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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第51卷

期数:

2023年第12期

页码:

149-157

栏目:

畜牧兽医与水产蚕桑

出版日期:

2023-06-20

文章信息/Info

Title:

Identification and functional prediction of lncRNAs related to intramuscular lipid deposition in Nanyang black pigs

作者:

刘京鸽; 吴结革; 徐世永; 陈清; 马凡华; 张金璧

金陵科技学院动物科学与食品工程学院，江苏南京 210038

Author(s):

Liu Jingge; et al

关键词:

南阳黑猪; 背最长肌; lncRNA; 脂质代谢

Keywords:

-

分类号:

S828.2

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

为了探讨长链非编码 RNA(Long non-coding RNA，lncRNA)在南阳黑猪肌内脂肪沉积中的重要作用，通过分析已发表的南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌转录组数据，通过编码潜能预测获得可能的lncRNA，结合DESeq2软件筛选出在南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌差异表达基因和lncRNA，并通过GO和KEGG 通路富集分析，找出与南阳黑猪肌内脂肪沉积相关的差异表达lncRNA。结果表明，通过编码潜能预测获得61个新的lncRNAs，新鉴定 lncRNAs和已知lncRNAs与编码基因相比较表现出一些典型特征，如转录本长度较短、外显子数较少。差异表达分析发现，814个编码基因和98个lncRNA在低脂和高脂组背最长肌间差异表达。差异表达的基因参与了多种与脂质代谢相关的信号通路，如甘油三脂代谢、PPAR信号通路、脂肪酸生物合成、脂肪酸降解等。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析表明，一些lncRNA可能作用于潜在的靶基因，参与脂质代谢过程，调控背最长肌脂质沉积。研究结果为进一步深入研究与猪脂质沉积相关的lncRNA生物学功能及调控机制奠定了基础，在未来育种中改善猪肉性状，促进猪的选择进程。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2022-07-31
基金项目：国家自然科学基金(编号：32002175)；国家自然科学基金(编号：31902123)；金陵科技学院2021年科教融合项目(2021KJRH32)；金陵科技学院博士科研启动基金(编号：jit-b-202035)。
作者简介：刘京鸽(1984—)，女，江苏徐州人，博士，讲师，主要从事动物遗传育种与繁殖教学及科研研究。E-mail：waqbmlg@163.com。
通信作者：张金璧，博士，副教授，主要从事动物遗传育种与繁殖教学及科研研究。E-mail：zhangjinbi@jit.edu.cn。

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更新日期/Last Update: 2023-06-20