[1]李兴,任毅,马娟,等.牛蒡叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2025,53(22):193-201.
　Li Xing,et al.Analysis of codon usage bias in chloroplast genome of Arctium lappa L.[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2025,53(22):193-201.
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牛蒡叶绿体基因组密码子偏好性分析()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第53卷
期数:
2025年第22期
页码:
193-201
栏目:
园艺与林学
出版日期:
2025-11-20

文章信息/Info

Title:
Analysis of codon usage bias in chloroplast genome of Arctium lappa L.
作者:
李兴1; 任毅1; 马娟1; 赵嘉晨3; 李锦萍1; 2
1.青海师范大学生命科学学院，青海西宁 810016； 2.青海师范大学高原科学与可持续发展研究院，青海西宁 810016；3.陕西中医药大学生命科学学院，陕西咸阳 712046
Author(s):
Li Xing; et al
关键词:
牛蒡; 叶绿体基因组; 最优密码子; 自然选择; 菊科
Keywords:
-
分类号:
S188；S567.23+9.01
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
本研究旨在探讨牛蒡叶绿体基因组中密码子的使用偏好，并分析其主要影响因素，同时确定最优密码子，为菊科植物叶绿体基因组研究提供参考。根据NCBI数据库中GenBank登录号MH375874.1，下载牛蒡叶绿体基因序列构建图谱分析，并筛选出49条CDS序列利用Codon W、CUSP、Excel及SPSS软件进行参数获取、绘图以及最优密码子分析。牛蒡叶绿体基因组全长152 767 bp，GC含量为37.87%，且GC1(46.05%)>GC2(37.97%)>GC3(29.61%)，密码子第3位碱基倾向以A/U结束；ENC值均大于35，CAI均值为0.171，CBI均值为-0.093，Fop均值为0.356，这些指标共同表明其密码子偏好性较弱；通过ENC-plot绘图、PR2-plot绘图以及中性绘图分析，发现自然选择是塑造密码子使用偏好的主要驱动因素。最终鉴定出14个最优密码子，其中仅有1个以G结尾密码子，其余密码子均以A或U结尾。研究表明，影响牛蒡叶绿体基因组密码子偏好性形成的关键因素是自然选择，该研究为深入挖掘和利用牛蒡的潜在价值提供了理论依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2024-11-21
基金项目：青海省科技计划应用基础研究项目(编号：2023-ZJ-749)。
作者简介：李兴(2000—)，男，陕西泾阳人，硕士研究生，主要从事药用植物资源评价研究。E-mail：lx20242024@126.com。
通信作者：李锦萍，博士，教授，主要从事资源生理生态学及资源化学等研究。E-mail：2008ljp@163.com。
更新日期/Last Update: 2025-11-20