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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第41卷

期数:

2013年06期

页码:

31-35

栏目:

生物技术

出版日期:

2013-06-25

文章信息/Info

Title:

Molecular identification of 4 strains of Pseudomonas spp. based on 16S rDNA sequence

作者:

谭凤霞;  柴毅

长江大学动物科学院，湖北荆州 434025

Author(s):

Tan Fengxia; et al

关键词:

假单胞菌(Pseudomonas); 16S rDNA; 分子鉴定

Keywords:

-

分类号:

S917.1

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列，在GenBank中通过BLAST查找其同源序列，应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析，分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树。3种序列分析方法结果显示，由Jotun Hein法可知，菌株 T₃与菌株 T₆序列相似度最高为98.5%，菌株 T₄与Pseudomonas sp. N9-1序列相似度最高为99.1%，菌株 T₅与Pseudomonas sp. N9-1序列相似度最高为99.6%，菌株T₆与Pseudomonas putida KF703及菌株 T₅序列相似度最高为99.1%；由Clustal V法可知，菌株 T₃与Pseudomonas sp. N9-1序列相似度最高为97.0%，菌株 T₄与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp. N9-1及菌株 T₅序列相似度最高为97.7%，菌株T₅与Pseudomonas plecoglossicida S21 序列相似度最高为98.9%，菌株T₆与菌株T₅序列相似度最高为97.2%；由Clustal W法可知，菌株T₃与Pseudomonas sp. N9-1序列相似度最高均为97.7%，菌株 T₄与Pseudomonas plecoglossicida S21 序列相似度最高为99.3%，菌株T₅与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.6%，菌株T₆与Pseudomonas sp. N9-1 序列相似度最高为97.9%。4种方法构建的系统发育树基本一致，可初步确立4株菌株的分类地位：菌株 T₃与Pseudomonas sp. G53亲缘关系最近，菌株 T₄与序列Pseudomonas sp. N9-1以及Pseudomonas sp. WP6亲缘关系最近，菌株T₅与Pseudomonas sp. 3-3(2010)亲缘关系最近，菌株T₆与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近。

Abstract:

-

参考文献/References:

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相似文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2012-12-10
基金项目：长江大学博士启动基金(编号：801200010110)。
作者简介：谭凤霞(1979—)，女，山东潍坊人，博士，副教授，从事微生物学研究。Tel：(0716)8066290；E-mail：tanfengxia2008@163.com。
通信作者：柴毅，博士，副教授，从事鱼类生理学研究。E-mail：chaiyi123456@126.com。

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更新日期/Last Update: 2013-06-25