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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第45卷

期数:

2017年11期

页码:

29-32

栏目:

生物技术

出版日期:

2017-06-05

文章信息/Info

Title:

Construction of tea metabolic network based on EST sequences

作者:

张正东¹;  申铁²;  周文卫²;  谢晓尧²

1.贵州大学计算机科学与技术学院，贵州贵阳 550001； 2.贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室，贵州贵阳 550001

Author(s):

Zhang Zhengdong; et al

关键词:

Cytoscape Web; EST; 超图; 代谢网络; 茶叶

Keywords:

-

分类号:

Q811.4

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

茶树体内的生化反应所生成的各种功能性化合物是茶叶具有营养和健康功能的物质基础，也是茶叶品质的决定因素。这些生化反应由茶树基因编码的酶催化并组成复杂的代谢网络。首先通过开源工具包jsoup开发异步数据采集程序，从布伦瑞克酶数据库(braunschweig enzyme database，简称BRENDA)和美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上获取酶序列及其催化反应、GI号、EC编码对应关系等相关信息，建立本地酶数据库；其次从NCBI上下载FASTA格式的茶树表达序列标签(expressed sequence tag，简称EST)序列数据，通过GI号查询本地酶数据库，得到酶催化反应信息，继而基于超图思想利用Cytoscape Web API重构茶代谢网络；最后对EST序列信息进行统计分析，并从多个维度对构造的代谢网络进行拓扑特性、KEGG路径、生物意义的深入分析，对茶树内生化反应的理解、新功能基因的挖掘、茶叶品质的提升、新茶产品的开发具有重要意义。

Abstract:

-

参考文献/References:

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相似文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2016-09-23
基金项目：国家自然科学基金(编号：31200626)；贵州省科技厅联合基金(编号：黔科合LH［2015］7773)。
作者简介：张正东(1984—)，男，安徽六安人，博士研究生，研究方向为生物信息学。E-mail：923534069@qq.com。
通信作者：谢晓尧，博士，教授，博士生导师，主要从事生物大数据分析研究。E-mail：2715236679@qq.com。

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更新日期/Last Update: 2017-06-05