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[1]张悦,施唯,李丹,等.灰葡萄孢基因中微卫星序列分析[J].江苏农业科学,2013,41(04):44-46.
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灰葡萄孢基因中微卫星序列分析
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第41卷
期数:
2013年04期
页码:
44-46
栏目:
生物技术
出版日期:
2013-04-30

文章信息/Info

Title:
-
作者:
张悦1; 施唯2; 李丹3; 路沁1; 陈子牛1
1.昆明学院生命科学与技术系，云南昆明 650214； 2.个旧市农民科技教育培训中心，云南个旧 661000； 3.云南交通技师学院，云南昆明 650300
Author(s):
-
关键词:
灰葡萄孢; 微卫星序列; 基因组; 生物信息学
Keywords:
-
分类号:
Q781
DOI:
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文献标志码:
-
摘要:
微卫星(SSR)一般是指由单、双、三、四、五和六核苷酸重复单元串联排列的简单重复序列，它广泛分布于生物基因组内，在不同生物中，微卫星DNA的数目、类型及其分布情况存在很大的差异。本研究主要统计了已公布的灰葡萄孢基因序列中的SSR数量及类型，在灰葡萄孢的564个预测基因区域中发现669个微卫星序列，其中大多数基因(477个基因)只含有1 个碱基SSR，占含SSR基因总数的71.3%；72个基因含有2个碱基SSR，13个基因含有3 个碱基SSR，含4个和5个碱基SSR的基因则各只有1个。所有SSR序列中，出现数量最多的为3个碱基和6个碱基的SSR序列，分别达到了135次和330次，1个碱基、2个碱基、4个碱基和5个碱基的SSR则分别出现了7、41、64和92次。SSR碱基数越多，重复的次数越少，重复次数最少的SSR是6个碱基的AGAGGG重复。重复次数最高的SSR为122次，是3个碱基的AAT重复，这表明，在选择压力下，SSR趋向于密码子的整数倍，这与其他物种的分析结果一致。发现大多数含有SSR的基因并没有明确的功能描述，这可能是由于这些基因受到SSR的影响而在进化上变化较快所致。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Field D，Wills C. Abundant microsatellite polymorphism in Saccharomyces cerevisiae and the different distributions of microsatellites in eight prokaryotes and S. cerevisiae，result from strong mutation pressures and a variety of selective forces［J］. Proceeding National Academy of Sciences U S A，1998，95(4)：1647 -1652.
[2]Gur-Arie R，Cohen C J，Eitan Y，et al. Simple sequence repeats in Escherichia coli：abundance，distribution，composition，and polymorphism［J］. Genome Research，2000，10(1)：62-71.
[3]Emmanuel B，Gemmell N J. The rise，fall and renaissance of microsatellites in eukaryotic genomes［J］. Bio Essays，2006，28(10)：1040-1050.
[4]Kevin J，Verstrepen，An J，et al. Intragenic tandem repeats generate functional variability［J］. Nature Genetics，2005，37：986-990.
[5]Rocha E P，Blanchard A. Genomic repeats，genome plasticity and the dynamics of Mycoplasma evolution［J］. Nucleic Acids Research，2002，30(9)：2031-2042.
[6]Li Y C，Abraham B，Fahima T，et al. Microsatellites：genomic distribution，putative functions and mutational mechanisms：a review［J］. Molecular Ecology，2002，11(12)：2453-2465.
[7]Li Y C，Korol A B，Fahima T，et al. Microsatellites within genes：structure，function，and evolution［J］. Molecular Biology and Evolution，2004，21(6)：991 -1007.
[8] 程小毛，黄晓霞. SSR标记开发及其在植物中的应用［J］. 中国农学通报，2011(5)：22-26.
[9]王学勇，王英姿. 灰霉病菌抗药性发生概况及机理研究进展［J］. 现代农业科技，2009(11)：117-118.
[10]Benson G.Tandem repeats finder：a program to analyze DNA sequences［J］. Nucleic Acids Research，1999(27)：573-580.
[11]李成云，李进斌，周晓罡，等. 稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率与分布［J］. 中国水稻科学，2004，18(3)：269-273.

相似文献/References:

[1]张 悦,李 丹,陈子牛,等.不同环境因素对昆明本地灰葡萄孢、 黄曲霉菌株生长的影响[J].江苏农业科学,2015,43(07):118.
　Zhang Yue,et al.Effects of environment factors on growth of Botrytis cinerea and Aspergillus flavus strains in Kunming area[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(04):118.
[2]杨蕊,石红利,郎剑锋,等.解淀粉芽孢杆菌PB-1对灰葡萄孢的抑菌机理[J].江苏农业科学,2024,52(16):149.
　Yang Rui,et al.Inhibitory mechanism of Bacillus amyloliquefacien PB-1 against Botrytis cinerea[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(04):149.
[3]刘萍,牛新湘,管力慧,等.葡萄致腐菌灰葡萄孢及其拮抗菌贝莱斯芽孢杆菌的分离鉴定[J].江苏农业科学,2024,52(15):144.
　Liu Ping,et al.Isolation and identification of Botrytis cinerea causing grape rot and its antagonistic bacteria Bacillus velezensisb[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(04):144.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2012-10-21 基金项目：云南省应用基础研究计划(青年项目)(编号：2012FD046)；云南省教育厅科学研究基金一般项目(编号：2011Y234)。 作者简介：张悦(1981—)，男，博士，副教授，研究方向为植物病理学。E-mail：www151519190@163.com。
更新日期/Last Update: 1900-01-01