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[1]龚意辉,唐诗眙,周桂花,等.黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子使用偏好性及影响因素分析[J].江苏农业科学,2023,51(20):28-34.
　Gong Yihui,et al.Codon usage bias of Capsicum annuum L. cv. Huangjingping chloroplast genome and its influence factors[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(20):28-34.
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黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子使用偏好性及影响因素分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第51卷
期数:
2023年第20期
页码:
28-34
栏目:
生物技术
出版日期:
2023-10-20

文章信息/Info

Title:
Codon usage bias of Capsicum annuum L. cv. Huangjingping chloroplast genome and its influence factors
作者:
龚意辉1; 唐诗眙1; 周桂花1; 陈磊1; 张斌1; 李鹏2
1.湖南人文科技学院农业与生物技术学院，湖南娄底 417000； 2.湘潭市农业科学研究所，湖南湘潭 411134
Author(s):
Gong Yihui; et al
关键词:
黄荆坪竹根椒; 叶绿体基因组; 密码子偏好性; 最优密码子
Keywords:
-
分类号:
S641.301
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了解黄荆坪竹根椒(Capsicum annuum L. cv Huang Jingping)叶绿体基因组密码子使用模式，以其51条蛋白编码序列(coding sequence，CDS)为研究对象，采用Codon W 1.4.2、CUSP、 Excel 2010、SPSS16.0等软件对黄荆坪竹根椒密码子的GC含量、有效密码子值(ENC)、RSCU、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot、最优密码子及其影响因素进行详细的分析。结果表明，黄荆坪竹根椒密码子第1位(GC1)、第2位(GC2)、第3位(GC3)中的GC含量分别为4268%、36.25%、27.89%，其中 GC1＞GC2＞GC3，表明密码子第3位碱基以A/U结尾为主；ENC值介于34.10%~5431%之间，平均值为46.55%，表明黄荆坪竹根椒密码子偏好性较弱。相关性分析结果表明：(1)GC1 与 GC2 呈极显著正相关，GCall与 GC1、GC2、GC3 均为极显著正相关；(2)ENC 与 GC1、GC2均不存在显著相关关系，但与 GC3 存在极显著相关关系。RSCU分析结果显示：在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中共有30个高频密码子的RSCU>1，其中以U、A、G结尾的高频密码子数分别为16、13、1个，表明黄荆坪竹根椒密码子第3位偏好以A或U结尾。ENC-plot绘图分析结果表明，黄荆坪竹根椒基因组中大多数基因位于标准曲线下方，有13个基因的ENC 比值介于-0.05~0.05 之间，说明选择压力主要影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性；PR2-plot 分析结果表明，黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中大部分基因位于平面图的右下方，即 T>A、G>C，表明碱基突变、自然选择压力等多种因素共同影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性。在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中共筛选出GCA、GCU、AGA等19个最优密码子并全部以A/U结尾。本研究结果可为进一步开展黄荆坪竹根椒性状改良、遗传进化及叶绿体基因工程的应用提供分子理论支撑。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2022-12-22
基金项目：湖南省教育厅科学研究重点项目(编号：20A281)；湖南省自然科学基金面上项目(编号：2021JJ30376)；湖南省科技特派员服务乡村振兴项目(编号：2022NK4218)；湘潭市农业科学研究所横向项目(编号：380220590112)。
作者简介：龚意辉(1988—)，男，湖南涟源人，博士，讲师，主要从事园艺作物分子生物学方向研究。E-mail：gyhzgh@163.com。
通信作者：李鹏，农艺师，主要从事果蔬分子生物学方向研究。E-mail：907653797@qq.com。
更新日期/Last Update: 2023-10-20