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[1]滕尧,杨加文,何选泽,等.贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析[J].江苏农业科学,2025,53(3):35-44.
　Teng Yao,et al.Characteristics and phylogenetic analysis of chloroplast genome in Pittosporum kweichowense[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2025,53(3):35-44.
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贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第53卷
期数:
2025年第3期
页码:
35-44
栏目:
生物技术
出版日期:
2025-02-05

文章信息/Info

Title:
Characteristics and phylogenetic analysis of chloroplast genome in Pittosporum kweichowense
作者:
滕尧1;  杨加文2;  何选泽2;  张小英2;  李嘉昱2;  陈彩霞2;  袁茂琴2;  彭熙1
1.贵州科学院贵州省山地资源研究所，贵州贵阳 550001； 2.贵州科学院贵州省植物园，贵州贵阳 550004
Author(s):
Teng Yao; et al
关键词:
贵州海桐; 叶绿体基因组; 结构特征; 密码子偏好性; 系统发育分析
Keywords:
-
分类号:
S718.46
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系，本研究基于Illumina高通量测序技术，采用生物信息学方法对序列进行组装，获得贵州海桐完整叶绿体基因组，并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基因组比对信息及系统发育关系等进行分析。结果表明，(1)贵州海桐叶绿体基因组呈典型的四分体结构，总长度为153 582 bp，其中大单拷贝区(LSC)为84 944 bp，小单拷贝区(SSC)为18 740 bp，此外还有2个长度为24 949 bp的反向重复序列区(IR)，总GC含量为38.94%。(2)注释到130个基因，其中包括85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)共检测到25 910个密码子，其中编码亮氨酸(Leu)的密码子数量最多，密码子第3位碱基有较高的A/U偏好性。(4)通过微卫星分析鉴定到44个简单重复序列(SSR)位点，且明显偏好使用A/T碱基。(5)海桐花属植物的叶绿体基因组IR/SC边界相对保守，变异主要存在于LSC。(6)系统发育分析结果显示，贵州海桐、昆明海桐(P. kunmingense)的亲缘关系最近。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2024-08-28
基金项目：贵州省科技计划(编号：黔科合基础-ZK［2024］一般625)；贵州省林业科研项目(编号：黔林科合［2022］01号)。
作者简介：滕尧(1991—)，男，贵州罗甸人，硕士，助理研究员，主要研究方向为植物资源栽培利用。E-mail：574177089@qq.com。
通信作者：彭熙，硕士，副研究员，主要研究方向为土壤与植物互作。E-mail：pengxi7979@163.com。
更新日期/Last Update: 2025-02-05