[1]陈双双,齐香玉,冯景,等.基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析[J].江苏农业科学,2021,49(12):39-44.
　Chen Shuangshuang,et al.Analysis of genome size and characteristics of Hydrangea macrophylla based on flow cytometry and genome survey sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(12):39-44.
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基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第49卷
期数:
2021年第12期
页码:
39-44
栏目:
生物技术
出版日期:
2021-06-20

文章信息/Info

Title:
Analysis of genome size and characteristics of Hydrangea macrophylla based on flow cytometry and genome survey sequencing
作者:
陈双双1; 齐香玉1; 冯景1; 王华娣2; 邓衍明1; 2
1. 江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室，江苏南京 210014；
2.江苏大学生命科学学院，江苏镇江 212013
Author(s):
Chen Shuangshuang; et al
关键词:
绣球; 基因组大小; 流式细胞术; K-mer分析; Survey技术
Keywords:
-
分类号:
S685.990.1
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
绣球花序饱满、花型多样、花色丰富，是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时，花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色，使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏，基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种“Bailer”(商品名：Endless SummerTM，中文名译为无尽夏)的基因组大小。流式细胞术分析结果表明，以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测“Bailer”基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb)；Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据，K-mer 分析结果显示，修正后的基因组大小为1.96 Gb；根据K-mer分析，该基因组具有明显的杂合峰，杂合度和重复率分别为1.97%、72.80%。此外，经组装，该基因Contigs总数为7 418 139(N50为249 bp)，总读长为1.49 Gb，Scaffolds 总数为7 071 975(N50为289 bp)，总读长为1.52 Gb，GC含量为38.75%。综上所述，推测绣球“Bailer”基因组大小约为1.96～2.12 Gb，属杂合度较高的复杂基因组。结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2020-10-10
基金项目：国家自然科学基金(编号：31901359)；江苏省农业科学院探索性颠覆性创新计划［编号：ZX(17)2004］；江苏省昆山市科技项目(编号：KN1809)。
作者简介：陈双双(1986—)，女，河南安阳人，博士，助理研究员，主要从事观赏植物遗传育种与分子生物学研究。E-mail：chenshuang7876@sina.com。
通信作者：邓衍明，博士，研究员，主要从事花卉遗传育种与分子生物学研究。E-mail：nksdym@163.com。
更新日期/Last Update: 2021-06-20