|本期目录/Table of Contents|

[1]王康宇,王义,孙春玉,等.RNA测序的研究进展[J].江苏农业科学,2014,42(10):12-16.
　Wang Kangyu,et al.Research progress of RNA sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(10):12-16.
点击复制

RNA测序的研究进展(PDF)
分享到：

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第42卷
期数:
2014年10期
页码:
12-16
栏目:
专论
出版日期:
2014-10-25

文章信息/Info

Title:
Research progress of RNA sequencing
作者:
王康宇;  王义;  孙春玉;  蒋世翠;  张美萍
吉林农业大学，吉林长春 130118
Author(s):
Wang Kangyu; et al
关键词:
转录组信息; 测序; 编码RNA; 非编码RNA; 高通量测序技术; 单分子测序技术
Keywords:
-
分类号:
Q75
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
RNA测序研究是基因功能及结构研究的基础，能够从整体水平研究基因功能及其结构。随着高通量测序和定量检测技术的不断发展，能够通过RNA测序对转录组进行更深度更完整的研究。该研究进展包括改善转录起始位点的预测、链特异性测序、融合基因的检测、microRNA定量的分析以及RNA可变剪切的识别。目前利用单分子测序技术可以实现RNA的直接测序，通过二代测序技术与单分子测序技术相结合的方式，能更深层次、更全面地获得转录组信息。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Velculescu V E，Zhang L，Vogelstein B，et al. Serial analysis of gene expression［J］. Science，1995，207：484-487.
［2］Berretta J，Morillon A. Pervasive transcription constitutes a new level of eukaryotic genome regulation［J］. EMBO Reports，2009，10(9)：973-982.
［3］Lander E S，Linton L M，Birren B，et al. Initial sequencing and analysis of the human genome［J］. Nature，2001，409(6822)：860-921.
［4］Denoeud F，Aury J M，da Silva C，et al. Annotating genomes with massive-scale RNA sequencing［J］. Genome Biology，2008，9(12)：R175.
［5］Metzker M L. Sequencing technologies the next generation［J］. Nature Rev Genet，2010，11：31-46.
［6］Carninci P，Sandelin A，Lenhard B，et al. Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution［J］. Nature Genetics，2006，38(6)：626-635.
［7］Valen E，Pascarella G，Chalk A，et al. Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE［J］. Genome Research，2009，19(2)：255-265.
［8］Ni T，Corcoran D L，Rach E A，et al. A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation［J］. Nature Methods，2010，7(7)：521-527.
［9］Plessy C，Bertin N，Takahashi H，et al. Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan［J］. Nature Methods，2010，7(7)：528-534.
［10］Marson A，Levine S S，Cole M F，et al. Connecting microRNA genes to the core transcriptional regulatory circuitry of embryonic stem cells［J］. Cell，2008，134(3)：521-533.
［11］Ozsolak F，Poling L L，Wang Z X，et al. Chromatin structure analyses identify miRNA promoters［J］. Genes & Development，2008，22(22)：3172-3183.
［12］Affymetrix ENCODE Transcriptome Project，Cold Spring Harbor Laboratory ENCODE Transcriptome Project. Post-transcriptional processing generates a diversity of 5′-modified long and short RNAs［J］. Nature，2009，457：1028-1032.
［13］Faghihi M A，Wahlestedt C. Regulatory roles of natural antisense transcripts［J］. Nature Reviews Molecular Cell Biology，2009，10(9)：637-643.
［14］Gubler U. Second-strand cDNA synthesis：mRNA fragments as primers［J］. Meth Enzymol，1987，152：330-335.
［15］Spiegelman S，Burny A，Das M R，et al. DNA-directed DNA polymerase activity in oncogenic RNA viruses［J］. Nature，1970，227(5262)：1029-1031.
［16］Perocchi F，Xu Z Y，Clauder-Münster S，et al. Antisense artifacts in transcriptome microarray experiments are resolved by actinomycin D［J］. Nucleic Acids Research，2007，35(19)：e128.
［17］Levin J Z，Yassour M，Adiconis X，et al. Comprehensive comparative analysis of strand-specific RNA sequencing methods［J］. Nature Methods，2010，7(9)：709-715.
［18］Faulhammer D，Lipton R J，Landweber L F. Fidelity of enzymatic ligation for DNA computing［J］. Journal of Computational Biology，2000，7(6)：839-848.
［19］Housby J N，Southern E M. Fidelity of DNA ligation：a novel experimental approach based on the polymerisation of libraries of oligonucleotides［J］. Nucleic Acids Research，1998，26(18)：4259-4266.
［20］Ingolia N T，Ghaemmaghami S，Newman J R，et al. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling［J］. Science，2009，324(5924)：218-223.
［21］Kozarewa I，Ning Zemin，Quail M A，et al. Amplification-freeillumina sequencing-library preparation facilitates improved mapping and assembly of GC-biased genomes［J］. Nature Methods，2009，6(4)：291-295.
［22］Nilsen T W，Graveley B R. Expansion of the eukaryotic proteome by alternative splicing［J］. Nature，2010，463(7280)：457-463.
［23］Wang E T，Sandberg R，Luo S J，et al. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes［J］. Nature，2008，456(7221)：470-476.
［24］Jiang H，Wong W H. Statistical inferences for isoform expression in RNA-Seq［J］. Bioinformatics，2009，25(8)：1026-1032.
［25］Trapnell C，Pachter L，Salzberg S L. TopHat：discovering splice junctions with RNA-Seq［J］. Bioinformatics，2009，25(9)：1105-1111.
［26］Korbel J O，Urban A E，Affourtit J P，et al. Paired-end mapping reveals extensive structural variation in the human genome［J］. Science，2007，318(5849)：420-426.
［27］McManus C J，Duff M O，Eipper-Mains J，et al. Global analysis of trans-splicing in drosophila［J］. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，2010，107(29)：12975-12979.
［28］Rajagopalan R，Vaucheret H，Trejo J，et al. A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana［J］. Genes & Development，2006，20(24)：3407-3425.
［29］Taft R J，Glazov E A，Cloonan N，et al. Tiny RNAs associated with transcription start sites in animals［J］. Nature Genetics，2009，41(5)：572-578.
［30］Linsen S E，de Wit E，Janssens G，et al. Limitations and possibilities of small RNA digital gene expression profiling［J］. Nature Methods，2009，6(7)：474-476.
［31］Cocquet J，Chong A，Zhang G L，et al. Reverse transcriptase template switching and false alternative transcripts［J］. Genomics，2006，88(1)：127-131.
［32］Mader R M，Schmidt W M，Sedivy R，et al. Reverse transcriptase template switching during reverse transcriptase-polymerase chain reaction：artificial generation of deletions in ribonucleotide reductase mRNA［J］. The Journal of Laboratory and Clinical Medicine，2001，137(6)：422-428.
［33］Hansen K D，Brenner S E，Dudoit S. Biases in illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming［J］. Nucleic Acids Research，2010，38(12)：e131.
［34］Li B，Ruotti V，Stewart R M，et al. RNA-Seq gene expression estimation with read mapping uncertainty［J］. Bioinformatics，2010，26(4)：493-500.
［35］邱超，孙含丽，宋超. DNA测序技术发展历程及国际最新动态［J］. 硅谷，2008(17)：127，129.
［36］汪正范，刘娜. Helicos公司单分子基因测序仪［J］. 现代仪器，2010(1)：95.
［37］Levene M J，Korlach J，Turner S W，et al. Zero-mode waveguides for single-molecule analysis at high concentrations［J］. Science，2003，299(567)：682-686.
［38］Clarke J，Wu H C，Jayasinghe L，et al. Continuous base identification for single-molecule nanopore DNA sequencing［J］. Nature Nanotechnology，2009，4(4)：265-270.
［39］Rusk N. Cheap third-generation sequencing［J］. Nature Methods，2009，6(4)：244-245.

相似文献/References:

[1]陆辉,左伟勇,王健,等.抗氯霉素单链抗体基因扩增与序列测定[J].江苏农业科学,2013,41(10):28.
　Lu Hui,et al.Amplification and sequence analysis of single-chain antibody gene with chloramphenicol resistance[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(10):28.
[2]陈思敏,王琳萱,张印红,等.O型口蹄疫病毒基因组测序与分析[J].江苏农业科学,2013,41(12):28.
　Chen Simin,et al.Genome sequencing and analysis of foot and mouth disease virus type O[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(10):28.
[3]张俊环,孙浩元,杨丽,等.主要果树植物全基因组测序研究进展[J].江苏农业科学,2016,44(12):6.
　Zhang Junhuan,et al.Research progress of whole genome sequencing of main fruit trees[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(10):6.
[4]陶仕珍,田斌,孙正海,等.绣球藤叶片转录组分析及SSR引物开发[J].江苏农业科学,2018,46(18):43.
　Tao Shizhen,et al.Transcriptome analysis and SSR primer development of Clematis montana leaves[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(10):43.
[5]马继琼,孙一丁,杨奕,等.不同叶稻瘟抗性水稻品种对根际真菌的影响[J].江苏农业科学,2021,49(12):75.
　Ma Jiqiong,et al.Effect of different rice cultivars with resistance to leaf blast on rhizosphere fungi[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(10):75.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2013-12-31
基金项目：国家科技计划农村领域项目(编号：2013AA102604-3)。
作者简介：王康宇(1983—)，吉林通化人，博士研究生，从事植物功能基因组学研究。E-mail：wky427@sina.com。
通信作者：张美萍，教授，博士生导师，从事植物基因组学与系统生物学研究。E-mail：wanglaoshi0606@163.com。
更新日期/Last Update: 2014-10-25