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[1]万露露,范敦锦,王中煊,等.杜鹃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2023,51(13):54-59.
　Wan Lulu,et al.Analysis of chloroplast genome characteristics and codon usage bias of Rhododendron simsii[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):54-59.
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杜鹃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第13期
页码:
54-59
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-07-05

文章信息/Info

Title:
Analysis of chloroplast genome characteristics and codon usage bias of Rhododendron simsii
作者:
万露露1; 2; 范敦锦1; 王中煊1; 2; 龚娜1; 丁祥青2; 陈世品1; 2; 苏小青1
1.福建农林大学林学院，福建福州 350002；2.福建农林大学园林学院/兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室，福建福州 350002
Author(s):
Wan Lulu; et al
关键词:
杜鹃; 叶绿体基因组; 密码子偏好性; 最优密码子
Keywords:
-
分类号:
S685.210.32
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了确定杜鹃(Rhododendron simsii)叶绿体基因组密码子的使用模式，为杜鹃花科叶绿体基因组学研究提供参考依据，绘制了杜鹃叶绿体基因组图谱，对三大功能基因进行分类，统计各蛋白编码基因密码子的3位碱基的GC含量、有效密码子数、同义密码子相对使用度，开展中性绘图分析和PR2-plot等分析，并系统分析影响杜鹃密码子偏好性的各种因素，从而筛选出了最优密码子。结果显示，杜鹃叶绿体基因组全长206 912 bp，大单拷贝区为110 234 bp，小单拷贝区为 2 606 bp，反向重复区为47 036 bp。蛋白编码序列GC含量为36%，密码子第3位偏好使用A/U，ENC值范围为37.48～57.13，说明其密码子使用偏好性较弱；中性绘图分析显示GC12和GC3的相关系数为0255，拟合的回归系数为0.345；PR2-plot分析显示G＞C，T＞A；有30个密码子的RSCU值大于1，以U或A结尾的有29个，影响其密码子使用偏好性的最主要为自然选择压力；最终鉴定出最优密码子8个，分别为GCA、GAU、UUG、CCA、CGU、UCA、GUA、UAU。可见，杜鹃叶绿体基因组具典型的双链环状构造，密码子偏好性较弱，主要受到自然和突变的共同影响。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2022-10-04
基金项目：国家重点研发计划(编号：2019YFD1001000)。
作者简介：万露露(1998—)，女，江西进贤人，硕士研究生，主要从事森林培育与分子生物学研究。E-mail：wan201920@163.com。
通信作者：苏小青，博士，副教授，主要从事森林培育和森林生态学研究。E-mail：fjsxqsxq@126.com。
更新日期/Last Update: 2023-07-05