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[1]史东杰,胡金有,朱华,等.锦鲤基因组数据分析及体色相关基因的筛选[J].江苏农业科学,2019,47(16):52-56.
　Shi Dongjie,et al.Genomic data analysis and body color related gene screening of koi carp[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(16):52-56.
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锦鲤基因组数据分析及体色相关基因的筛选(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第47卷
期数:
2019年第16期
页码:
52-56
栏目:
生物技术
出版日期:
2019-09-16

文章信息/Info

Title:
Genomic data analysis and body color related gene screening of koi carp
作者:
史东杰1; 2; 3;  胡金有4;  朱华1; 2; 3;  张欣1; 2; 3;  李荣妮1; 2; 3;  孙砚胜1; 2; 3
1.北京市水产科学研究所暨国家淡水渔业工程技术研究中心，北京 100068； 2.农业部都市农业(北方)重点实验室，北京 100097；
3.渔业生物技术北京市重点实验室，北京 100097； 4.中国农业大学，北京 100083
Author(s):
Shi Dongjie; et al
关键词:
基因组重测序; 锦鲤; 体色基因; 候选基因
Keywords:
-
分类号:
S917
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了获得红白锦鲤的基因组信息，筛选与其肤色相关的基因，采用Illumina高通量测序技术对红白锦鲤皮肤组织的基因组进行测序，获得127.23 Gb clean data，Q20碱基比例在95.59%及以上，Q30碱基比例在90.81%及以上，GC含量为37.32%~42.38%，测序错误率为0.07。与鲤鱼基因组序列进行比对的结果显示，比对效率为 96.35%。研究共鉴定了1 048 576个SNPs(单核苷酸多态性)，其中3.12百万~5.40百万个SNPs位于短reads比对不到的区域，其中变异位点位于外显子区域的有579 778个SNPs。SNP位点分布于锦鲤的50条染色体上，不包含scaffold(染色体骨架)。经ANNOVAR软件进行功能注释，纯合类型的SNPs数量是574 310个，杂合类型的SNPs数量是474 265个。SNPs位于基因间的数量最多，SNPs位于基因内的外显子区域的多态性最高。通过对8个重要候选基因注释的理解，发现微管蛋白LOC109046532、LOC109049213这2个基因与色素颗粒运输有关。其中基因LOC109046532含有突变，而另1个基因LOC109049213则不含有任何突变。8个候选基因都含有外显子SNP位点，但是没有发现终止密码子突变。
Abstract:
-

参考文献/References:

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　Shi Dongjie,et al.Effects of ammonia nitrogen on related enzyme activities and gene expression of koi carp[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(16):150.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2018-05-03
基金项目：北京市财政局、北京市农业农村局观赏鱼产业技术体系北京市创新团队建设专项(编号：BAIC03)；北京市农林科学院项目(编号：KJCX20170101)。
作者简介：史东杰(1985—)，女，北京人，硕士，副研究员，主要从事观赏鱼繁育及养殖技术的研究工作。E-mail：sdj19850104@163.com。
通信作者：朱华，博士，研究员，主要从事水产繁殖、养殖以及水产养殖环境水质调控方面的研究与推广工作。E-mail：Zhuhua@bjfishery.com。
更新日期/Last Update: 2019-08-20