|本期目录/Table of Contents|

[1]杨立军,徐源,高涵,等.基于高通量技术分析粉防己不同组织内生细菌多样性及功能预测[J].江苏农业科学,2023,51(17):19-28.
　Yang Lijun,et al.Analysis of endophytic bacterial diversity and function in different tissues of Stephania tetrandra based on high throughput technology[JY。]Yang Lijun，et al(19)[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(17):19-28.
点击复制

基于高通量技术分析粉防己不同组织内生细菌多样性及功能预测(PDF)
分享到：

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第17期
页码:
19-28
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-09-05

文章信息/Info

Title:
Analysis of endophytic bacterial diversity and function in different tissues of Stephania tetrandra based on high throughput technology[JY。]Yang Lijun，et al(19)
作者:
杨立军; 徐源; 高涵; 贾艳娇; 陈琼; 叶润; 段鸿斌
信阳农林学院制药工程学院，河南信阳 464000
Author(s):
Yang Lijun; et al
关键词:
粉防己; 内生细菌; 多样性; 高通量测序; 功能预测
Keywords:
-
分类号:
S182
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了探究粉防己内生细菌的多样性，挖掘粉防己内生细菌资源，采用Illumina MiSeq测序技术对粉防己根、茎、叶内生细菌的16S区进行测定，并分析群落组成、多样性、差异化及功能等生物学信息。结果表明，从粉防己不同组织中共获得212 928个有效序列，1 130个操作分类单元(OTU)，隶属于23门、38纲、78目、148科、304属、290种。α多样性分析结果表明，根部内生细菌的群落丰富度最高，叶部内生细菌的多样性最高，茎部内生细菌的丰富度、多样性最低。在门水平上，变形菌门在不同组织中的丰度均最高，为最优势菌门。在纲水平上，根部内生细菌的优势菌纲为放线菌纲；茎部、叶部内生细菌的优势菌纲均为γ-变形菌纲。在属水平上，根部内生细菌的优势菌属为拟无枝酸菌属(Amycolatopsis)；茎部内生细菌的优势菌属为泛菌属(Pantoea)；叶部内生细菌的优势菌属有泛菌属、金黄杆菌属。热图结果表明，同类型组织样本群落结构相似，不同组织样本间的群落组成差异显著。LEfSe分析结果表明，引起不同组织差异显著的菌门主要为变形菌门、放线菌门、TM7菌门，菌属主要为假诺卡氏菌属、酸杆菌属、慢生根瘤菌。PICRUSt2功能预测发现，粉防己内生细菌功能基因丰富，其中与新陈代谢、环境信息处理、遗传信息处理相关的基因数量相对最多。综上，粉防己内生细菌具有丰富的群落多样性及功能多样性，可为进一步开发利用粉防己内生细菌资源奠定基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］莫柳英，张帆，郝二伟，等. 基于化学成分、药理作用及网络药理学的防己质量标志物(Q-Marker)预测分析［J］. 中草药，2022，53(19)：6283-6295.
［2］赵云武，宋伟，张斌，等. 十堰地区粉防己种子育苗及林下栽培技术［J］. 黑龙江农业科学，2022(3)：121-124.
［3］Purushotham N，Jones E，Monk J，et al. Community structure，diversity and potential of endophytic bacteria in the primitive New Zealand medicinal plant Pseudowintera colorata［J］. Plants，2020，9(2)：156-170.
［4］巫艳，周云莹，朱玺燊，等. 植物内生菌多样性及其病害生防机制研究进展［J］. 云南农业大学学报(自然科学版)，2022，37(5)：897-905.
［5］姚领爱，胡之璧，王莉莉，等. 植物内生菌与宿主关系研究进展［J］. 生态环境学报，2010，19(7)：1750-1754.
［6］Jia T，Oberhofer M，Shymanovich T，et al. Effects of hybrid and non-hybrid epichlo？ endophytes and their associated host genotypes on the response of a native grass to varying environments［J］. Microbial Ecology，2016，72(1)：185-196.
［7］袁丛军，刘娜，谢涛，等. 贵州青钱柳群落结构及物种多样性特征［J］. 江苏农业科学，2022，50(4)：131-138.
［8］Chen K L，Huang G，Li Y K，et al. Illumina MiSeq sequencing reveals correlations among fruit ingredients，environmental factors，and AMF communities in three Lycium barbarum producing regions of China［J］. Microbiology Spectrum，2022，10(2)：e0229321.
［9］尹秀，禄亚洲，张二豪，等. 手掌参内生真菌及根际土壤真菌的群落组成［J］. 植物保护学报，2022，49(4)：1102-1110.
［10］李佳琪，胡海艳，姚华雄，等. 知母内生真菌多样性及其对浅表感染真菌的体外拮抗活性［J］. 中山大学学报(自然科学版)(中英文)，2022，61(5)：84-93.
［11］刘蓬蓬，陈江宁，孟莉，等. 基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生细菌多样性［J］. 中草药，2018，49(11)：2640-2645.
［12］顾美英，古丽尼沙·沙依木，张志东，等. 黑果枸杞不同组织内生细菌群落多样性［J］. 微生物学报，2021，61(1)：152-166.
［13］杨多，岳海涛，伍杰毅，等. 胡杨叶片及韧皮部内生细菌多样性及生物学功能分析［J］. 微生物学报，2022，62(1)：213-226.
［14］Rappé M S，Giovannoni S J. The uncultured microbial majority［J］. Annual Reviews in Microbiology，2003，57(1)：369-394.
［15］Wen C Q，Wu L Y，Qin Y J，et al. Evaluation of the reproducibility of amplicon sequencing with Illumina MiSeq platform［J］. PLoS One，2017，12(4)：e0176716.
［16］张桂华，李旦，何承忠. 基于高通量测序分析喙核桃内生真菌多样性［J］. 山东农业科学，2022，54(11)：62-69.
［17］赵萍，金文刚，兰阿峰，等. 基于Illumina MiSeq测序技术分析大鲵肉冷藏过程中微生物菌群演替规律［J］. 食品科学，2022，43(20)：172-182.
［18］王艳，常帆，程虎印，等. 重楼根际及药用部位内生真菌多样性与群落结构差异分析［J］. 中草药，2019，50(5)：1232-1237.
［19］李巧玲，任明波，曹然，等. 基于高通量测序的3种淫羊藿叶片内生细菌群落结构研究［J］. 微生物学杂志，2022，42(1)：43-53.
［20］程欢，张东华，张俊忠，等. 苹果砧木T337不同组织内生菌群落及其功能预测［J］. 江苏农业科学，2022，50(14)：144-154.
［21］高磊，刘永红，马金彪，等. 新疆药用植物牛至内生细菌多样性与抗菌活性［J］. 微生物学通报，2021，48(4)：1140-1150.
［22］杨敬敬，韩烁，王霞，等. 三倍体毛白杨不同组织内生细菌多样性分析［J］. 微生物学通报，2022，49(8)：3021-3036.
［23］曹焜，王晓楠，孙宇峰，等. 植物根部内生细菌多样性及其生防作用研究进展［J］. 农业与技术，2017，37(17)：1-3，5.
［24］Torsvik V，vres L. Microbial diversity and function in soil：from genes to ecosystems［J］. Current Opinion in Microbiology，2002，5(3)：240-245.
［25］陈泽斌，李冰，高熹，等. 铁皮石斛不同部位内生细菌群落高通量分析［J］. 河南农业科学，2017，46(11)：98-102，112.
［26］赵柏霞，闫建芳. 高通量技术分析‘砂蜜豆’甜樱桃不同组织内生细菌多样性［J］. 中国农业科技导报，2023，25(3)：66-77.
［27］林丽，陈泽斌，何群香，等. 烟草不同部位内生细菌的多样性［J］. 江苏农业科学，2017，45(22)：274-278.
［28］张秋玉，陈晶，周雪妹，等. 莼菜不同组织内生细菌多样性的比较分析［J］. 中南民族大学学报(自然科学版)，2022，41(3)：285-291.
［29］李雯，阎爱华，黄秋娴，等. 尾矿区不同植被恢复模式下高效固氮菌的筛选及Biolog鉴定［J］. 生态学报，2014，34(9)：2329-2337.
［30］彭玉娇，崔学宇，邵元元，等. 不同树龄沙田柚果园土壤肥力、叶片养分和土壤细菌群落的特征［J］. 江苏农业学报，2021，37(2)：348-354.
［31］Bodenhausen N，Horton M W，Bergelson J. Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana［J］. PLoS One，2013，8(2)：56329-56338.
［32］宋兆齐，王莉，刘秀花，等. 云南4处酸性热泉中的变形菌门细菌多样性［J］. 河南农业大学学报，2016，50(3)：376-382.
［33］聂杰，陈宇星，姜淞，等. 解糖微小寄生菌的研究进展［J］. 中国科学：生命科学，2021，51(11)：1523-1531.
［34］Bor B，Bedree J K，Shi W，et al. Saccharibacteria (TM7) in the human oral microbiome［J］. Journal of Dental Research，2019，98(5)：500-509.
［35］Seong C N，Kang J W，Lee J H，et al. Taxonomic hierarchy of the phylum firmicutes and novel firmicutes species originated from various environments in Korea［J］. Journal of Microbiology，218，56(1)：1-10.
［36］Galperin M Y. Genome diversity of spore-forming firmicutes［J］. The Bacterial Spore(From Molecules to Systems)，2016，1(2)：1-18.
［37］杨文琦，龙宣杞，崔卫东. 玉米青贮中细菌多样性分析［J］. 新疆农业科学，2013，50(8)：1424-1433.
［38］Song Z，Xu T，Wang J，et al. Secondary metabolites of the genus Amycolatopsis：structures，bioactivities and biosynthesis［J］. Molecules，2021，26(7)：1884-1919.
［39］Liu X Y，Shi Y，Kong L Y，et al. Long-term application of bio-compost increased soil microbial community diversity and altered its composition and network［J］. Microorganisms，2022，10(2)：462-481.
［40］Dutkiewicz J，Mackiewicz B，Lemieszek M K，et al. Pantoea agglomerans：a mysterious bacterium of evil and good. Part Ⅳ. Beneficial effects［J］. Annals of Agricultural and Environmental Medicine，2016，23(2)：206-222.
［41］黄子粤，刘文君，覃仁柳，等. 不同品种南瓜内生细菌多样性及PICRUSt基因功能预测分析［J］. 中国农业科学，2021，54(18)：4018-4032.
［42］李秋桦，夏体渊，任禛，等. 基于高通量测序技术解析三七不同部位内生细菌多样性［J］. 西南农业学报，2021，34(10)：2182-2190.
［43］朱伟垚，林梦婷，吴仲义，等. 不同竹龄毛竹茎干内生细菌多样性与功能预测［J］. 四川农业大学学报，2022，40(5)：766-774.

相似文献/References:

[1]胥成浩,林天兴,管芩澜,等.峨眉山一把伞南星内生细菌表型多样性[J].江苏农业科学,2014,42(10):228.
　Xu Chenghao,et al.Phenotypic diversity of endophytic bacteria isolated from Arisaema erubescens in Emei Mountain[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(17):228.
[2]郭建伟,郭娟,刘艳红,等.草果果腐病拮抗内生菌的筛选与初步鉴定[J].江苏农业科学,2014,42(08):116.
　Guo Jianwei,et al.Screening and primarily identification of antagonistic endophytic bacteria of Amomum tsao-ko fruit rot disease[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(17):116.
[3]袁建军.一把伞南星拮抗性内生细菌筛选[J].江苏农业科学,2013,41(12):373.
　Yuan Jianjun.Screening of antagonistic endophytic bacterias from Arisaema erubescens[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2013,41(17):373.
[4]康琳,魏金莉,胡蝶,等.雪胆中抗MRSA内生细菌的多样性[J].江苏农业科学,2014,42(02):303.
　Kang Lin,et al.Diversity of Hemsleya anti-MRSA endophytic bacteria[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2014,42(17):303.
[5]郭建伟,高玲玲,杨丽芬,等.樱桃流胶病拮抗内生细菌的筛选与初步鉴定[J].江苏农业科学,2015,43(09):172.
　Guo Jianwei,et al.Screening and primarily identification of endophytic bacteria antagonistic to cherry gummosis[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(17):172.
[6]唐 梅,龚明福,管芩澜,等.峨眉山异叶天南星抗MRSA内生细菌的筛选[J].江苏农业科学,2015,43(07):388.
　Tang Mei,et al.Screening of entophytic bacteria isolated from Arisaema heterophyllum against methicillin-resistant Staphylococcus aureus[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(17):388.
[7]唐 梅,龚明福,罗 燕,等.抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌内生细菌KLXD06粗蛋白的提取[J].江苏农业科学,2015,43(02):334.
　Tang Mei.Crude protein extract of endophytic bacteria strain KLXD06 antagonistic against methicillin-resistant Staphylococcus aureus[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(17):334.
[8]林天兴,龚明福,管芩澜.拮抗软腐病菌的魔芋内生细菌多样性研究[J].江苏农业科学,2016,44(08):197.
　Lin Tianxing,et al.Study on genetic diversity of antagonistic endophytic bacteria isolated from konjac[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2016,44(17):197.
[9]罗志梅,赵宁,陈双林,等.不同处理方式对内生细菌R15定殖数量和辣椒疫病防治效果的影响[J].江苏农业科学,2017,45(07):76.
　Luo Zhimei,et al.Effects of different treatment methods on in vivo colonization and control effect of phytophthora blight of endophytic bacterium R15 in peppers[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(17):76.
[10]尹宝重,刘博燕,刘盼,等.苹果树皮内生菌对苹果树腐烂病的防治效果[J].江苏农业科学,2017,45(10):84.
　Yin Baozhong,et al.Control effect of apple bark endophytic bacteria on apple tree rot disease[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(17):84.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2023-01-18
基金项目：国家自然科学基金(编号：32002083)；河南省科技专项(编号：201111310900)；河南省科技攻关项目(编号：222102110247)。
作者简介：杨立军(1993—)，男，甘肃庆阳人，硕士，讲师，主要从事天然产物研究与开发工作。E-mail：yanglijun0417@126.com。
通信作者：段鸿斌，硕士，副教授，主要从事微生物与生化药学研究。E-mail：DHB19700102@163.com。
更新日期/Last Update: 2023-09-05