[1]夏涵涵,雷雪柔,黄臻齐,等.二代测序技术和叶绿体基因组在菊花系统学分类和遗传资源研究中的应用综述[J].江苏农业科学,2021,49(13):25-28.
　Xia Hanhan,et al.Application of second generation sequencing and chloroplast genome in taxonomy and genetic resources research of Chrysanthemum morifolium：a review[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(13):25-28.
点击复制

二代测序技术和叶绿体基因组在菊花系统学分类和遗传资源研究中的应用综述()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第49卷
期数:
2021年第13期
页码:
25-28
栏目:
专论与综述
出版日期:
2021-07-05

文章信息/Info

Title:
Application of second generation sequencing and chloroplast genome in taxonomy and genetic resources research of Chrysanthemum morifolium：a review
作者:
夏涵涵1;  雷雪柔1;  黄臻齐1;  陈雪燕2; 3;  杜一鸣4;  周厚高1
1.仲恺农业工程学院园艺园林学院/广东省热带亚热带花卉与园林植物重点实验室，广东广州 510225；2.中国科学院华南植物园/植物资源保护与可持续利用重点实验室，广东广州 510650；3.中国科学院大学，北京 100049； 4.江苏省农业科学院休闲农业研究所，江苏南京210014
Author(s):
Xia Hanhan; et al
关键词:
简化基因组测序; 叶绿体基因组; 菊花系统学分类; 基因组辅助育种; 二代测序技术; 遗传资源
Keywords:
-
分类号:
S682.1+10.1
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
快速发展的简化基因组测序技术，适用于非模式植物的测序，成本较低、测序性能强，目前被大量应用于园艺植物鉴定和基因组辅助育种。而具有母系遗传特征的叶绿体基因组，具有多拷贝、结构保守等优点。将叶绿体基因组与二代测序技术结合应用，将成为植物遗传资源研究的有效手段。本文综述了二代测序技术和叶绿体基因组在包括菊花在内的园艺植物种质资源研究中的应用，以期为菊花分类和遗传资源研究提供理论基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］薛守纪. 菊花栽培［M］. 北京：中国林业出版社，2004：3-4.
［2］王世福，龚建国，王诏. 滁菊产业化发展综述［J］. 安徽农学通报，2012，18(17)：10，69-70.
［3］铁铮. 菊花起源之争［N］. 北京日报，2013-10-09(20).
［4］刘春迎，王莲英. 菊花品种的数量分类研究(Ⅰ)［J］. 北京林业大学学报，1995，17(2)：79-87.
［5］孙文松. 菊花品种起源及形态学分类研究［J］. 黑龙江农业科学，2013(9)：58-60.
［6］牟礼忠. 霜寒时节话菊花［J］. 广西林业，2004(1)：75.
［7］李鸿渐，邵健文. 中国菊花品种资源的调查收集与分类［J］. 南京农业大学学报，1990，13(1)：30-36.
［8］汤忠皓. 中国菊花品种分类的探讨［J］. 园艺学报，1963，2(4)：441-418.
［9］张树林. 菊花品种分类的研究［J］. 园艺学报，1965，4(1)：35-46.
［10］李鸿渐. 中国菊花［M］. 南京：江苏科学技术出版社，1993.
［11］傅玉兰. 根据花粉形态探讨寒菊新品种的遗传特性［C］//中国风景园林学会，北京市园林局，中国菊花研究会.中国菊花研究论文集(1997—2001). 2001：4.
［12］陈发棣，陈佩度，李鸿渐.几种中国野生菊的染色体组分析及亲缘关系初步研究［J］. 园艺学报，1996(01)：67-72.
［13］戴思兰，陈俊愉，李文彬. 菊花起源的RAPD分析［J］. 植物学报，1998，40(11)：1053-1059.
［14］吴在生，李海龙，刘建辉，等. 65个菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析［J］. 南京林业大学学报(自然科学版)，2007，31(5)：67-70.
［15］白新祥. 菊花花色形成的表型分析［D］. 北京：北京林业大学，2007.
［16］雒新艳. 大菊品种资源遗传多样性研究［D］. 北京：北京林业大学，2009.
［17］张莉俊，戴思兰. 菊花种质资源研究进展［J］. 植物学报，2009，44(5)：526-535.
［18］Ahlert D，Ruf S，Bock R. Plastid protein synthesis is required for plant development in tobacco［J］. PNAS，2003，100(26)：15730-15735.
［19］Shinozaki K，Ohme M，Tanaka M，et al. The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome：its gene organization and expression［J］. The Embo Journal，1986，5(9)：2043-2049.
［20］邢少辰，Liu C J . 叶绿体基因组研究进展［J］. 生物化学与生物物理进展，2008，35(1)：21-28.
［21］Maier R M，Schmitz-Liuneweber C. Plastid genomes［M］//Daniell H，Chase C D. Molecular biology and biotechnology of the plant organelles：chloroplasts and mitochondria. Netherlands：Springer Netherlands，2004：115-150.
［22］段义忠，张凯. 沙冬青属植物叶绿体基因组对比和系统发育分析［J］. 西北植物学报，2020(8)：1323-1332.
［23］杨嘉鹏，朱紫乐，范雅娟，等. 三种石豆兰属药用植物的叶绿体基因组比较分析及物种鉴定研究［J］. 药学学报，2020，55(11)：2736-2745.
［24］赵惠恩. 菊属基因库的建立与菊花起源的研究及多功能地被菊育种［D］. 北京：北京林业大学，2000.
［25］李世茂. 基于叶绿体DNA基因间隔序列的菊花与近缘种亲缘关系研究［D］. 武汉：华中农业大学，2010.
［26］刘锡娟，刘昱辉，王志兴，等. 转5-烯醇式丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)基因抗草甘膦烟草和棉花的获得［J］. 农业生物技术学报，2007，15(6)：958-963.
［27］何熠. 基于二代测序技术对SNP检测软件的比较研究［D］. 石河子：石河子大学，2019.
［28］Sanger F，Nicklen S，Coulson A R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors［J］. Biotechnology，1977，24(12)：104-108.
［29］Arabidopsis Genome Initiative. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana［J］. Nature，2000，408(6814)：796-815.
［30］熊燕，张金柱，董婕，等. 简化基因组测序技术在观赏植物中的应用研究进展［J］. 园艺学报，2020，47(6)：1194-1202.
［31］赵娜，苗艳梅，赵敏. 未知植物病毒分子生物学检测方法的研究现状［J］. 江苏农业学报，2019，35(1)：224-228.
［32］白雪菲. 基于混合样品高通量测序数据的植物叶绿体基因组拼接和分析［D］. 杭州：浙江大学，2013.
［33］胡志刚. 菊科药用植物DNA条形码及叶绿体基因组研究［D］. 武汉：湖北中医药大学，2012.
［34］王柏柯，李宁，唐亚萍，等. 基于简化基因组测序技术的番茄雄性不育基因定位［J］. 西北农林科技大学学报(自然科学版)，2017，45(6)：177-184.
［35］张珊珊，康洪梅，杨文忠. 基于简化基因组技术的云南蓝果树群体遗传分析［J］. 植物研究，2019，39(6)：899-907.
［36］Catchen J M，Hohenlohe P A，Bernatchez L，et al. Unbroken：RADseq remains a powerful tool for understanding the genetics of adaptation in natural populations［J］. Molecular Ecology Resources，2017，17(3)：362-365.
［37］周春玲，戴思兰. 菊属部分植物的AFLP分析［J］. 北京林业大学学报，2002(增刊1)：72-76.
［38］洪亚辉，朱兆海，张学文，等. 运用RAPD分析菊花辐射变异后代遗传差异［J］. 湖南农业大学学报(自然科学版)，2003，29(6)：462-467.
［39］叶松. 菊花表型性状与SSR、SCoT分子标记的关联分析［D］. 郑州：河南大学，2017.
［40］田欣，李德铢. DNA序列在植物系统学研究中的应用［J］. 云南植物研究，2002，24(2)：170-184.

相似文献/References:

[1]薛晓杰,杜晓云,盖艺,等.基于GBS测序开发SNP在植物上的应用进展[J].江苏农业科学,2020,48(13):62.
　Xue Xiaojie,et al.Application progress of SNPs in plants based on GBS sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2020,48(13):62.
[2]柳燕杰,田旭平,李倩.美国红梣叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2020,48(15):83.
　Liu Yanjie,et al.Analysis of codon bias in chloroplast genome of Fraxinus pennsylvanica[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2020,48(13):83.
[3]邓兵,晋美旺杰,任增帮,等.基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究[J].江苏农业科学,2021,49(16):153.
　Deng Bing,et al.Study on genetic diversity of Tibetan cattle based on RAD-seq simplified genome sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2021,49(13):153.
[4]丁祥青,毕远洋,陈佳婷,等.抱茎金花茶(Camellia tienii)的叶绿体基因组特征分析[J].江苏农业科学,2022,50(23):33.
　Ding Xiangqing,et al.Analysis of chloroplast genome characteristics of Camellia tienii[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(13):33.
[5]万露露,范敦锦,王中煊,等.杜鹃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2023,51(13):54.
　Wan Lulu,et al.Analysis of chloroplast genome characteristics and codon usage bias of Rhododendron simsii[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):54.
[6]余涛,蒲芬,管芹,等.南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2023,51(15):35.
　Yu Tao,et al.Analysis of codon bias in chloroplast genome of Euphorbia peplus L.[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):35.
[7]程培蕾,严陶韬,高静瑶,等.古老月季叶绿体基因组密码子分析[J].江苏农业科学,2023,51(17):34.
　Cheng Peilei,et al.Analysis of codon for chloroplast genome of old Chinese rose[JY。]Cheng Peilei，et al(33)[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):34.
[8]龚意辉,谢雪阳,魏媛媛,等.金冠8-18油桃叶绿体全基因组序列特征及其系统发育[J].江苏农业科学,2023,51(19):30.
　Gong Yihui,et al.Characterization and phylogenetic analysis of complete chloroplast genome of Prunus persica var. nectarinacultivar Jinguan 8-18[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):30.
[9]龚意辉,唐诗眙,周桂花,等.黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子使用偏好性及影响因素分析[J].江苏农业科学,2023,51(20):28.
　Gong Yihui,et al.Codon usage bias of Capsicum annuum L. cv. Huangjingping chloroplast genome and its influence factors[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):28.
[10]秦斗文,徐庭亮,闫京艳,等.柔毛郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].江苏农业科学,2023,51(22):41.
　Qin Douwen,et al.Analysis of codon usage bias of chloroplast genome in Tulipa buhseana[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2023,51(13):41.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2020-10-20
基金项目：国家自然科学基金青年科学基金(编号：32001244)；广东省广州市科技计划(编号：20190301005)；广东省重点领域研发计划(编号：2020B020220009)。
作者简介：夏涵涵(1989—)，女，贵州遵义人，博士，副教授，从事进化生物学和群体遗传学研究。E-mail：xiahanhan@zhku.edu.cn。
通信作者：周厚高，博士，教授，从事观赏园艺研究。E-mail：zhouhougao@163.com。
更新日期/Last Update: 2021-07-05