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[1]邓兵,晋美旺杰,任增帮,等.基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究[J].江苏农业科学,2021,49(16):153-157.
　Deng Bing,et al.Study on genetic diversity of Tibetan cattle based on RAD-seq simplified genome sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(16):153-157.
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基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第49卷
期数:
2021年第16期
页码:
153-157
栏目:
畜牧兽医与水产蚕桑
出版日期:
2021-08-20

文章信息/Info

Title:
Study on genetic diversity of Tibetan cattle based on RAD-seq simplified genome sequencing
作者:
邓兵1; 晋美旺杰1; 任增帮1; 次旦欧珠1; 达瓦罗布2; 杨锐3; 4; 陈仕毅5; 邝良德3; 4
1.西藏日喀则市畜牧技术推广服务中心，西藏日喀则 857000； 2.西藏日喀则市科技局，西藏日喀则 857000；3.四川省畜牧科学研究院，四川成都 610066； 4.动物遗传育种四川省重点实验室，四川成都 610066；5.四川农业大学动物遗传育种研究所，四川成都 611130
Author(s):
Deng Bing; et al
关键词:
西藏黄牛; 遗传多样性; 简化基因组测序
Keywords:
-
分类号:
S823.8+12
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性，并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因，利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记，计算群体遗传结构和遗传进化，鉴定基因组受选择区域和受选择基因。结果表明，共鉴定出1 355 274个SNP标记。阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富，观察杂合度分别为0.185 6、0.164 4，核苷酸多样性分别为0.202 2、0.202 6，拉萨黄牛和日喀则驼峰牛的遗传多样性相对低些。近交系数最高的为阿沛甲咂牛，而日喀则驼峰牛的近交系数最低。拉萨黄牛与日喀则驼峰牛之间的遗传分化系数最高(0.092 7)，而樟木黄牛和阿沛甲咂牛之间的遗传分化系数最低(-0.001 1)。聚类分析结果表明，日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛之间的亲缘关系最近，而与樟木黄牛的亲缘关系最远。通过选择信号分析，在西藏黄牛群体中检测出22个基因组区域受到选择，包含96个受选择基因。GO富集分析表明，这些受选择基因显著富集在心血管系统发育、炎症反应、细胞间连接、染色质结合等生物学通路。本研究从基因组水平揭示西藏黄牛的种质特性，为进一步开展西藏黄牛种质资源保护及利用提供了重要理论依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2021-04-16
基金项目：西藏自治区自然科学基金［编号：XZ2019ZRG-106(Z)］。
作者简介：邓兵(1981—)，男，四川崇州人，高级兽医师，主要从事牛羊科学养殖研究。E-mail：50773168@qq.com。
通信作者：邝良德，副研究员，主要从事动物遗传育种研究。E-mail：happyboy5851258@163.com。
更新日期/Last Update: 2021-08-20