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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第50卷

期数:

2022年第11期

页码:

43-52

栏目:

生物技术

出版日期:

2022-06-05

文章信息/Info

Title:

SNP screening and bioinformatics analysis of MAP2K1 gene in Shitou goose

作者:

陈新企¹;  周光现¹;  王慧芳¹;  李立先²;  贾汝敏¹;  赵志辉¹

1.广东海洋大学滨海农业学院，广东湛江 524088； 2.饶平浮滨狮头鹅原种繁育基地有限公司，广东饶平 521000

Author(s):

Chen Xinqi; et al

关键词:

狮头鹅; MAP2K1基因; SNP; 多态性; 生物信息学

Keywords:

-

分类号:

S835.3

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

MAP2K1基因属于GnRH信号通路且与哺乳动物的卵泡发育紧密相关。为研究MAP2K1基因在狮头鹅上的基因多态性，以200羽狮头鹅为试验对象，利用DNA池结合PCR产物直接测序法，筛选出SNP位点并进行生物信息学分析。检测结果表明，在狮头鹅群体中发现1个SNP位点，为E3-63 A>G，存在3种基因型。生物信息学预测显示，MAP2K1基因突变前后编码氨基酸并未发生改变，属于不稳定不跨膜酸性亲水性蛋白，存在卷曲螺旋结构，无信号肽存在。亚细胞定位于细胞核、细胞质、细胞支架的概率分别为60.9%、30.4%、8.7%，主要在细胞核发挥生物学作用；有34个磷酸化位点，有1个N-糖基化位点，1个保守结构S_TKc，蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成。MAP2K1基因突变前后mRNA的最小自由能，质心发生二级结构，含有假结的mRNA二级结构、折叠结构、MaxExpect结果、点-括号结果、最小自由能、mRNA结构的热力学集合、质心结构所形成的山地图发生改变，且自由能上升，结构稳定性变弱。从狮头鹅MAP2K1基因的11个外显子上检测出1个SNP位点，MAP2K1基因突变前后改变mRNA二级结构，为进一步研究MAP2K1基因对狮头鹅产蛋数量提供参考。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2021-07-25
基金项目：广东省现代农业产业技术体系创新团队项目(编号：2019KJ137、2020KJ137)；狮头鹅品种选育及健康养殖校企合作项目(编号：B15337)。
作者简介：陈新企(1996—)，女，广西贺州人，硕士研究生，主要从事动物遗传育种与繁殖研究。E-mail：2476359974@qq.com。
通信作者：贾汝敏，教授，研究生导师，主要从事家禽遗传育种与繁殖研究，E-mail：jiarm@gdou.edu.cn；赵志辉，教授，研究生导师，主要从事动物遗传育种与繁殖研究，E-mail：zhzhao@jlu.edu.cn。

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更新日期/Last Update: 2022-06-05