|本期目录/Table of Contents|

[1]王晓君,滕琳.一种基于宏基因组模拟数据的生物标志物筛选方法[J].江苏农业科学,2016,44(05):56-59.
　Wang Xiaojun,et al.A kind of biomarkers screening method based on metagenomics simulation data[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(05):56-59.
点击复制

一种基于宏基因组模拟数据的生物标志物筛选方法(PDF)
分享到：

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第44卷
期数:
2016年05期
页码:
56-59
栏目:
生物技术
出版日期:
2016-05-25

文章信息/Info

Title:
A kind of biomarkers screening method based on metagenomics simulation data
作者:
王晓君1; 2;  滕琳1
1.中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心，山东青岛 266101； 2.中国科学院大学，北京100049
Author(s):
Wang Xiaojun; et al
关键词:
宏基因组; 生物标志物; mRMR; 自助抽样法
Keywords:
-
分类号:
Q789
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
鉴于生物圈中微生物资源的巨大开发潜力以及测序技术不断发展，宏基因组学研究的不断深入，微生物群落已经被看作一个整体来进行分析并且已经得到广泛应用。然而由于微生物的多样性以及微生物菌群的复杂性，使得精确确定和定量宏基因组数据中的分类单元成为宏基因组数据分析的难点。已有的宏基因组数据标记分析工具无法解决微生物群落预测结果重现的稳健性、准确性以及处理非冗余标记物方面遇到的问题。笔者提出了一个新的基于宏基因组自助抽样(metagenomic bootstrap)的生物标志物选择方法，它结合了mRMR(minimal redundancy maximal relevance)和自助抽样方法(bootstrapping)，可以更加稳健、准确而有效地通过对宏基因组数据的挖掘实现非冗余标记物的筛选。基于模拟数据集，通过其与2种自上而下的方法(Metastats、LEfSe)以及自下而上的方法(Wilcoxon秩和检验)进行对比，表明本方法可以在较高准确率的基础上更加稳健地选择更多的非冗余生物标志物。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Ndimba B K，Ndimba R J，Johnson T S，et al.Biofuels as a sustainable energy source：An update of the applications of proteomics in bioenergy crops and algae［J］. Journal of Proteomics，2013，93：234-244.
［2］Pedros-Alio C. Marine microbial diversity：can it be determined？ ［J］. Trends in Microbiology，2006，14(6)：257-263.
［3］Liao，L，Xu X W，Jiang X W，et al. Microbial diversity in deep-sea sediment from the cobalt-rich crust deposit region in the Pacific Ocean［J］. Microbiology Ecology，2011，78(3)：565-585.
［4］Bauer D F. Constructing confidence sets using rank statistics［J］. Journal of the American Statistical Association，1972，67(339)：687-690.
［5］Ding C，Peng H C. Minimum redundancy feature selection from microarray gene expression data［C］. Proceedings of the 2003 IEEE Bioinformatics Conference，2003：523-528.
［6］Huang S，Li R，Zeng X W，et al. Predictive modeling of gingivitis severity and susceptibility via oral microbiota［J］. The ISME Journal，2014，8(9)：1768-1780.
［7］高岳. 应用宏基因组技术从微生物中获得活性物质的研究进展［J］. 江苏农业科学，2014，42(1)：5-8.

相似文献/References:

[1]姚玲霞,王为木,刘慧,等.饮用水源地底栖生物抗氧化预警系统[J].江苏农业科学,2014,42(06):317.
　Yao Lingxia,et al.Antioxidant warning system of benthonic organism in drinking water source district[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(05):317.
[2]王慧丽,江娟.锯末牛粪堆肥微生物多样性的宏基因组学分析[J].江苏农业科学,2017,45(07):28.
　Wang Huili,et al.Metagenomic analysis of microbial diversity of composts of dairy manure with sawdust[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(05):28.
[3]郭伟强,钱玮,胡翠英,等.宏基因组测序分析人参内生细菌组成及多样性[J].江苏农业科学,2018,46(06):37.
　Guo Weiqiang,et al.Metagenomic sequencing analysis of composition and diversity of ginseng endophytic bacteria[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(05):37.
[4]黄申,许怡娟,胡慧博,等.肠杆菌F8-H发酵道真烟叶宏基因组及相关性分析[J].江苏农业科学,2024,52(22):193.
　Huang Shen,et al.Metagenomics and correlation analysis of Enterobacter F8-H fermentation of Daozhen tobacco[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(05):193.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2015-03-22
基金项目：国家自然科学基金(编号：61103167)。
作者简介：王晓君(1988—)，男，山东烟台人，从事生物信息学研究。E-mail：wang_xj@qibebt.ac.cn。
通信作者：滕琳，硕士，从事微生物学研究。E-mail：tenglin@qibebt.ac.cn。
更新日期/Last Update: 2016-05-25