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[1]方辉,蒋胜理,曲俊杰,等.基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析[J].江苏农业科学,2017,45(20):64-67.
 Fang Hui,et al.SSR information analysis of Vitis quinquangularis Rehd transcriptome based on high-throughput sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(20):64-67.
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基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第45卷
期数:
2017年20期
页码:
64-67
栏目:
生物技术
出版日期:
2017-10-20

文章信息/Info

Title:
SSR information analysis of Vitis quinquangularis Rehd transcriptome based on high-throughput sequencing
作者:
方辉1 蒋胜理1 曲俊杰1 周思泓1 潘凤英12
1.广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,广西南宁 530007; 2.广西农业科学院,广西南宁 530007
Author(s):
Fang Huiet al
关键词:
毛葡萄转录组高通量测序简单重复序列(SSR)
Keywords:
-
分类号:
S663.101
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
利用毛葡萄叶片高通量转录组测序数据进行简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)搜索并对其所在的序列进行注释,从而为毛葡萄分子标记开发提供有效信息。从35 238条质量较高的unigene中搜索到4 428个SSR位点,对这些序列进行基因本体(gene ontology,简称GO)、同源蛋白质簇(cluster of orthologous groups of proteins,简称COGs)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyslopedia of genes and genomes,简称KEGG)分类,给出功能注释和Pathway注释,共注释了3 197条unigene。COG数据库将SSR序列分成25类,通过GO分类和KEGG富集性分析,将SSR序列分别归类于38个GO类别和103条通路。这些序列涉及了许多重要的生物功能和代谢途径,预示着这些潜在的标记可能与重要的生物功能有关,这些信息为毛葡萄分子标记的开发和应用奠定了基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期:2016-04-22
基金项目:国家博士后基金(编号:2014M562497XB);广西八桂学者专项资金(编号:[2013]3);广西自然科学基金(编号:2015GXNSFBA139078);广西农业科学院科技发展基金(编号:2015JM28)。
作者简介:方辉(1984—),男,湖北孝感人,硕士,助理研究员,主要从事植物功能基因组学方面的研究。E-mail:fanghui2002@163.com。
通信作者:潘凤英,博士,助理研究员,主要从事葡萄抗病基因挖掘研究。E-mail:panfengying@163.com。
更新日期/Last Update: 2017-10-20