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[1]隋淑梅,黄思杰,田洁.大蒜WRKY基因家族的鉴定与生物信息学分析[J].江苏农业科学,2023,51(17):41-51.
　Sui Shumei,et al.Identification and bioinformatics analysis of WRKY gene family in garlic[JY。]Sui Shumei，et al(41)[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(17):41-51.
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大蒜WRKY基因家族的鉴定与生物信息学分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第17期
页码:
41-51
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-09-05

文章信息/Info

Title:
Identification and bioinformatics analysis of WRKY gene family in garlic[JY。]Sui Shumei，et al(41)
作者:
隋淑梅1; 黄思杰2; 田洁1
1.青海大学农林科学院/青海省高原种质资源研究与利用实验室，青海西宁 810016； 2.生态环境部南京环境科学研究所，江苏南京 210042
Author(s):
Sui Shumei; et al
关键词:
大蒜; WRKY; 基因家族; 表达分析; 生物信息学
Keywords:
-
分类号:
S633.401
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
WRKY转录因子参与调控植物的生长发育过程，是一类重要的转录因子。利用生物信息学方法从大蒜基因组中筛选并鉴定出63个WRKY家族基因，分析发现，大蒜WRKY基因家族成员均含有WRKY保守结构域，其编码产物的开放阅读框(ORF)为221～1 867 aa，氨基酸长度为73～621 aa，蛋白质相对分子量为8 594.72～67 991.64 u，等电点为4.91～9.86，氨基酸脂肪系数为41.14～76.28。其中，有35个AsWRKY蛋白是酸性蛋白，有28个AsWRKY蛋白是碱性蛋白，并且这63个家族成员都位于细胞核中。系统发育树将63个AsWRKY基因分成ClassⅠ、ClassⅡ和Group Ⅲ 三大类，第Ⅰ类有15个基因，第Ⅱ类有26个基因，第Ⅲ类有22个基因。分析保守结构域发现，同一类AsWRKY的结构域相似，所有成员都含有WRKYGQK七肽保守结构域和锌指结构，少数成员存在保守结构域变异。基因结构分析结果显示，AsWRKY基因的外显子数量为2～6 个，内含子数量为1～5个。基因相对表达量热图分析结果显示，AsWRKY基因家族成员在4个组织或器官中的表达量均不同，其中AsWRKY51、AsWRKY03在各组织中的相对表达量都最高。蛋白互作与基因共表达分析结果表明，AsWRKY55、AsWRKY15和AsWRKY24等处于网络中心位置，推测其积极响应盐、低磷、干旱等逆境胁迫。研究结果可为深入探究大蒜WRKY基因的功能及其调控植物生长发育的机制奠定基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2022-12-21
基金项目：国家自然科学基金(编号：31960590)；青海省科技厅重点实验室项目(编号：2022-ZJ-YO1)；青海省科协中青年科技人才托举工程(编号：2021QHSKXRCTJ01)。
作者简介：隋淑梅(1998—)，女，青海海东人，硕士，主要从事蔬菜生理方面的研究。E-mail：1577983588@qq.com。
通信作者：黄思杰，农艺师，主要从事生态农业栽培技术方面的研究，E-mail：hsjofrcc@126.com；田洁，博士，研究员，主要从事园艺蔬菜生理术研究，E-mail：tiantian8092001@163.com。
更新日期/Last Update: 2023-09-05