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[1]龚明贵,白娜,李影,等.硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2024,52(3):67-72.
　Gong Minggui,et al.Analysis of codon bias in chloroplast genome of Bambusa rigida[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(3):67-72.
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硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第52卷
期数:
2024年第3期
页码:
67-72
栏目:
生物技术
出版日期:
2024-02-05

文章信息/Info

Title:
Analysis of codon bias in chloroplast genome of Bambusa rigida
作者:
龚明贵1; 白娜1; 李影1; 姜霞2; 3
1.河南科技大学食品与生物工程学院，河南洛阳 471023； 2.贵州省林业科学研究院，贵州贵阳 550005； 3.贵州黎平石漠生态系统国家定位观测研究站，贵州贵阳 550005
Author(s):
Gong Minggui; et al
关键词:
硬头黄竹; 密码子偏好性; 叶绿体基因组; 最优密码子
Keywords:
-
分类号:
S188
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
以硬头黄竹叶绿体基因组为研究对象，使用CodonW、CUSP以及R语言等软件分析密码子偏好性形成的主要原因。结果表明：(1)硬头黄竹叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39.59%，且GC1＞GC2＞GC3，表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基；(2)硬头黄竹大多数有效密码子数(ENC)在35以上，适应指数(CAI)为0.166，说明其密码子偏好性较弱；(3)中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析表明，自然选择对硬头黄竹叶绿体基因组密码子使用偏好性产生重要影响；(4)最终筛选出硬头黄竹叶绿体基因组有GCA、GCU、GAU、GGU及AAA等14个最优密码子，多数以A/U结尾。本研究结果可为硬头黄竹叶绿体基因组水平上的研究提供依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2023-04-23
基金项目：贵州省林业局项目(编号：黔林科合［2019］06号)；国家自然科学基金(编号：31860178)。
作者简介：龚明贵(1978—)，男，湖北十堰人，博士，副教授，主要从事生物信息学研究。E-mail：gongminggui@163.com。
通信作者：姜霞，硕士，副研究员，主要从事森林生态研究。E-mail：43644135@qq.com。
更新日期/Last Update: 2024-03-05