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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第46卷

期数:

2018年第20期

页码:

28-32

栏目:

生物技术

出版日期:

2018-10-20

文章信息/Info

Title:

Bioinformatics analysis of structure and function of TYRP1 gene encoded protein in American mink

作者:

王亚琪;  郭敏;  刘铮铸;  耿立英;  张传生;  巩元芳;  李祥龙;  彭永东

河北科技师范学院动物科技学院，河北秦皇岛 066004

Author(s):

Wang Yaqi; et al

关键词:

美洲水貂; 酪氨酸酶相关蛋白质1; 毛色; 蛋白质结构; 生物信息学

Keywords:

-

分类号:

S865.2⁺2

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

基于生物基因组学数据库，对美洲水貂酪氨酸酶相关蛋白质1(TYRP1)基因进行生物信息学分析，为其遗传特性及编码蛋白质功能机制的研究提供基础数据。生物信息学分析结果表明，美洲水貂TYRP1基因共编码537个氨基酸，其编码产物为不稳定的亲水蛋白质。二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主，含有1个酪氨酸酶超家族结构域，存在信号肽、跨膜结构域和二硫键。该蛋白质主要在内质网中发挥细胞被膜、运输和结合的作用，同时还通过信号转导在细胞内发挥其生物学作用。系统进化情况和动物分类学基本一致，美洲水貂和雪貂的亲缘关系最近。美洲水貂TYRP1基因编码蛋白质在生物进化中具有较强保守性，该基因结构和功能的分析为水貂TYRP1基因遗传特性的进一步研究奠定了基础。

Abstract:

-

参考文献/References:

［1］赵红琼，刘志强，聂永梅，等. 新疆南疆绒山羊皮肤毛囊结构研究［J］. 新疆农业科学，2002，39(4)：200-203.
［2］Cieslak M，Reissmann M，Hofreiter M，et al. Colours of domestication［J］. Biological Reviews，2011，86(4)：885-899.
［3］Nakamura K，Ozaki A，Akutsu T，et al. Genetic mapping of the dominant albino locus in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)［J］. Molecular Genetics and Genomics，2001，265(4)：687-693.
［4］Slominski A，Plonka P M，Pisarchik A，et al. Preservation of eumelanin hair pigmentation in proopiomelanocortin-deficient mice on a nonagouti (a/a) genetic background［J］. Endocrinology，2005，146(3)：1245-53.
［5］Zdarsky E，Favor J，Jackson I J. The molecular basis of brown，an old mouse mutation，and of an induced revertant to wild type［J］. Genetics，1990，126(2)：443-449.
［6］Berryere T G，Schmutz S M，Schimpf R J，et al. TYRP1 is associated with dun coat colour in Dexter cattle or how now brown cow?［J］. Animal Genetics，2003，34(3)：169-175.
［7］Schmutz S M，Berryere T G，Goldfinch A D. TYRP1 and MC1R genotypes and their effects on coat color in dogs［J］. Mammalian Genome，2002，13(7)：380-387.
［8］Gratten J，Beraldi D，Lowder B V，et al. Compelling evidence that a single nucleotide substitution in TYRP1 is responsible for coat-colour polymorphism in a free-living population of soay sheep［J］. Proceedings Biological sciences，2007，274(1610)：619-626.
［9］Ren J，Mao H，Zhang Z，et al. A 6-bp deletion in the TYRP1 gene causes the brown colouration phenotype in Chinese indigenous pigs［J］. Heredity，2011，106(5)：862-868.
［10］Kenny E E，Myles S. Melanesian blond hair is caused by an amino acid change in TYRP1［J］. Science，2012，336(6081)：554.
［11］牛亚茹，丁晓麟，胡进，等. 英国史宾格犬酪氨酸关联蛋白1(TYRP1)基因多态性及单倍型研究［J］. 中国畜牧杂，2016，52(13)：12-17.
［12］郝晔，施丽娟，闫晓荣，等. 獭兔酪氨酸酶相关蛋白1(Tyrp1)基因序列分析及外显子多态性研究［J］. 安徽农业科学，2016，44(9)：164-167，196.
［13］王明亮，陈鹏，郝明超，等. 黄牛FSHR基因的生物信息学分析［J］. 甘肃农业大学学报，2012，47(4)：7-13.
［14］Jensen L J，Gupta R，Blom N，et al. Prediction of human protein function from post-translational modifications and localization features［J］. Journal of Molecular Biology，2002，319(5)：1257-1265.
［15］Jensen L J，Gupta R，Staerfeldt H H，et al. Prediction of human protein function according to gene ontology categories［J］. Bioinformatics，2003，19(5)：635-642.
［16］Hall T A. BioEdit：a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT［J］. Nucleic Acids Symp Ser，1999，41：95-98.
［17］Saitou N，Nei M. The neighbor-joining method：a new method for reconstructing phy logenetic trees［J］. Molecular Biology and Evolution，1987，4 (4)：406-425.
［18］Skolnick J，Fetrow J S. From genes to protein structure and function：novel applications of computational approaches in the genomic era［J］. Trends in biotechnology，2000，18(1)：34-39.
［19］曹建，罗玉柱，胡江，等. 甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析［J］. 甘肃农业大学学报，2012，47(4)：20-26.
［20］杨民红，李兰会. 动物皮毛色泽形成机制研究进展［J］. 贵州畜牧兽医，2013，37(5)：21-25.
［21］Sarangarajan R，Zhao Y，Babcock G，et al. Mutant alleles at the brown locus encoding tyrosinase-related protein-1 (TRP-1) affect proliferation of mouse melanocytes in culture［J］. Pigment Cell and Melanoma Research，2000，13(5)：337-344.
［22］郑会芹. 山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究［D］. 保定：河北农业大学，2010.
［23］李丽莎，李祥龙，毛艳朋，等. 山羊TYRP1基因编码蛋白结构及功能的生物信息学分析［J］. 贵州农业科学，2015，43(10)：147-152.
［24］Jackman M P，Hajnal A，Lerch K. Albino mutants of Streptomyces glaucescens tyrosinase［J］. Biochemical journal，1991，274(3)：707-713.
［25］Chen H，Salopek T G，Jimbow K. The role of phosphoinositide 3-kinase in the sorting and transport of newly synthesized tyrosinase-related protein-1(TRP-1)［J］. Journal of Investigative Dermatology Symposium Proceedings，2001，6(1)：105-114.
［26］Garnier J，Gibrat J F，Robson B. GOR method for predicting protein secondary structure from amino acid sequence［J］. Methods in Enzymology，1996，266：540-553.

相似文献/References:

备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2017-05-10
基金项目：国家自然科学基金(编号：31501940)；河北省高校创新团队领军人才培育计划(编号：LJRC004)。
作者简介：王亚琪(1993—)，女，河北廊坊人，硕士研究生，从事动物遗传育种研究。E-mail：934631556@qq.com。
通信作者：彭永东，博士，讲师，主要从事动物遗传育种研究。E-mail：pyongdong123@126.com。

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更新日期/Last Update: 2018-10-20