|本期目录/Table of Contents|

[1]刘思佳,曾祥国,肖桂林,等.基于高通量测序技术鉴定栽培草莓资源携带的病毒种类[J].江苏农业科学,2023,51(19):18-23.
　Liu Sijia,et al.Identification of virus species carried by cultivated strawberry resources based on high-throughput sequencing technology[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(19):18-23.
点击复制

基于高通量测序技术鉴定栽培草莓资源携带的病毒种类(PDF)
分享到：

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第19期
页码:
18-23
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-10-05

文章信息/Info

Title:
Identification of virus species carried by cultivated strawberry resources based on high-throughput sequencing technology
作者:
刘思佳1; 2; 曾祥国1; 肖桂林1; 王涌1; 韩永超1
1.湖北省农业科学院经济作物研究所，湖北武汉 430072； 2.华中农业大学园艺林学学院，湖北武汉 430070
Author(s):
Liu Sijia; et al
关键词:
草莓; 病毒病; 高通量测序; RT-PCR; 草莓白化病毒
Keywords:
-
分类号:
S436.68+4
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
分析草莓种质资源的病毒携带情况，为草莓脱毒种苗的繁育和病毒病的防治提供依据。针对保存的86份栽培草莓材料，分别提取每份材料的叶片总RNA，将待测草莓总RNA混样，然后采用高通量测序技术进行测序。根据每种病毒的序列保守区设计引物，采用RT-PCR对高通量测序的结果进行验证。利用设计的引物分别对每份草莓品种材料进行RT-PCR检测，明确每份材料的带毒情况。测序结果表明，从86份草莓资源中检测出3种病毒，分别为草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus，简称SMoV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus，简称SVBV)和草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus，简称SPaV)，该结果与RT-PCR验证的结果相符。在所有86份供试样品中，28份材料带有病毒，病毒感染率为32.56%；其中，23份材料带有SVBV；11份材料带有SMoV；5份材料带有SPaV。单一病毒侵染样品18份，复合侵染材料共10份，草莓种苗带毒率高，草莓病毒病危害严重。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］赵彦华. 草莓品种栽培类型及主要优良品种［J］. 山西果树，2019(6)：50-53.
［2］张运涛，雷家军，赵密珍，等. 新中国果树科学研究70年——草莓［J］. 果树学报，2019，36(10)：1441-1452.
［3］李文琦，付崇毅，孙平平，等. 四种主要草莓病毒研究进展［J］. 北方园艺，2022(9)：122-129.
［4］杨波，赵宝龙，郝小军，等. 新疆地区四种草莓病毒病原的检测［J］. 新疆农业科学，2018，55(9)：1689-1697.
［5］韩晓玉，陈思宇，李刚，等. 河南省草莓病毒病病原的鉴定及5种草莓病毒多重PCR体系的建立［J］. 植物保护学报，2020，47(1)：219-220.
［6］陈道. 福建地区草莓病毒的分子检测和SPaV全基因组序列的获得［D］. 福州：福建农林大学，2018.
［7］冉策. 京郊草莓病毒病调查及病毒检测技术应用［D］. 北京：北京农学院，2015.
［8］刘雅，杨静，张丽勍，等. 上海地区四种草莓病毒的检测分析［J］. 上海农业学报，2021，37(4)：63-67.
［9］黄倩茹，牛永浩，吴宽，等. 陕西省草莓病毒种类的LncRNA测序初步鉴定［J］. 园艺学报，2021，48(8)：1589-1594.
［10］王佳，白莹雪，祝宁，等. 基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类［J］. 植物保护，2022，48(3)：225-232，241.
［11］李伟佳，张志宏，郭巍，等. 利用高通量测序技术快速解析草莓病毒基因组序列［J］. 沈阳农业大学学报，2016，47(5)：536-540.
［12］朱海生，花秀凤，陈敏氡，等. 四种草莓病毒SMoV、SVBV、SCV、SMYEV多重RT-PCR检测［J］. 核农学报，2013，27(11)：1630-1635.
［13］Ding X L，Chen D，Wang A M，et al. First report of strawbery pallidosis-associated virus on strawberry in China［J］. Plant Disease，2017，101(12)：2154.
［14］Shi Y，Han X Y，Sun H，et al. First report of strawberry pallidosis associated virus infecting strawberry in China［J］. Plant Disease，2018，102(1)：257.
［15］Langmead B，Trapnell C，Pop M，et al. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome［J］. Genome Biology，2009，10(3)：R25.
［16］Pruesse E，Quast C，Knittel K，et al. SILVA：a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB［J］. Nucleic Acids Research，2007，35(21)：7188-7196.
［17］Chan P P，Lowe T M. GtRNAdb：a database of transfer RNA genes detected in genomic sequence［J］. Nucleic Acids Research，2009，37(1)：D93-D97.
［18］Griffiths-Jones S，Bateman A，Marshall M，et al. Rfam：an RNA family database［J］. Nucleic Acids Research，2003，31(1)：439-441.
［19］Jurka J，Kapitonov V V，Pavlicek A，et al. Repbase Update，a database of eukaryotic repetitive elements［J］. Cytogenetic and Genome Research，2005，110(1/2/3/4)：462-467.
［20］陈晓军，王敬东，马洪爱，等. 利用RT-PCR对脱毒草莓苗病毒检测研究［J］. 北方园艺，2010(23)：146-148.
［21］周厚成，李思源，何水涛，等. 草莓镶脉病毒的PCR检测及特异片段的序列分析［J］. 果树学报，2005，22(3)：286-288.
［22］何成勇，高德航，范灵姣，等. 利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒［J］. 中国农业大学学报，2021，26(8)：54-60.
［23］王建辉，刘建军，陈克玲，等. 草莓轻型黄边病毒检测研究［J］. 西南农业学报，2016，29(12)：2866-2870.
［24］石光农，庞夫花，谷旭琳，等. 甘肃省临夏地区草莓种苗繁育及日光温室栽培技术［J］. 江苏农业科学，2021，49(6)：120-123.
［25］向发云，张庆华，韩永超，等. 湖北省草莓栽培现状与发展对策［J］. 湖北农业科学，2017，56(23)：4538-4541.
［26］陈道，张洁，吴祖建，等. 草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析［J］. 园艺学报，2021，48(1)：146-152.
［27］Fan L J，He C Y，Wu M M，et al. Incidence，genomic diversity，and evolution of strawberry mottle virus in China［J］. Biocell，2021，45(4)：1137-1151.
［28］周厚成，何水涛. 草莓病毒病研究进展［J］. 果树学报，2003，20(5)：421-426.
［29］顾地周，朱俊义，夏广清，等. 优质多抗草莓新品种：‘通生1号’的选育［J］. 果树学报，2013，30(3)：497-499，336.
［30］蔡斌华，张计育，黄海，等. 结合内标的RT-PCR技术检测草莓轻型黄边病毒(SMYEV)［J］. 江苏农业学报，2009，25(6)：1432-1434.

相似文献/References:

[1]建唐霞,张帅,汪丽,等.草莓乙烯受体Etr1基因RNAi植物表达载体构[J].江苏农业科学,2013,41(04):54.
[2]霍恒志,糜林,李金凤,等.草莓无害化栽培主要病害防治技术探讨[J].江苏农业科学,2013,41(04):115.
[3]黄益鸿,王建湘,雷东阳.不同配方基质对草莓生长和产量的影响[J].江苏农业科学,2013,41(04):148.
[4]童晓利,郭成宝>,陈月红,等.南京地区草莓发展现状与对策[J].江苏农业科学,2013,41(05):4.
　Tong Xiaoli,et al.Current situation and developmental strategy of strawberry industry in Nanjing area[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(19):4.
[5]韩庆莉,王军民,韩祯,等.类球红细菌对草莓敌敌畏残留的降解效果[J].江苏农业科学,2013,41(05):286.
　Han Qingli,et al.Degradation effect of dichlorvos residues in strawberries by Rhodobacter sphaeroides[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(19):286.
[6]孙忠林,顾地周,朱俊义.通生1号草莓果实性状比较研究[J].江苏农业科学,2014,42(12):205.
　Sun Zhongling,et al.Comparative study on fruit characteristics between strawberry cultivar “Tongsheng No.1” and other cultivars[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(19):205.
[7]糜林,霍恒志,李金凤,等.草莓省力化架式基质栽培技术规程[J].江苏农业科学,2014,42(12):221.
　Mi Lin,et al.Technical specification for labor-saving rack matrix cultivation of strawberry[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(19):221.
[8]霍恒志,陈雪平,李金凤,等.薄膜和自然能源保温技术对草莓高架栽培的影响[J].江苏农业科学,2014,42(11):174.
　Huo Hengzhi,et al(7).Effects of film and natural energy heat insulation technology on strawberry elevated cultivation[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(19):174.
[9]蒋宝南,单建明,曹启峰.堆肥发酵CO2施肥对大棚草莓生长、产量、品质的影响[J].江苏农业科学,2014,42(11):183.
　Jiang Baonan,et al(8).Effects of CO2 enrichment by compost fermentation on growth，yield and quality of strawberry in greenhouse[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(19):183.
[10]纪开燕,郭成宝,童晓利,等.设施草莓立体无土栽培的主要模式与发展对策[J].江苏农业科学,2013,41(06):136.
　Ji Kaiyan,et al.Main modes and developmental countermeasures of strawberry vertical cultivation in greenhouse[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(19):136.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2023-02-21
基金项目：湖北省重点研发计划(编号：2021BBA099、2020BBB136)；乡村振兴科技支撑项目(编号：2022BBA085)；湖北省农业科技创新中心资助项目(编号：2021-620-000-001-008)。
作者简介：刘思佳(1998—)，女，河北沧州人，硕士研究生，从事草莓病毒检测、草莓脱毒技术研究。E-mail：609383136@qq.com。
通信作者：韩永超，博士，研究员，从事草莓抗病育种、草莓病害防治技术研究。E-mail：hyc660@126.com。
更新日期/Last Update: 2023-10-05