[1]杨涌,付丽枝,王萌,等.板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性分析[J].江苏农业科学,2024,52(21):40-46.
　Yang Yong,et al.Analysis of codon usage bias in chloroplast genome of Castanea mollissima[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(21):40-46.
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板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性分析()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第52卷
期数:
2024年第21期
页码:
40-46
栏目:
生物技术
出版日期:
2024-11-05

文章信息/Info

Title:
Analysis of codon usage bias in chloroplast genome of Castanea mollissima
作者:
杨涌1; 2; 付丽枝1; 2; 王萌2; 3; 王旋2; 3; 刘静2; 3; 于立洋2; 3; 王东升2; 3; 路艺2; 3; 张海娥2; 3
1.河北科技师范学院园艺科技学院，河北秦皇岛 066004； 2.板栗产业技术教育部工程研究中心/河北省特色园艺种质挖掘与创新利用重点实验室，河北秦皇岛 066004； 3.河北省板栗产业协同创新中心，河北秦皇岛 066004
Author(s):
Yang Yong; et al
关键词:
板栗; 叶绿体基因组; 密码子; 使用偏好性; 最优密码子
Keywords:
-
分类号:
S664.201
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为明确板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性及其形成原因，利用CodonW与EMBOSS软件对从板栗叶绿体基因组密码子中筛选出来的52条蛋白编码序列进行分析。结果显示，板栗叶绿体基因组密码子中同义密码子相对使用频率超过1的有31个，并且多以A或U结尾，表明板栗叶绿体基因组偏好使用以A或U结尾的密码子；板栗叶绿体基因组蛋白编码序列的有效密码子数平均值为48.04(大于35)，说明板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性较弱。板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性参数相关性分析结果显示，板栗叶绿体基因组密码子第1位置GC含量与第2位置GC含量呈极显著相关(P<0.01)，而密码子第3位置GC含量与第1、第2位置GC含量无显著相关性(P>005)，表明板栗叶绿体基因组密码子中第1位置和第2位置碱基组成明显相同，而第3位置碱基与第1、第2位置碱基组成明显不同；此外，ENC值与第3位置GC含量呈显著相关(P<0.05)，说明板栗叶绿体基因组密码子第3位置碱基组成在一定程度上会影响其密码子使用偏好性。通过中性绘图、ENC-plot绘图、PR2-plot绘图分析表明，板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性受自然选择压力和突变压力共同影响，但自然选择压力是主要影响因素。最终根据RSCU值与ΔRSCU值从板栗叶绿体基因组密码子中筛选出16个最优密码子。以上研究结果丰富了板栗种质资源的遗传背景信息，为板栗叶绿体基因工程、演化和分类等研究提供了理论基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2023-12-19
基金项目：国家重点研发计划(编号：2022YFD2200400)；河北省重点研发计划(编号：21326304D)；河北科技师范学院博士启动基金(编号：2023YB026)。
作者简介：杨涌(1995—)，男，江苏盐城人，硕士研究生，研究方向为板栗育种。E-mail：1725722566@qq.com。
通信作者：张海娥，博士，研究员，研究方向为板栗育种。E-mail：zhang33haie4@163.com。
更新日期/Last Update: 2024-11-05