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[1]杨艳北,许晶,马荆鄂,等.沼泽红假单胞菌相似菌株间差异功能模体的筛选和分析[J].江苏农业科学,2022,50(3):73-78.
　Yang Yanbei,et al.Screening and analysis of different functional motifs among similar strains of Rhodopseudomonas palustris[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(3):73-78.
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沼泽红假单胞菌相似菌株间差异功能模体的筛选和分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第50卷
期数:
2022年第3期
页码:
73-78
栏目:
生物技术
出版日期:
2022-02-05

文章信息/Info

Title:
Screening and analysis of different functional motifs among similar strains of Rhodopseudomonas palustris
作者:
杨艳北1; 2;  许晶3;  马荆鄂2;  冯育林1;  孙勇1
1.江西中医药大学博士后流动站/正邦集团有限公司博士后工作站，江西南昌 330000；2.南昌师范学院生物技术研究院/江西省地方鸡种遗传改良重点实验室，江西南昌 330000； 3.南昌师范学院生命科学学院，江西南昌 330000
Author(s):
Yang Yanbei; et al
关键词:
沼泽红假单胞菌; 功能模体; Python程序; 生物信息学
Keywords:
-
分类号:
S188
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
从功能模体水平上，探索沼泽红假单胞菌相似菌株间功能差异的机理。利用循环遍历算法和Python特有的字典数据格式，编写脚本test.py和difference analysis.py，筛选沼泽红假单胞菌CGA009和YSC3差异功能模体。沼泽红假单胞菌CGA009独有14种功能模体，功能主要集中在DNA 复制、合成、修复、重排和结构稳定；蛋白质合成；呼吸链的电子转移；细胞的增殖和分化；生长和繁殖；代谢途径的补充；离子运输；清除毒性物质甲基乙二醛。沼泽红假单胞菌CGA009独有5种功能模体，功能主要集中在重金属铜的抗性、降解生物胺、调节生物节律和光周期。沼泽红假单胞菌CGA009对紫外线和化学试剂具有抵抗能力，DNA骨架结构更稳定，生长和繁殖性能更强。沼泽红假单胞菌YSC3，对光照反应更加敏感，对重金属铜具有抵抗能力，能够降解生物胺，生存能力更强。本研究编写的Python脚本，广泛适用于细菌、真菌、动物、植物等所有物种。
Abstract:
-

参考文献/References:

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相似文献/References:

[1]杨艳北,许晶,李袁飞,等.沼泽红假单胞菌LuxR家族调控蛋白的生物信息学分析[J].江苏农业科学,2021,49(6):40.
　Yang Yanbei,et al.Bioinformatics analysis of LuxR family transcriptional regulator in Rhodopseudomonas palustris[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(3):40.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2020-05-08
基金项目：江西省教育厅科学技术研究项目(编号：GJJ181090、GJJ202631、GJJ191131)；南昌师范学院博士科研启动基金(编号：NSBSJJ2018023)；南昌师范学院校级科研项目(编号：20RWYB02)。
作者简介：杨艳北(1986—)，男，吉林长春人，博士，讲师，主要从事蛋白质组学和生物信息学研究。E-mail：731294789@qq.com。
通信作者：许晶，硕士，实验师，主要从事微生物学和生物信息学研究。E-mail：1302522503@qq.com。
更新日期/Last Update: 2022-02-05