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[1]檀小辉,张继,梁芳,等.基于EST序列的甘蔗SNP发掘及分析[J].江苏农业科学,2016,44(07):64-67.
　Tan Xiaohui,et al.Excavation and analysis of sugarcane SNP based on expressed sequence tag[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(07):64-67.
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基于EST序列的甘蔗SNP发掘及分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第44卷
期数:
2016年07期
页码:
64-67
栏目:
生物技术
出版日期:
2016-07-25

文章信息/Info

Title:
Excavation and analysis of sugarcane SNP based on expressed sequence tag
作者:
檀小辉1; 2;  张继1; 2;  梁芳3;  金刚1; 2;  吕平1; 2;  韦丽君1; 2
1.广西壮族自治区亚热带作物研究所，广西南宁 530001；2.广西亚热带优势作物繁育及综合开发新技术重点实验室，广西南宁 530001；
3.玉林师范学院，广西玉林 537000
Author(s):
Tan Xiaohui; et al
关键词:
甘蔗; NCBI; EST序列; DNAStar; SNP位点
Keywords:
-
分类号:
S566.101
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
从NCBI中的EST数据库下载已公布的甘蔗EST序列28 512条，利用DNAStar软件中的Seqman程序进行叠连群构建，EST序列共构建3 449个叠连群，从中筛选出93个叠连群，长度共计105 385 bp，发现候选SNP位点 1 449个，SNP平均出现频率为1.37%，共有74个contigs含有SNP位点，平均每个contig含有19.58个SNP位点，含有SNP位点数最多的1个叠连群有229个SNP候选位点，不同的叠连群含有的SNP位点数量差异较大，但转换类型与颠换类型所占比例很接近。本研究所用的叠连群的总长度是105 385 bp，平均72.93 bp含有1个SNP位点。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2015-06-09
基金项目：广西壮族自治区亚热带作物研究所科技攻关项目(编号：桂热研201307、桂热研201401)；玉林师范学院院级青年科研资助项目(编号：2012YJQN07)。
作者简介：檀小辉(1984—)，男，河北邢台人，硕士，助理研究员，主要从事植物分子生物学辅助育种研究。E-mail：xiaohuitan@126.com。
通信作者：韦丽君，博士，高级农艺师，主要从事木薯育种技术研究。E-mail：215377275@qq.com。
更新日期/Last Update: 2016-07-25