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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第46卷

期数:

2018年第14期

页码:

24-27

栏目:

生物技术

出版日期:

2018-07-25

文章信息/Info

Title:

Characteristic analysis of transcriptome SSR distribution of Lycium barbarum and its comparison with genomic SSR distribution

作者:

虞杭¹;  张得芳¹; 2;  樊光辉¹; 2;  王占林¹; 2

1.青海大学，青海西宁 810016； 2.青海省农林科学院/青海高原林木遗传育种实验室，青海西宁 810016

Author(s):

Yu Hang; et al

关键词:

枸杞; RNA-Seq技术; 转录组; 微卫星; 遗传图谱

Keywords:

-

分类号:

S567.1⁺9

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

通过Illumina HiSeq 2500高通量测序平台，利用RNA-Seq技术对青杞1号品种整体转录活动进行检测，并对得到的序列采用生物信息学手段进行拼接后查找SSR，然后与基因组SSR进行比较。结果显示，转录组共获得 5 411 个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列，2碱基重复的微卫星最为丰富，共2 666个，占49.27%，其中AG/CT基序的重复数量最多；3碱基重复类型有2 609个，占重复序列总数的48.22%；4碱基重复118个，5碱基重复10个，6碱基重复8个，分别占重复序列总数的2.18%、0.18%、0.15%。而基因组共获得14 733个重复单元为2~6碱基的微卫星重复序列，3碱基重复的微卫星最为丰富，共9 799个，占66.51%，其中GTT/CAA基序的数量最多。青杞1号转录组SSR与基因SSR在重复序列分布上存在显著差异

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2017-05-19
基金项目：青海省科技计划(编号：2014-NS-522)；青海省自然科学基金青年科学基金(编号：2015-ZJ-926Q)；青海省重大科技专项(编号：2015-NK-A2)；青海高原林木遗传育种实验室(编号：2017-ZJ-Y29)。
作者简介：虞杭(1994—)，男，浙江义乌人，硕士研究生，主要从事森林培育方面的研究。E-mail：513859965@qq.com。
通信作者：王占林，研究员，主要从事森林培育和林木育种方面的研究。E-mail：1735105720@qq.com。

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更新日期/Last Update: 2018-07-20