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[1]王步勇,马玲.黄花蒿1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因的生物信息学分析[J].江苏农业科学,2016,44(09):42-47.
　Wang Buyong,et al.Bioinformatics analysis of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductive isomerase gene in Artemisia annua[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(09):42-47.
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黄花蒿1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸
还原异构酶基因的生物信息学分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第44卷
期数:
2016年09期
页码:
42-47
栏目:
生物技术
出版日期:
2016-09-25

文章信息/Info

Title:
Bioinformatics analysis of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductive isomerase gene in Artemisia annua
作者:
王步勇;  马玲
东北林业大学林学院，黑龙江哈尔滨 150040
Author(s):
Wang Buyong; et al
关键词:
黄花蒿; DXR基因; 生物信息学; 同源序列; 多重序列比对; 蛋白结构; 蛋白互作网络; 青蒿素; 生物合成量
Keywords:
-
分类号:
S188；R282.5
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
以黄花蒿(Artemisia annua L.) 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因(DXR)为研究对象，利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站及生物信息学软件对碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性及编码蛋白结构进行预测，用Clustal W进行多序列比对，用MGEA构建系统发育树，用STRING进行蛋白互作网络分析，研究黄花蒿DXR基因特征并预测分析DXR蛋白结构与功能。结果表明：黄花蒿DXR基因mRNA序列长度为1 419 bp，编码蛋白包含472个氨基酸，等电点为 6.15；DXR蛋白为疏水性蛋白，无信号肽，无跨膜结构域。多序列比对及系统发育树分析表明，黄花蒿DXR蛋白与杭白菊DXR(BAE79548.1)的相似度最高，为98%，且处于同一分支，亲缘关系较近。蛋白结构分析显示，α-螺旋、无规则卷曲是黄花蒿DXR蛋白的主要结构元件。互作网络分析显示，黄花蒿DXR在2-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate，MEP)代谢途径中，可与CMS、DXS、HDS等多个蛋白发生互作。黄花蒿DXR基因在进化过程中相对保守，获得的保守区序列信息为其他物种DXR基因的克隆奠定了基础，深入研究该蛋白酶的结构和功能特征，也为今后提高青蒿素的生物合成量提供理论支持。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2016-03-24
基金项目：中央高校基本科研业务专项资金(编号：2572015AA09)。
作者简介：王步勇(1989—)，男，山东泰安人，博士研究生，主要从事森林保护学方面的研究。E-mail：wangbuyong89@163.com。
通信作者：马玲，博士，教授，主要从事植物源农药学研究。E-mail：maling63@163.com。
更新日期/Last Update: 2016-09-25