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[1]李毅丰,姜悦畅,孙中锋,等.基于重测序的短节间番茄品系变异检测分析[J].江苏农业科学,2022,50(13):58-63.
　Li Yifeng,et al.Variation detection and analysis of short internode tomato lines based on resequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(13):58-63.
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基于重测序的短节间番茄品系变异检测分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第50卷
期数:
2022年第13期
页码:
58-63
栏目:
“种业振兴”专栏
出版日期:
2022-07-05

文章信息/Info

Title:
Variation detection and analysis of short internode tomato lines based on resequencing
作者:
李毅丰1;  姜悦畅1;  孙中锋1;  王帅1; 2;  唐贝贝1;  师海林1;  张宁1; 2;  王玉斌3;  毛秀杰1; 2
1.河北科技师范学院园艺科技学院，河北秦皇岛 066004；2.河北省特色园艺种质挖掘与创新利用重点实验室，河北秦皇岛 066004； 3.河北省承德市农业农村局，河北承德 067000
Author(s):
Li Yifeng; et al
关键词:
番茄; 节间; 重测序; 变异检测
Keywords:
-
分类号:
S641.201
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为揭示短节间番茄的基因变异类型及基因变异对代谢通路的影响，以短节间番茄品系CH和普通节间长度番茄品系DH进行农艺性状分析以及全基因组重测序，对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)、小片段插入和缺失(insertion-deletion，InDel)、拷贝数变异(copy number variation，CNV)及染色体结构变异(structural variation，SV)4种变异类型进行检测注释。结果表明，在2个样本中共检测到1 086 531个SNP、277 973个InDel、25 797 个CNV、33 516个SV，在代谢通路中主要集中于吲哚生物碱生物合成、二萜生物合成、莽草酸途径生物碱的生物合成中发现。以SNP以及InDel中的基因作为切入点，挖掘到3个变异基因，其在CH中的相对表达量均低于DH。研究结果明确了变异位点信息，为进一步明确调控番茄节间长度相关基因的研究奠定了基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2021-09-11
基金项目：河北省重点研发计划(编号：20326325D)。
作者简介：李毅丰(1996—)，男，河北保定人，硕士，主要从事番茄遗传育种与分子生物学研究。E-mail：1658529139@qq.com。
通信作者：毛秀杰，博士，教授，主要从事番茄遗传育种与分子生物学研究。E-mail：maoxiujie@126.com。
更新日期/Last Update: 2022-07-05