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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第53卷

期数:

2025年第6期

页码:

76-82

栏目:

生物技术

出版日期:

2025-03-20

文章信息/Info

Title:

Prediction and comparative analysis of effectors of Dickeya dadantii from sweet potato

作者:

范梦佳¹; 2; 丁夏威²; 3; 汤法江²; 3; 邹宏达²; 王章英²; 谢甲涛¹; 黄立飞²

1. 华中农业大学植物科学技术学院，湖北武汉 430070； 2.广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室，广东广州 510640； 3.华南农业大学农学院，广东广州 510640

Author(s):

Fan Mengjia; et al

关键词:

甘薯; 茎腐病; 基因组; 生物信息学; 效应子

Keywords:

-

分类号:

S435.313⁺.9

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

甘薯茎腐病对甘薯产量危害严重，由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)侵染引起，危害茎基、叶片和根部，影响甘薯生长造成经济损失。病原菌在引起寄主植物发病的过程中通常会分泌效应子参与互作机制，促使病原菌在寄主上完成侵入、定殖和发病扩展。本研究针对甘薯茎腐病病原菌达旦提狄克氏菌效应子进行预测分析，再与其他不同寄主植物的达旦提狄克氏菌效应子进行比较，分析病原菌在甘薯与其他寄主植物中分泌的效应子是否存在差异，以了解甘薯茎腐病菌特异性。挑选寄主植物分别是甘薯、天竺葵、苹果和香蕉的4种菌株CZ1501、DSM18020、BI3-1和XJ12的基因组进行分析，用SignalP、TMHMM、PSORTb、CELLO、Cell-PLoc和LipoP生物信息学软件和预测程序依次对4个达旦提狄克氏菌菌株中蛋白序列进行分泌蛋白预测，筛选候选效应子，再通过信号肽长度、氨基酸含量分析，以及利用UniProt数据库、Pfam数据库和NCBI-Conserved Domain Search Service(CD Search)进行分泌蛋白功能预测，共得到30个符合条件的候选效应分子，然后比较分析不同寄主植物菌株的效应子分布及功能的相似性及特异性，更加准确地明确了甘薯茎腐病菌的候选效应子的特点。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2024-03-28
基金项目：国家甘薯产业技术体系建设专项(编号：CARS-10)；广东省甘薯马铃薯产业技术体系建设专项(编号：2023KJ111)。
作者简介：范梦佳(2000—)，女，河南确山人，硕士研究生，从事甘薯抗病育种研究。E-mail：718279505@qq.com。
通信作者：黄立飞，博士，研究员，从事甘薯抗病育种研究。E-mail：hlf157@163.com。

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更新日期/Last Update: 2025-03-20