[1]孙会改,何培,韩晓伟,等.金银花MYB转录因子的全基因组鉴定、表达与密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2026,54(13):55-64.
　Sun Huigai,et al.Genome identification，expression and codon bias analysis of MYB transcription factors in Lonicera japonica[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2026,54(13):55-64.
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金银花MYB转录因子的全基因组鉴定、表达与密码子偏好性分析()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第54卷
期数:
2026年第13期
页码:
55-64
栏目:
生物技术
出版日期:
2026-07-05

文章信息/Info

Title:
Genome identification，expression and codon bias analysis of MYB transcription factors in Lonicera japonica
作者:
孙会改2; 何培1; 韩晓伟2; 郑玉光2; 3; 裴林1
1.河北中医药大学第四附属医院，河北石家庄 050031； 2.河北中医药大学，河北石家庄 050200； 3.河北化工医药职业技术学院，河北石家庄 050026
Author(s):
Sun Huigai; et al
关键词:
金银花; MYB转录因子; 基因组; 生物信息学分析
Keywords:
-
分类号:
S188
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
基于金银花基因组分离得到MYB基因，用生物信息学方法对金银花MYB转录因子家族成员进行鉴定和分析，并研究其密码子使用偏性，以期为进一步研究金银花MYB转录因子的生物学特征和功能提供参考依据。主要基于金银花基因组数据，利用生物信息学方法对其MYB基因家族进行鉴定，分析其染色体定位、理化性质，同时进行磷酸化位点、二级结构和三级结构预测及共线性、转录组表达模式分析；用CodonW、EMBOSS等程序对密码子偏好性进行分析。结果表明，鉴定得到的133个金银花MYB转录因子，不均等地分布于9条染色体和2条contig片段上，其氨基酸残基序列数量在113~1 767个之间，相对分子量在13.60~193.33 ku之间，等电点在4.42~11.52之间。研究明确了金银花MYB转录因子位置及数量分布特征，其中丝氨酸磷酸化位点的数量占比超50%。无规则卷曲是MYB多肽链中主要的结构组成部分，在不同蛋白质之间，元件类型相同，但比例不同，会使其空间结构也不同，从而呈现不同功能。表达模式分析结果显示，金银花MYB基因在花蕾中高表达的数量较多。金银花LjMYB偏好使用以A/U结尾的密码子，并且偏好性较弱。研究确定了4个最优密码子，分别为UAA、AAG、CCU、UGA。中性绘图分析、ENC-plot分析结果均表明，自然选择是影响密码子偏好性的主要因素；PR2偏倚性分析结果表明，突变压力亦会影响密码子的偏好性。MYB转录因子家族在进化过程中存在基因扩张和缺失的现象，主要受到自然选择的影响，金银花MYB转录因子家族可能广泛参与各类植物器官的发育过程。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2025-06-20
基金项目：国家中医药管理局科技司中药质量保障与创新发展项目(编号：2024002845)；中央本级重大增减支项目-名贵中药资源可持续利用能力建设项目-河北省中药资源成果总结与宣传推广项目(编号：2060302-2405-03)；河北省省级科技计划(编号：H2024423018、22326418D)；河北省现代农业产业技术体系建设专项(编号：HBCT2023080201、HBCT2023080205)；河北省中医药管理局科研计划(编号：2023355、2023351)。
作者简介：孙会改(1986—)，女，河北宁晋人，博士，副教授，硕士生导师，主要从事中药资源与开发研究。E-mail：sunhuigai66@163.com。
通信作者：郑玉光，硕士，教授，博士生导师，主要从事中药资源与开发研究，E-mail：zyg314@163.com；裴林，博士，教授，博士生导师，主要从事中药资源保护与开发研究。E-mail：13831190309@163.com。
更新日期/Last Update: 2026-07-05