[1]李大命,张彤晴,唐晟凯,等.基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析[J].江苏农业科学,2018,46(20):36-39.
Li Daming,et al.Study on genetic diversity of Coilia nasus population in Lake Hongze based on mtDNA Cytb gene and D-loop sequences[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(20):36-39.
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基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖
湖鲚遗传多样性分析(PDF)
Li Daming,et al.Study on genetic diversity of Coilia nasus population in Lake Hongze based on mtDNA Cytb gene and D-loop sequences[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(20):36-39.
湖鲚遗传多样性分析(PDF)
《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]
- 卷:
- 第46卷
- 期数:
- 2018年第20期
- 页码:
- 36-39
- 栏目:
- 生物技术
- 出版日期:
- 2018-10-20
文章信息/Info
- Title:
- Study on genetic diversity of Coilia nasus population in Lake Hongze based on mtDNA Cytb gene and D-loop sequences
- 作者:
- 李大命1; 张彤晴1; 唐晟凯1; 关浩勇2; 刘燕山1; 穆欢3; 黄越峰3; 潘建林1
-
1.江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室，江苏南京 210017； 2.南京师范大学生命科学学院，江苏南京 210046；
3.江苏省洪泽湖渔业管理委员会办公室，江苏淮安 223300
- Keywords:
- -
- 分类号:
- S917
- DOI:
- -
- 文献标志码:
- A
- 摘要:
- 利用线粒体细胞色素b(cytochrome b，简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记，调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明，Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量，显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点，定义13个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为 0.762±0.067、0.0018 2±0.000 28，平均碱基差异数为2.073；40条D-loop区序列检出54个变异位点，定义17个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.727±0.078、0.006 10±0.001 00，平均碱基差异数为7.378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.004之间，17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.018之间，邻接法(neighbour-joining method，简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajimas D和Fus Fs结果产生的D和Fs值为负值，且Cytb基因的Fs值统计结果有极显著差异(P<0.01)。同时，Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型，均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看，洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性，呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。
- Abstract:
- -
参考文献/References:
［1］张敏莹，徐东坡，刘凯，等. 长江下游刀鲚生物学及最大持续产量研究［J］. 长江流域资源与环境，2005，14(6)：694-698.
［2］唐文乔，胡雪莲，杨金权. 从线粒体控制区全序列变异看短颌鲚和湖鲚的物种有效性［J］. 生物多样性，2007，15(3)：224-231.
［3］杨金权，胡雪莲，唐文乔，等. 长江口邻近水域刀鲚的线粒体控制区序列变异与遗传多样性［J］. 动物学杂志，2008，43(1)：8-15.
［4］杨金权，胡雪莲，唐文乔. 长江及其南部邻近水域刀鲚的种群遗传结构及种群历史［J］. 上海水产大学学报，2008，17(5)：513-519.
［5］刘文斌. 中国跻属四种鱼的生化和形态比较及其系统发育的研究［J］. 海洋与湖沼，1995，26(5)：558-564.
［6］程起群，温俊娥，王云龙，等. 刀鲚与湖鲚线粒体细胞色素b基因片段多态性及遗传关系［J］. 湖泊科学，2006，18(4)：425-430.
［7］肖武汉，张亚平. 鱼类线粒体DNA的遗传与进化［J］. 水生生物学报，2000，24(4)：384-391.
［8］魏广莲，徐钢春，顾若波，等. 基于mtDNA Cytb序列分析养殖与野生刀鲚群体的遗传多样性［J］. 江西农业大学学报，2012，34(6)：1216-1221，1244.
［9］胡静，侯新远，尹绍武，等. 基于mtDNA COⅠ和Cytb基因序列对南中国海不同海域波纹唇鱼群体遗传多样性的研究［J］. 水生生物学报，2014，38(6)：1008-1016.
［10］Sbisà E，Tanzariello F，Reyes A，et al. Mammalian mitochondrial D-loop region structure analysis：identification of new conserved sequences and their functional and evolutionary implifications［J］. Gene，1997，205(1/2)：125-140.
［11］朱松泉，窦鸿身. 洪泽湖-水资源和水生生物资源［M］. 安徽：中国科技大学出版社，1993：174-181.
［12］王欣，张胜宇. 洪泽湖渔业发展与生态保护的基本途径［J］. 渔业信息与战略，2008，23(3)：19-21.
［13］林明利，张堂林，叶少文，等. 洪泽湖鱼类资源现状，历史变动和渔业管理策略［J］. 水生生物学报，2013，37(6)：1118-1127.
［14］Xiao W H，Zhang Y P，Liu H Z. Molecular systematics of Xenocyprinae (Teleostei：Cyprinidae)：taxonomy，biogeography，and coevolution of a special group restricted in East Asia［J］. Molecular Phylogenetics and Evolution，2001，18(2)：163-173.
［15］Thompson J D，Gibson T J，Plewniak F，et al. The CLUSTAL_X windows interface：flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools［J］. Nucleic Acids Research，1997，25(24)：4876-4882.
［16］Tamura K，Peterson D，Peterson N，et al. MEGA5：molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood，evolutionary distance，and maximum parsimony methods［J］. Molecular Biology and Evolution，2011，28(10)：2731-2739.
［17］Librado P，Rozas J. DnaSP v5：a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data［J］. Bioinformatics，2009，25(11)：1451-1452.
［18］孙鹏，彭士明，尹飞，等. 南海海区鲻鱼(Mugil cephalus)COⅠ基因序列的遗传多样性分析［J］. 海洋与湖沼，2011，42(1)：131-136.
［19］陈竹，钟山，罗大极，等. 基于线粒体D-loop区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性［J］. 水生生物学报，2011，35(5)：761-767.
［20］Ma C Y，Cheng Q Q，Zhang Q Y，et al. Genetic variation of Coilia ectenes(Clupeiformes：Engraulidae) revealed by the complete cytochrome b sequences of mitochondrial DNA［J］. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology，2010，385(1/2)：14-19.
［21］Grant S，Bowen B W. Shallow population histories in deep evolutionary lineages of Marine fishes：insights from sardines and anchovies and lessons for conservation［J］. Journal of Heredity，1998，89(5)：415-426.
［22］Hickerson M J，Meyer C P. Testing comparative phylogeographic models of Marine vicariance and dispersal using a hierarchical Bayesian approach［J］. BMC Evolutionary Biology，2008，8(3)：322.
［23］Fu Y X. Statistical tests of neutrality of mutations against population growth，hitchhiking and background selection［J］. Genetics，1997，147(2)：915-925.
［24］Marcia Barbosa A，Real R，Munoz A R，et al. New measures for assessing model equilibrium and prediction mismatch in species distribution models［J］. Diversity and Distributions，2013，19(10)：1333-1338.
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备注/Memo
- 备注/Memo:
-
收稿日期：2017-06-28
基金项目：江苏省海洋与渔业资源环保项目(编号：ZYHB16-3)。
作者简介：李大命(1981—)，男，河南驻马店人，博士，副研究员，主要从事湖泊渔业资源与环境研究。Tel：(025)86581574；E-mail：ldm8212@126.com。
通信作者：潘建林，博士，研究员，主要从事鱼类遗传育种研究。Tel：(025)86581574；E-mail：Jianlinpan2006@126.com。
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