[1]朱颖,陈瑜,唐俊,等.田螺科4种代表性贝类基因组调研及SSR特征分析[J].江苏农业科学,2023,51(6):40-47.
　Zhu Ying,et al.Genome survey and SSR characteristic analysis of four representative snails of Viviparidae species[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(6):40-47.
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田螺科4种代表性贝类基因组调研及SSR特征分析()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第6期
页码:
40-47
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-03-20

文章信息/Info

Title:
Genome survey and SSR characteristic analysis of four representative snails of Viviparidae species
作者:
朱颖;  陈瑜;  唐俊;  季秋婷;  王俊杰;  唐伯平;  王刚
盐城师范学院湿地学院/江苏省盐土生物资源研究重点实验室，江苏盐城 224007
Author(s):
Zhu Ying; et al
关键词:
田螺科; 贝类; 基因组评估; SSR; 杂合率; 基因组大小
Keywords:
-
分类号:
Q789
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
田螺科贝类是淡水软体动物的重要物种，在生态方面具有重要作用，并具有较高的经济价值，但目前田螺科物种参考基因组缺乏。本研究选取田螺科中华园田螺、铜锈环棱螺、多棱角螺、湄公螺等代表性贝类，基于Illumina 测序数据，对4个贝类基因组大小、重复序列和杂合度等基因组特征，采用K-mer 法进行预测。使用SOAPdenove软件对4种贝类进行初步组装，用MISA进行SSR分子标记鉴定和特征分析。结果表明，4种田螺科贝类基因组大小分别为1 353、896、991、1 196 Mb，杂合度分别为0.77%、1.37%、2.41%、0.91%，重复序列比例分别为26.2%、26.7%、278%、28.8%，基因组的GC含量分别约为33.4%、33.7%、33.1%、33.8%。说明这4个田螺科贝类杂合较高、重复序列较低。基因组初步组装结果显示，4种贝类基因组相对K-mer评估结果偏大，但GC含量及测序深度与K-mer结果较为一致。根据SSR特征分析，在田螺科4个贝类基因组序列中分别鉴定到928 562、824 342、739 299、739 407个SSR，其中，在单核苷酸至六核苷酸重复序列类型中A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、ATAAT/ATTAT、CTAACC/GGTTAG 占比最高，其中长度为10~24 bp的SSR分别占69.7%、64.9%、68.4%、70.2%。本研究为田螺科4个代表性物种基因组精细图谱构建提供了参考，同时为SSR分子标记开发和田螺科物种资源保护和利用提供了分子依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2022-10-04
基金项目：国家自然科学基金(编号：32270487)；江苏省社会发展重点研发计划(编号：BE2020673)。
作者简介：朱颖(2002—)，女，江苏盐城人，主要研究软体动物类基因组。E-mail：HappyPigzhuyin@outlook.com。
通信作者：王刚，博士，讲师，主要从事分子进化生物学研究。E-mail：baiwang0708@163.com。
更新日期/Last Update: 2023-03-20