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[1]罗世民,李中波.非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测[J].江苏农业科学,2023,51(16):141-146.
　Luo Shimin,et al.B646L gene sequence analysis，p72 protein structure and lymphocyte epitopes prediction of African swine fever virus[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(16):141-146.
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非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第16期
页码:
141-146
栏目:
畜牧兽医与水产蚕桑
出版日期:
2023-08-20

文章信息/Info

Title:
B646L gene sequence analysis，p72 protein structure and lymphocyte epitopes prediction of African swine fever virus
作者:
罗世民;  李中波
怀化职业技术学院，湖南怀化 418000
Author(s):
Luo Shimin; et al
关键词:
非洲猪瘟病毒; B646L基因; p72蛋白; 序列分析; 结构预测; 抗原表位预测
Keywords:
-
分类号:
S852.65+1
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点，及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位，利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析；运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测；运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明，非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1 941 bp，其中，碱基A含量为26.9%，T含量为28.9%，G含量为24.2%及C含量为20.0%，A+T的含量为55.8%，G+C的含量为44.2%，AT含量显著高于GC含量；该序列共编码646个氨基酸，p72蛋白大小为76 ku；在整个p72蛋白分子的二、三级结构中，α-螺旋占19.35%，β-转角占5.42%，无规卷曲占50.15%，扩展链为2508%，以无规卷曲为主要结构；该蛋白存在细胞质的概率最大，其次是细胞核，存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低；p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12~18 aa、27~37 aa、45~55 aa、77~88 aa、110~120 aa；T 淋巴细胞优势抗原表位分别为203~212 aa、298~307 aa、520~531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性；p72蛋白为一亲水性蛋白，其高级结构主要以无规卷曲为主，且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位，是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。
Abstract:
-

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2022-09-04
基金项目：湖南省怀化市科学技术局项目(编号：2020R3107)；湖南省教育厅项目(编号：21C1443)；湖南省科技厅项目(编号：2022JJ50319)。
作者简介：罗世民(1980—)，男，湖南新化人，硕士，副教授，主要从事病原分子生物学诊断。E-mail：124328975@qq.com。
通信作者：李中波，男，湖南新宁人，硕士，实验师，主要从事病原分子生物学诊断。E-mail：18390913065@163.com。
更新日期/Last Update: 2023-08-20