|本期目录/Table of Contents|

[1]侯哲,娄晓鸣,李昂,等.11种唐松草属（Thalictrum）rbcL基因的密码子偏好性研究[J].江苏农业科学,2023,51(3):46-53.
　Hou Zhe,et al.A codon preference analysis of 11 rbcL genes of the genus Thalictrum[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(3):46-53.
点击复制

11种唐松草属（Thalictrum）rbcL基因的密码子偏好性研究(PDF)
分享到：

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第3期
页码:
46-53
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-02-05

文章信息/Info

Title:
A codon preference analysis of 11 rbcL genes of the genus Thalictrum
作者:
侯哲;  娄晓鸣;  李昂;  黄长兵
苏州农业职业技术学院，江苏苏州 215008
Author(s):
Hou Zhe; et al
关键词:
唐松草属; rbcL基因; 密码子; 密码子偏好性
Keywords:
-
分类号:
S184
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
唐松草属(Thalictrum)是毛茛科(Ranunculaceae)的重要植物类群，为了明确唐松草属rbcL基因的密码子使用偏好性，从NCBI下载了11条唐松草属植物的rbcL序列，并对其密码子偏好性进行了分析。研究结果表明，rbcL基因的密码子中，GC1的平均值为0.583，GC2与GC3分别为0.435、0.310，其中，GC1含量最大，GC3含量最小，表现出显著的差异；ENC值与GC1和GC2的相关性不显著，而与GC3的相关系数为0.335(P<0.05)，说明在rbcL基因中，密码子第3位的碱基组成与密码子的偏好性显著相关；中性绘图分析表明，GC3与GC12的相关性不显著，且选择对密码子的偏好性有着决定性的作用；ENC-plot及PR-plot结果表明，rbcL基因的ENC值低于预期值，且相比于嘌呤C/T，嘧啶A/G的使用频率要更低；RSCU分析表明，RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾，密码子使用度最高的3个密码子为CGU、UCU、ACU，用RSCU值做聚类分析，在一定程度上也可以反映唐松草属植物的亲缘关系。对于唐松草属植物的rbcL基因来说，酵母可以作为其表达受体，拟南芥可作为其转化受体。本研究为唐松草属叶绿体基因工程的开展奠定了基础，为其后续的遗传多样性、遗传结构及基因功能提供了借鉴信息。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］Santos Siqueira A，Lima A R J，DallAgnol L T，et al. Comparative modeling and molecular dynamics suggest high carboxylase activity of the Cyanobium sp. CACIAM14 rbcL protein［J］. Journal of Molecular Modeling，2016，22(3)：68-78.
［2］李冬林，金雅琴，崔梦凡，等. 夏季遮光对连香树幼苗形态、光合作用及叶肉细胞超微结构的影响［J］. 浙江农林大学学报，2020，37(3)：496-505.
［3］Sharp P M，Li W H.The codon adaptation index：a measure of directional synonymous codon usage bias，and its potential applications［J］. Nucleic Acids Research，1987，15(3)：1281-1295.
［4］钱留华. 密码子［J］. 生物学通报，1997(4)：15-17.
［5］吴学俊，梁湘兰，易子群，等. 湖北山楂叶绿体基因组密码子偏好性分析［J］. 分子植物育种，2021(6)：1-16.
［6］任桂萍，董璎莹，党云琨. 密码子中的密码：密码子偏好性与基因表达的精细调控［J］. 中国科学(生命科学)，2019，49(7)：839-847.
［7］原晓龙，康洪梅，王毅. 云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性分析［J］. 西北林学院学报，2020，35(4)：26-31，124.
［8］冯瑞云，梅超，王慧杰，等. 籽粒苋叶绿体基因组密码子偏好性分析［J］. 中国草地学报，2019，41(4)：8-15.
［9］李路丽，张萍，曾强，等. 芝麻叶绿体基因组的密码子使用偏性及其影响因素［J］. 分子植物育种，2021，20(3)：1-11.
［10］Luo D，Lv N，Zhu L J，et al. Isoquinoline alkaloids from whole plants of Thalictrum cirrhosum and their antirotavirus activity［J］. Chemistry of Natural Compounds，2020，56(3)：504-508.
［11］Chen C J，Chen H，Zhang Y，et al. TBtools：an integrative toolkit developed for interactive analyses of big biological data［J］. Molecular Plant，2020，13(8)：1194-1202.
［12］原晓龙，刘音，康洪梅，等. 蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析［J］. 西南林业大学学报(自然科学)，2021，41(3)：15-22.
［13］Rozas J，Ferrer-Mata A，Sánchez-Delbarrio J C，et al. DnaSP 6：DNA sequence polymorphism analysis of large data sets［J］. Molecular Biology and Evolution，2017，34(12)：3299-3302.
［14］Nakamura T，Yamada K D，Tomii K，et al. Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments［J］. Bioinformatics，2018，34(14)：2490-2492.
［15］Kumar S，Stecher G，Tamura K. MEGA7：molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets［J］. Molecular Biology and Evolution，2016，33(7)：1870-1874.
［16］彭丽云，王云，孙雪丽，等. 苋菜AmMYB2基因密码子偏好性与进化分析［J］. 应用与环境生物学报，2019，25(3)：679-686.
［17］Palmer J D. Comparative organization of chloroplast genomes［J］. Annual Review of Genetics，1985，19：325-354.
［18］李真，李永光，薄蕾，等. 大豆和拟南芥NFYB基因家族同义密码子使用偏好性的比较［J］. 作物杂志，2014(3)：14-21.
［19］Lyu X L，Liu Y. Nonoptimal Codon usage is critical for protein structure and function of the master general amino acid control regulator CPC-1［J］. mBio，2020，11(5)：e02605-e02620.
［20］Somaratne Y，Guan D L，Wang W Q，et al. The complete chloroplast genomes of two Lespedeza species：insights into codon usage bias，RNA editing sites，and phylogenetic relationships in Desmodieae (Fabaceae：Papilionoideae)［J］. Plants，2019，9(1)：51-61.
［21］Liu X Y，Li Y，Ji K K，et al. Genome-wide codon usage pattern analysis reveals the correlation between codon usage bias and gene expression in Cuscuta australis［J］. Genomics，2020，112(4)：2695-2702.
［22］王鹏良，吴双成，杨利平，等. 巨桉叶绿体基因组密码子偏好性分析［J］. 广西植物，2019，39(12)：1583-1592.
［23］张家榕，雷万钧. 18种苔藓植物rbcL基因的密码子偏性及聚类分析［J］. 山西农业大学学报(自然科学版)，2020，40(6)：1-12.
［24］Daniell H，Lin C S，Yu M，et al. Chloroplast genomes：diversity，evolution，and applications in genetic engineering［J］. Genome Biology，2016，17(1)：134-142.
［25］郑钢，顾翠花，林琳，等. 20种千屈菜科植物rbcL基因密码子使用偏好性分析［J］. 浙江农林大学学报，2021，38(3)：476-484.

相似文献/References:

[1]田翠翠,朱建一,陆勤勤,等.红毛菜rbcL和18S rDNA基因的序列比较及其系统进化分析[J].江苏农业科学,2015,43(12):53.
　Tian Cuicui,et al.Sequence comparison and phylogenetic analysis of rbcL and 18S rDNA gene of Bangia (Bangiales，Rhodophyta)[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(3):53.
[2]张友民,白露,汤晓韵,等.2种唐松草属植物叶的解剖学研究[J].江苏农业科学,2019,47(20):160.
　Zhang Youmin,et al.Study on leaf anatomical structure of two Thalictrum species[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(3):160.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2022-05-23
基金项目：江苏省特色花卉工程中心项目(编号：苏发改高技发［2020］1460号)；江苏省省级作物种质资源库(球宿根花卉)项目(编号：JS-ZW-K05)；四川省自然科学基金(编号：2022NSFSC1141)。
作者简介：侯哲(1991—)，男，山西运城人，博士，讲师，从事园林植物抗逆性分子机制研究。E-mail：houzhedota@163.com。
通信作者：黄长兵，硕士，副研究员，从事观赏植物新品种选育与抗性研究。E-mail：cbhuang@szai.edu.cn。
更新日期/Last Update: 2023-02-05