,et al.Bioinformatics analysis of YUCCA gene family in Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis)[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(03):49-54.
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大白菜YUCCA基因家族的鉴定与生物信息学分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第47卷
期数:
2019年第03期
页码:
49-54
栏目:
生物技术
出版日期:
2019-02-02

文章信息/Info

Title:
Bioinformatics analysis of YUCCA gene family in Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis)
作者:
綦洋1;  王柬钧1;  桑园园1;  沈玲玲1;  申颖1;  曹雪1;  刘振宁1; 2
1.临沂大学农林科学学院，山东临沂 256000； 2.浙江大学农业与生物技术学院，浙江杭州 310058
Author(s):
Qi Yang; et al
关键词:
大白菜; YUCCA; 基因家族; 生物信息学分析
Keywords:
-
分类号:
S634.101
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
生长素(IAA)是一种重要的植物内源激素，YUCCA基因作为IAA生物合成的限速酶编码基因，在植物生长发育过程中起着重要的调控作用。为深入研究大白菜YUCCA基因家族的功能，利用生物信息学分析对大白菜中YUCCA基因家族成员进行全基因组水平鉴定，并对其基因组信息、蛋白质生理生化特征、基因结构、保守结构域、系统进化树等方面进行研究。结果表明，在大白菜基因组中共鉴定出19个YUCCA基因，可以聚类到2个大的分支，Clade Ⅰ和Clade Ⅱ；YUCCA基因在大白菜10条染色体上呈不均匀分布，并有1对基因以串联重复现象在染色体上分布；基因结构分析表明大白菜YUCCA基因一般含有0~3个数量不等的内含子；对大白菜YUCCA蛋白质氨基酸序列多重比对的分析表明大白菜YUCCA蛋白质存在高度保守的FAD结合位点(一致序列为GAGPxG)和NADPH结合位点(一致序列为GxGNSG)；通过MEME软件对大白菜YUCCA蛋白质模体(motif)的预测还发现12个比较保守的motif。上述研究结果为大白菜YUCCA基因功能的研究奠定了一定的基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2018-09-23
基金项目：国家自然科学基金(编号：31700272)；大学生创新创业项目(编号：201710452037)；山东省自然科学基金(编号：ZR2017PC012、ZR2018PC023)。
作者简介：綦洋(1998—)，女，山东潍坊人，研究方向为蔬菜分子生物学。E-mail：qiyang@lyu.edu.cn。
通信作者：刘振宁，博士，教授，研究方向为蔬菜分子生物学与遗传育种。E-mail：liuzhenning@lyu.edu.cn。
更新日期/Last Update: 2019-02-05