«上一篇/Previous Article|本期目录/Table of Contents|下一篇/Next Article»

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第47卷

期数:

2019年第02期

页码:

54-58

栏目:

生物技术

出版日期:

2019-01-20

文章信息/Info

Title:

Bioinformatic analysis of SSR information in Tirpitzia sinensis transcriptome

作者:

黄建敏¹; 2;  李菲¹; 2;  刘云静¹;  李彦勋¹; 2;  汤晓辛¹; 2

1.贵州师范大学生命科学学院，贵州贵阳 550001；2.贵州省植物生理与发育调控重点实验室，贵州贵阳 550001

Author(s):

Huang Jianmin; et al

关键词:

青篱柴; 转录组; SSR; 重复类型; 重复基元

Keywords:

-

分类号:

Q811.4

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat，简称SSR)位点信息，开发青篱柴分子标记技术，采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据，经过生物信息学软件Trinity拼接后，获得66 755条单基因簇(universal gene，简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点，分布在18 972条unigene中，出现频率为33.77%，发生频率为28.42%，SSR平均长度为15 bp，平均分布频率是1/3.98 kb，在青篱柴转录组的SSR中，单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型，分别占总SSR的47.59%、27.95%、23.45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10~144 bp之间，大多小于24 bp，大于24 bp的仅有0.22%(48个SSR位点)。另外，设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高，具有很大的可开发性。

Abstract:

-

参考文献/References:

［1］Senan S，Kizhakayil D，Sasikumar B，et al. Methods for development of microsatellite markers：an overview［J］. Notulae Scientia Biologicae，2014，6(1)：1-13.
［2］Sharma R，Maloo S R，Choudhary S，et al. Microsatellite markers：an important DNA fingerprinting tool for characterization of crop plants［J］. The Journal of Plant Science Research，2015，31(1)：83.
［3］Powell W，Machray G C，Provan J. Polymorphism revealed by simple sequence repeat［J］. Trends in Plant Science，1996，1(7)：215-222.
［4］Jacobsen B H，Hansen M M，Loeschcke V. Microsatellite DNA analysis of northern pike (Esox lucius L.) populations：insights into the genetic structure and demographic history of a genetically depauperate species［J］. Biological Journal of the Linnean Society，2005，84(1)：91-101.
［5］Aldrich P R，Hamrick J L，Chavarriaga P，et al. Microsatellite analysis of demographic genetic structure in fragmented populations of the tropical tree Symphonia globulifera［J］. Molecular Ecology，1998，7(8)：933-944.
［6］Margulies M，Egholm M，Altman W E，et al. Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors［J］. Nature，2005，437(757)：376-380.
［7］Zialor C. DNA sequencing with chain terminating inhibitors［J］. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，2014，5(1233)：751-780.
［8］Nagalakshmi U，Wang Z，Waern K，et al. The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing［J］. Science，2008，320(5881)：1344-1349.
［9］鄢秀芹，鲁敏，安华明. 刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发［J］. 园艺学报，2015，42(2)：341-349.
［10］王东，曹玲亚，高建平.党参转录组中SSR位点信息分析［J］. 中草药，2014，45(16)：2390-2394.
［11］何海，郭继云，马毅平，等. 茯苓转录组SSR序列特征及其基因功能分析［J］. 中草药，2015，46(23)：3558-3563.
［12］黎晓英，刘胜贵，王丹，等. 鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究［J］. 中草药，2016，47(10)：1762-1767.
［13］黄海燕，杜红岩，乌云塔娜，等. 基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发［J］. 林业科学，2013，49(5)：176-181.
［14］蔡湘文. 黑叶猴的觅食生物学和营养分析［D］. 桂林：广西师范大学，2004.
［15］杜小浪，慕泽泾，肖忠，等. 重庆药用植物新记录［J］. 中国现代中药，2014，16(6)：442-443，450.
［16］喻勋林，薛生国. 湖南都庞岭自然保护区植物区系的研究［J］. 中南林学院学报，1999，19(1)：29-34.
［17］蒋水元，赵瑞峰，李锋，等. 广西石灰岩特有珍稀药用植物类群的基本特征研究［J］. 广西农业生物科学，2008，27(4)：381-387.
［18］Temnykh S，Park W D，Ayres N，et al. Mapping and genome organization of microsatellite sequences in rice (Oryza sativa L.)［J］. Theoretical and Applied Genetics，2000，100(5)：697-712.
［19］Zhang P，Dreisigacker S，Melchinger A E，et al. Quantifying novel sequence variation in CIMMYT synthetic hexaploid wheats and their backcross-derived lines using SSR markers［J］. Molecular Breeding，2005，15(1)：1-10.
［20］Marathi B，Guleria S，Singh N K，et al. Molecular diversity and segregation distortion measured by SSR markers in a new plant type based recombinant inbred line population of rice［J］. Indian Journal of Genetics and Plant Breeding，2011，71(4)：297-303.
［21］蔡年辉，许玉兰，徐杨，等. 云南松转录组SSR的分布及其序列特征［J］. 云南大学学报(自然科学版)，2015，37(5)：770-778.
［22］潜宗伟，陈海丽，崔彦玲. 菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发［J］. 农业生物技术学报，2016，24(11)：1688-1697.
［23］李炎林，杨星星，张家银，等. 南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究［J］. 园艺学报，2014，41(4)：735-745.
［24］陈茵，李翠婷，姜倪皓，等. 灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究［J］. 中国中药杂志，2014，39(7)：1220-1224.
［25］李满堂，张仕林，邓鹏，等. 洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究［J］. 园艺学报，2015，42(6)：1103-1111.
［26］刘越，岳春江，王翊，等. 藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR信息分析［J］. 中国中药杂志，2015，40(11)：2068-2076.
［27］张庆田，李晓艳，杨义明，等. 蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发［J］. 园艺学报，2016，43(3)：557-563.
［28］李荣华，王直亮，陈静芳，等. 菜薹转录组中SSR信息与可用性分析［J］. 园艺学报，2016，43(9)：1816-1824.
［29］张振，张含国，莫迟，等. 红松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发［J］. 林业科学，2015，51(8)：114-120.
［30］王洋洋，单文琪，徐文龙，等. 印度南瓜转录组SSR信息分析及其多态性研究［J］. 园艺学报，2016，43(3)：578-586.
［31］李清，李标，郭顺星 .金钗石斛转录组SSR位点信息分析［J］. 中国中药杂志，2017，42(1)：63-69.
［32］袁阳阳，王青锋，陈进明.基于转录组测序信息的水生植物莕菜SSR标记开发［J］. 植物科学学报，2013，31(5)：485-492.
［33］李翠婷，张广辉，马春花，等. 野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究［J］. 中草药，2014，45(10)：1468-1472.
［34］魏明明，陈钰辉，刘富中，等. 基于转录组测序的茄子SSR标记开发［J］. 植物遗传资源学报，2016，17(6)：1082-1091.
［35］方智振，叶新福，周丹蓉，等. ‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发［J］. 果树学报，2016(4)：416-424.
［36］Biswas M K，Chai L，Mayer C，et al. Exploiting BAC-end sequences for the mining，characterization and utility of new short sequences repeat (SSR) markers in Citrus［J］. Molecular Biology Reports，2012，39(5)：5373-5386.
［37］Li D J，Deng Z，Qin B，et al. De novo assembly and characterization of bark transcriptome using Illumina sequencing and development of EST-SSR markers in rubber tree (Hevea brasiliensis Muell. Arg.)［J］. BMC Genomics，2012，13(1)：192.

相似文献/References:

[1]骆美蓉,江明锋,张鹏,等.山羊分子生物学研究进展[J].江苏农业科学,2014,42(01):46.
　Luo Meirong,et al.Research progress of molecular biology of goat[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(02):46.
[2]章琼,蒋高中,李冰.水产动物对氨氮胁迫响应的转录组分析研究进展[J].江苏农业科学,2015,43(03):227.
　Zhang Qiong,et al.Research progress on transcriptome analyses of aquatic animals in response to ammonia-N stress[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(02):227.
[3]张高阳,邓接楼,柯维忠,等.红麻肌醇加氧酶基因的分离及表达分析[J].江苏农业科学,2017,45(18):48.
　Zhang Gaoyang,et al.Isolation and expression analysis of inositol oxygenase gene in kenaf[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(02):48.
[4]方辉,蒋胜理,曲俊杰,等.基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析[J].江苏农业科学,2017,45(20):64.
　Fang Hui,et al.SSR information analysis of Vitis quinquangularis Rehd transcriptome based on high-throughput sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(02):64.
[5]欧奇,李鑫,田洋,等.多油辣木转录组高通量测序及分析[J].江苏农业科学,2017,45(20):71.
　Ou Qi,et al.High-throughput sequencing and analysis of transcriptome of Moringa oleifera Lam.[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(02):71.
[6]虞杭,张得芳,樊光辉,等.枸杞转录组SSR分布特征分析及其与基因组SSR分布特征的比较[J].江苏农业科学,2018,46(14):24.
　Yu Hang,et al.Characteristic analysis of transcriptome SSR distribution of Lycium barbarum and its comparison with genomic SSR distribution[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(02):24.
[7]陶仕珍,田斌,孙正海,等.绣球藤叶片转录组分析及SSR引物开发[J].江苏农业科学,2018,46(18):43.
　Tao Shizhen,et al.Transcriptome analysis and SSR primer development of Clematis montana leaves[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(02):43.
[8]王传聪,唐修阳,项杰,等.罗氏沼虾转录组SSR标记信息分析[J].江苏农业科学,2018,46(22):56.
　Wang Chuancong,et al.Analysis of SSR markers in transcriptome of Macrobrachium rosenbergii[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(02):56.
[9]梁娥,齐敏杰,丁延庆,等.竹节参转录组使用密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2019,47(02):59.
　Liang E,et al.Analysis of codon bias in Panax japonicus transcriptome[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(02):59.
[10]周军永,陆丽娟,刘茂,等.基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析[J].江苏农业科学,2019,47(04):51.
　Zhou Junyong,et al.Analysis of SSR and SNP characteristics based on transcriptome sequencing of Lifugongzao jujube[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(02):51.

备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2017-08-22
基金项目：国家自然科学基金(编号：31560184、31300317)。
作者简介：黄建敏(1990—)，女，贵州遵义人，硕士研究生，主要从事植物繁殖生态学研究。E-mail：953775789@qq.com。
通信作者：汤晓辛，博士，教授，主要从事传粉生物学研究。E-mail：txxfull@163.com。

常用功能

更新日期/Last Update: 2019-01-20