|本期目录/Table of Contents|

[1]武丽娟,陈月星,刘小凤,等.PCR反应程序对土壤微生物PCR-DGGE分析的影响[J].江苏农业科学,2018,46(21):48-52.
　Wu Lijuan,et al.Effect of PCR procedures on PCR-DGGE analysis of soil microbial community[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(21):48-52.
点击复制

PCR反应程序对土壤微生物PCR-DGGE分析的影响(PDF)
分享到：

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第46卷
期数:
2018年第21期
页码:
48-52
栏目:
生物技术
出版日期:
2018-11-05

文章信息/Info

Title:
Effect of PCR procedures on PCR-DGGE analysis of soil microbial community
作者:
武丽娟1;  陈月星2;  刘小凤1;  宋月1;  张战凤1;  樊永亮1
1.西北农林科技大学植物保护学院，陕西杨凌 712100； 2.西北农林科技大学农学院，陕西杨凌 712100
Author(s):
Wu Lijuan; et al
关键词:
土壤微生物; 群落结构; 种群多样性; PCR-DGGE; PCR反应程序
Keywords:
-
分类号:
S154.3
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)探讨不同PCR反应程序(降落式PCR、巢式-降落式PCR、普通PCR、巢式PCR)对土壤微生物PCR-DGGE群落结构和种群多样性分析的影响。利用Quantity One 462软件对DGGE指纹图谱进行数字化处理，并计算相应PCR程序下DGGE图谱的多样性指数、丰富度指数、均匀度指数和不同反应程序下图谱的戴斯系数，应用SPSS 16.0软件对相关指数进行方差分析，检测不同反应程序间各指数的差异显著性。不同PCR反应程序在土壤微生物PCR-DGGE分析时，其群落结构和种群多样性指数间存在明显差异。单纯应用降落式PCR虽然提高了扩增的特异性，却降低了扩增效率，其DGGE图谱丰富度较低，多样性较差，与其他反应程序的DGGE图谱相似度较低；普通PCR反应的DGGE图谱多样性和丰富度较高，与2种巢式PCR相似，然而由于普通PCR在复杂模板情况下容易发生错配，难以保证扩增特异性，因而夸大样品中微生物种群多样性，与2种巢式PCR的DGGE图谱相似度较低。2种巢式PCR反应程序下的DGGE图谱条带丰富，多样性高，群落结构相似度高，能比较全面和科学地反映样品中微生物群落结构和种群多样性。因此，在利用PCR-DGGE分析土壤微生物群落结构和种群多样性时，采用巢式PCR(包括巢式PCR和巢式-降落式PCR)比较合适。研究PCR反应程序对土壤微生物PCR-DGGE分析的影响，可为PCR-DGGE技术在土壤微生物群落结构和多样性分析中的应用和完善提供理论依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Kennedy A C. Bacterial diversity in agroecosystems［J］. Agriculture，Ecosystems & Environment，1999，74(1/2/3)：65-76.
［2］Muyzer G，de Waal E C，Uitterlinden A G. Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA.［J］. Applied and Environmental Microbiology，1993，59(3)：695-700.
［3］邝斌宇，史青，Montcho，等. A/O MBR处理生活污水效率与菌群多样性的关系［J］. 环境科学，2012，33(6)：2061-2067.
［4］Leite A M，Mayo B，Rachid C T，et al. Assessment of the microbial diversity of Brazilian kefir grains by PCR-DGGE and pyrosequencing analysis［J］. Food Microbiology，2012，31(2)：215-221.
［5］Chen T T，Jiang S Y，Xiong S Q，et al. Application of denaturing gradient gel electrophoresis to microbial diversity analysis in Chinese Douchi［J］. Journal of the Science of Food and Agriculture，2012，92：2171-2176.
［6］Gertler C，Nther D J，Cappello S，et al. Composition and dynamics of biostimulated indigenous oil-degrading microbial consortia from the Irish，North and Mediterranean Seas：a mesocosm study.［J］. Fems Microbiology Ecology，2012，81(3)：520-536.
［7］zgül Inceo lu，Hoogwout E F，Hill P，et al. Effect of DNA extraction method on the apparent microbial diversity of soil［J］. Applied & Environmental Microbiology，2010，76(10)：3378-3382.
［8］李鹏，毕学军，汝少国. DNA提取方法对活性污泥微生物多样性PCR-DGGE检测的影响［J］. 安全与环境学报，2007(2)：53-57.
［9］邢德峰，任南琪，宋佳秀，等. 不同16SrDNA靶序列对DGGE分析活性污泥群落的影响［J］. 环境科学，2006，27(7)：1424-1428.
［10］Amann R I，Ludwig W，Schleifer K H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation.［J］. Microbiology and Molecular Biolgy Reviews，1995，59(1)：143-169.
［11］Lane D J. 16S/23S rRNA sequencing［J］. Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics，1991：115-175.
［12］Nicomrat D，Dick W A，Dopson M，et al. Bacterial phylogenetic diversity in a constructed wetland system treating acid coal mine drainage［J］. Soil Biology & Biochemistry，2008，40(2)：312-321.
［13］Kihara J，Bationo A，Thuita M，et al. Soil aggregation and total diversity of bacteria and fungi in various tillage systems of sub-humid and semi-arid Kenya［J］. Applied Soil Ecology，2012，58：12-20.
［14］Kimura M，Shibagaki T，Nakajima Y，et al. Community structure of the microbiota in the floodwater of a Japanese paddy field estimated by restriction fragment length polymorphism and denaturing gradient gel electrophoresis pattern analyses［J］. Biology & Fertility of Soils，2002，36(4)：306-312.
［15］Muyzer G，Smalla K. Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology［J］. Antonie van Leeuwenhoek，1998，73(1)：127-141.
［16］邢德峰，任南琪. 应用DGGE研究微生物群落时的常见问题分析［J］. 微生物学报，2006，46(2)：331-335.
［17］宫曼丽，任南琪，邢德峰. DGGE/TGGE技术及其在微生物分子生态学中的应用［J］. 微生物学报，2004，44(6)：845-848.
［18］Darja Kuar，Gorazd Avgutin. Optimization of the DGGE band identification method［J］. Folia Microbiologica，2012，57(4)：301-306.
［19］雷娟利，周艳虹，丁桔，等. 不同蔬菜连作对土壤细菌DNA分子水平多态性影响的研究［J］. 中国农业科学，2005，38(10)：2076-2083.
［20］江芸，高峰，徐幸莲，等. 真空包装冷却猪肉冷藏过程中菌相变化［J］. 食品科学，2011，32(4)：241-245.

相似文献/References:

[1]刘雪艳,王从彦,王磊,等.入侵植物对土壤酶活性及土壤微生物群落影响的研究进展[J].江苏农业科学,2013,41(04):304.
[2]晋曦,马严,傅松玲,等.封育阔叶林土壤的微生物酶活性[J].江苏农业科学,2014,42(11):380.
　Jin Xi,et al(80).Soil microbial enzyme activities in fencing broadleaf forest[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(21):380.
[3]刘仁华,秦洪文,周大详,等.三峡库区消落带土壤微生物在周期蓄水影响下的多样性[J].江苏农业科学,2013,41(06):318.
　Liu Renhua,et al.Diversity of soil microorganisms under the influence of periodic water storage in hydro-fluctuation belt of Three Gorges reservoir area[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(21):318.
[4]郭成瑾,张丽荣,沈瑞清.土壤消毒对马铃薯连作田土壤微生物数量的影响[J].江苏农业科学,2014,42(10):367.
　Guo Chengjin,et al.Effects of soil sterilization on soil microbial quantity in potato continuous cropping land[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(21):367.
[5]金雷,成明根,黄星,等.不同浓度咪唑乙烟酸对黄棕壤可培养微生物及土壤酶活的影响[J].江苏农业科学,2013,41(07):343.
　Jin Lei,et al.Effects of different concentrations of imazethapyr on culturable microorganisms and enzyme activities of yellow-brown soil[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(21):343.
[6]邓如莹,崔兆杰,殷永泉,等.石油胁迫对盐渍土壤微生物呼吸作用强度和酶活性的影响[J].江苏农业科学,2013,41(09):326.
　Deng Ruying,et al.Effect of petroleum stress on microbial respiration intensity and enzyme activity in saline soils[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(21):326.
[7]陈航,陈浒,王鹏举,等.朝营小流域石漠化治理区土壤动物群落结构[J].江苏农业科学,2016,44(03):312.
　Chen Hang,et al.Soil animal community structure in rocky desertification control area of Chaoying small watershed[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(21):312.
[8]谢修鸿,王晓红,刘玉伟,等.不同有机物料复合对土壤微生物呼吸作用的影响[J].江苏农业科学,2014,42(01):281.
　Xie Xiuhong,et al.Effect of different complex organic materials on respiration of soil microorganism[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(21):281.
[9]刘静,徐峥静茹,彭培好,等.旅游踩踏对鸡冠山森林公园土壤微生物数量及酶活性的影响[J].江苏农业科学,2016,44(02):398.
　Liu Jing,et al.Effects of tourism trampling on soil microbial quantity and soil enzyme activity in Jiguan Mountain Forest Park[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(21):398.
[10]管冠,姚锋先,刘桂东,等.不同施肥年限对赣南脐橙果园土壤酶活性及微生物种群的影响[J].江苏农业科学,2016,44(02):382.
　Guan Guan,et al.Effects of different fertilizer application periods on soil enzyme activity and number of microbes in Gannan navel orange orchard[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(21):382.
[11]方明,李洁,赖欣,等.短期生物炭刺激对红壤和潮土微生物群落的影响[J].江苏农业科学,2020,48(11):250.
　Fang Ming,et al.Effects of short-term biochar stimulation on microbial communities in red soil and fluvo-aquic soil[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2020,48(21):250.
[12]刘震,徐玉鹏,王秀领,等.黑龙港苜蓿根际土壤真菌群落结构及多样性分析[J].江苏农业科学,2021,49(10):197.
　Liu Zhen,et al.Structure and diversity of fungal community in rhizosphere soil of alfalfa in Heilonggang area[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(21):197.
[13]沈昀,韩冷,曹佳倩,等.4种水生植物修复对盐碱土壤理化性质、酶活性和微生物群落组成的影响[J].江苏农业科学,2022,50(23):199.
　ShenYun,et al.Influence of four aquatic phytoremediation on soil physicochemical properties，enzyme activities and microbial community composition in saline soils[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(21):199.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2018-05-14
基金项目：国家自然科学基金(编号：31772533)。
作者简介：武丽娟(1984—)，女，山西临汾人，硕士，实验师，主要从事蛋白电泳技术相关研究。E-mail：wu_lijuan@nwafu.edu.cn。
通信作者：樊永亮，博士，研究员，主要从事昆虫生理生化和分子生物学研究。Tel：(029)87082351；E-mail：yfan@nwafu.edu.cn。
更新日期/Last Update: 2018-11-05