[1]张闻,郑立稳,王加宁,等.利用实时荧光定量PCR特异检测多环芳烃污染土壤中的外源降解菌[J].江苏农业科学,2018,46(11):15-18.
　Zhang Wen,et al.Application of a real-time quantitative PCR assay for specific detection of inoculated degrading microbes in soils contaminated by polycyclic aromatic hydrocarbons[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(11):15-18.
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利用实时荧光定量PCR特异检测多环芳烃污染
土壤中的外源降解菌()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第46卷
期数:
2018年第11期
页码:
15-18
栏目:
生物技术
出版日期:
2018-06-05

文章信息/Info

Title:
Application of a real-time quantitative PCR assay for specific detection of inoculated degrading microbes in soils contaminated by polycyclic aromatic hydrocarbons
作者:
张闻1;  郑立稳1;  王加宁1;  黄玉杰1;  张思玉2;  高永超1;  陈贯虹1;  郭书海1; 2;  季蕾1;  王磊磊1
1.齐鲁工业大学(山东省科学院)/山东省科学院生态研究所/山东省应用微生物重点实验室，山东济南 250103；
2.中国科学院沈阳应用生态研究所，辽宁沈阳 110164
Author(s):
Zhang Wen; et al
关键词:
实时荧光定量PCR; 多环芳烃; 土壤; 外源降解菌; 假单胞菌
Keywords:
-
分类号:
X53
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
生物强化法修复有机污染土壤过程中，外源降解菌的丰度直接关系着修复效果，有必要开发出特定外源降解菌在土壤中的数量检测方法。针对多环芳烃降解菌PPZ-1，基于基因组测序结果，筛选可能的特异基因序列，设计对应引物。比对各组引物对菌株及污染土壤样品DNA的PCR扩增产物，确定适于实时荧光定量PCR检测的特异性基因序列和引物。以含有特异性基因序列的重组质粒为标准品，确定实时荧光定量PCR反应试验条件，建立标准曲线。将该方法应用于投加了菌株PPZ-1的多环芳烃污染土壤，验证其可行性。结果表明，所筛选的特异性引物在菌株中可以扩增出条带，在土壤样品相同位置无明显条带，具有较好的特异性。实时荧光定量PCR反应标准曲线相关系数为 0.999 9，斜率为-3.365，扩增效率为98.233%，熔点曲线无杂峰。对投加了外源降解菌PPZ-1的多环芳烃污染土壤进行绝对定量检测，检测数值与理论值数量级相同，该检测方法能较准确地反映土壤中PPZ-1的数量。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Zhang P，Chen Y. Polycyclic aromatic hydrocarbons contamination in surface soil of China：a review［J］. Science of the Total Environment，2017，605/606：1011-1020.
［2］Xu S，Liu W，Tao S. Emission of polycyclic aromatic hydrocarbons in China［J］. Environmental Science & Technology，2006，40(3)：702-708.
［3］Sun G D，Xu Y，Jin J H，et al. Pilot scale ex-situ bioremediation of heavily PAHs-contaminated soil by indigenous microorganisms and bioaugmentation by a PAHs-degrading and bioemulsifier-producing strain［J］. Journal of Hazardous Materials，2012，233/234(3)：72-78.
［4］Peng S，Wu W，Chen J. Removal of PAHs with surfactant-enhanced soil washing：influencing factors and removal effectiveness［J］. Chemosphere，2011，82(8)：1173-1177.
［5］Pazos M，Rosales E，Alcántara T，et al. Decontamination of soils containing PAHs by electroremediation：a review［J］. Journal of Hazardous Materials，2010，177(1/2/3)：1-11.
［6］Gan S，Lau E V，Ng H K. Remediation of soils contaminated with polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs)［J］. Journal of Hazardous Materials，2009，172(2/3)：532-549.
［7］魏春花，曾文炉，周启星，等. 荧光定量PCR技术在环境领域的应用［J］. 中国环境监测，2012，28(4)：48-53.
［8］刘雅慈，何泽，张胜，等. 油气田土壤甲烷氧化菌实时荧光定量PCR检测技术的建立与应用［J］. 微生物学通报，2014，41(6)：1071-1081.
［9］张海燕，张小芳，魏兰芳，等. 土壤中茄科雷尔氏菌实时荧光定量PCR快速检测体系的建立与应用［J］. 江苏农业科学，2017，45(14)：17-20.
［10］Ghler A，Trung T T，Hopf V，et al. Quantitative detection of Burkholderia pseudomallei in soil samples using multiple gene targets in real time PCR［J］. Applied and Environmental Microbiology，2017，83(8)：3212-3216.
［11］张海燕，张小芳，魏兰芳，等. 土壤中茄科雷尔氏菌实时荧光定量PCR快速检测体系的建立与应用［J］. 江苏农业科学，2017，45（14）：17-20.
［12］张永英，马腾壑，刘彦威，等. 猪瘟病毒强毒株SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立［Ｊ］. 江苏农业科学，２０１７，４５（１３）：１４２-１４３.
［13］张文志，鲁绯，闫红. 酱油中抗草甘膦大豆转基因多种成分的检测：实时荧光定量PCR和传统PCR的比较［J］. 江苏农业科学，2016，44(6)：372-376.
［14］Yu C P，Farrell S K，Robinson B，et al. Development and application of real-time PCR assays for quantifying total and aerolysin gene-containing Aeromonas in source，intermediate，and finished drinking water［J］. Environmental Science & Technology，2008，42(4)：1191-1200.
［15］魏巍，许艳丽，朱琳，等. 土壤木霉菌实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用［J］. 土壤与作物，2013，2(1)：53-58.
［16］Tay S L，Hemond F，Krumholz L，et al. Population dynamics of two toluene degrading bacterial species in a contaminated stream［J］. Microbial Ecology，2001，41(2)：124-131.
［17］王金玉，李旭东，刘庆华. 荧光定量PCR检测生物强化SBR系统中苯胺降解菌的数量变化［J］. 环境科学学报，2014，34(7)：1674-1679.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2017-08-29
基金项目：国家自然科学基金(编号：41601331)；国家国际科技合作专项(编号：2014DFE90100)；山东省自然科学基金(编号：BS2015HZ011)；泰山学者工程专项；中国科学院沈阳分院-山东省科学院青年科学家合作伙伴项目。
作者简介：张闻(1983—)，女，山东泰安人，博士，助理研究员，主要从事环境污染修复研究。E-mail：zw-sunshine@163.com。
更新日期/Last Update: 2018-06-05