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[1]郭俊伟,马雪璟,陈利文,等.基于转录组序列的万寿菊SSR标记开发及应用[J].江苏农业科学,2024,52(22):23-30.
　Guo Junwei,et al.Development and application of marigold (Tagetes erecta) SSR markers based on transcriptome sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2024,52(22):23-30.
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基于转录组序列的万寿菊SSR标记开发及应用(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第52卷
期数:
2024年第22期
页码:
23-30
栏目:
生物技术
出版日期:
2024-11-20

文章信息/Info

Title:
Development and application of marigold (Tagetes erecta) SSR markers based on transcriptome sequencing
作者:
郭俊伟; 马雪璟; 陈利文; 唐道城; 唐楠
青海大学高原花卉研究中心/青海省园林植物与观赏园艺重点实验室，青海西宁 810016
Author(s):
Guo Junwei; et al
关键词:
万寿菊; 简单重复序列(SSR); 多态性引物; 遗传多样性
Keywords:
-
分类号:
S682.1+10.32
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉，具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)位点信息，并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明，转录组测序共挖掘到10 182 个SSR位点，出现频率为16.07%，平均615 kb出现1个SSR位点。SSR位点共出现259种基序重复类型，其中三核苷酸是主要重复类型(48.51%)，其次是二核苷酸(27.05%)，二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元分别为AG/CT(37.22%)、ATC/ATG(28.63%)。筛选出10个多态性位点用于万寿菊资源的遗传多样性分析，平均期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为0.361、0.364。26份万寿菊材料的平均Shannon息指数(I)、期望杂合度(He)分别为0.642、0.475，遗传距离介于0.027～0.913之间，表明供试材料的遗传多样性较丰富。非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析结果表明，26份万寿菊材料在相似系数0.69处可分为两大类，其中花色相同的万寿菊属品种(系)聚为一类。综上，万寿菊转录组中SSR的出现频率较高、类型丰富、多态性高，为万寿菊种质资源鉴别与利用、遗传图谱构建和分子标记辅助选择等提供了备用分子标记，研究结果为今后万寿菊核心种质的选择、新品种的选育奠定了理论基础。
Abstract:
-

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2024-06-04
基金项目：青海省科技重点研发与转化计划(编号：2023-NK-151)。
作者简介：郭俊伟(1996—)，男，山西朔州人，硕士研究生，研究方向为园林植物遗传育种。E-mail：1625316366@qq.com。
通信作者：唐楠，博士，教授，研究方向为园林植物遗传育种。E-mail：natasha_tn@163.com。
更新日期/Last Update: 2024-11-20