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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第47卷

期数:

2019年第06期

页码:

81-84

栏目:

植物保护

出版日期:

2019-04-05

文章信息/Info

Title:

Analysis of candidate effectors from genome of Fusarium graminearum

作者:

张悦¹;  施维²;  李丹³;  徐志雄¹;  陈子牛¹

1.昆明学院生命科学与技术系，云南昆明 650214； 2.云南省个旧市农民科技教育培训中心，云南个旧 661000；
3.云南交通技师学院，云南昆明 650300

Author(s):

Zhang Yue; et al

关键词:

禾谷镰刀菌; 全基因组; 候选效应因子; 转座子; 生物信息学; 致病机制; 进化历程

Keywords:

-

分类号:

S432.1

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

本研究根据已公布的禾谷镰刀菌的全基因组信息，以其全基因组蛋白序列为试验材料，通过生物信息学方法，对其候选效应分子及其功能进行预测和分析。首先利用SignalP、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor、TargetP等程序依次预测出其分泌类型的蛋白，再通过其序列大小和半胱氨酸的含量作进一步筛选，最后利用Blastp工具与非冗余蛋白质数据库进行比对，找出数据库中没有蛋白同源性的序列，从而获得候选效应分子。最终对禾谷镰刀菌全基因组的14 038个蛋白序列进行分析，预测了126个符合条件的候选效应分子。本研究通过LTR-FINDER程序对禾谷镰刀菌全基因组内的转座子进行分析，但未发现转座子存在，值得进一步分析研究。本研究采用生物信息学分析方法预测出了禾谷镰刀菌的候选效应分子并查找其基因组内转座子情况，可为进一步研究这些效应分子的功能，了解禾谷镰刀菌进化奠定基础。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2017-11-01
基金项目：云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室开放基金项目(编号：GXKJ201606)；云南省昆明市滇池水生态恢复重点实验室开放项目(编号：SST201607)。
作者简介：张悦(1981—)，男，云南昆明人，博士，副教授，主要从事植物病理学研究。E-mail：www151519190@163.com。

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更新日期/Last Update: 2019-03-20