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[1]王晖,高妍夏,孙志超,等.基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析[J].江苏农业科学,2022,50(3):9-15.
　Wang Hui,et al.Detection of SNP/Indels loci from transcriptome in midgut and fat body of Bombyx mori[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(3):9-15.
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基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第50卷
期数:
2022年第3期
页码:
9-15
栏目:
“转录组”专题
出版日期:
2022-02-05

文章信息/Info

Title:
Detection of SNP/Indels loci from transcriptome in midgut and fat body of Bombyx mori
作者:
王晖;  高妍夏;  孙志超;  王敬;  李季生;  李娜;  黄露;  贾漫丽;  谢岩
承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心，河北承德 067000
Author(s):
Wang Hui; et al
关键词:
家蚕; 转录组; 单核苷酸多态性; 插入缺失; 分布规律
Keywords:
-
分类号:
S882.2
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征，采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序，并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释。结果表明，家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格，分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点。脂肪体的SNP位点数量均少于中肠；彩4、东肥脂肪体每个unigene上的平均SNP位点数量分别为5.84、5.31；中肠每个unigene上的平均SNP数量分别为769、7.31个。SNP类型中，转换均高于颠换。A/G、C/T 2种转换类型在所有SNP类型中所占比例最高，颠换类型中则是A/T占比最高。脂肪体组织的Indel位点数目都小于中肠。插入突变的数目均高于缺失突变；在插入突变和缺失突变的核苷酸类型中，单核苷酸占比最高。下游区分布的SNP/Indel位点数最多，其次是外显子与基因间隔区。含有SNP/Indel位点的unigene主要富集在与物质代谢、能量代谢紧密相关的通路。说明转录组SNP/Indel位点非常丰富，可为家蚕品种鉴定、亲缘关系鉴定、遗传育种等提供基础信息。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2021-08-31
基金项目：河北省自然科学基金青年基金(编号：C201806033)；河北省高等学校科学技术研究项目(编号：BJ2018032)；承德医学院高层次人才科研启动基金(编号：201604)；河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商”。
作者简介：王晖(1985—)，男，山西大同人，博士，助理研究员，主要从事家蚕分子生物学研究。E-mail：wanghui861@126.com。
通信作者：谢岩，博士，助理研究员，主要从事家蚕分子生物学研究。E-mail：308229509@qq.com。
更新日期/Last Update: 2022-02-05