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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第52卷

期数:

2024年第23期

页码:

174-181

栏目:

畜牧兽医与水产蚕桑

出版日期:

2024-12-05

文章信息/Info

Title:

Genetic diversity of microsatellite markers in miniature pigs

作者:

涂尾龙; 张莺莺; 黄济; 刁玉段; 周杰珂; 谈永松; 王洪洋

上海市农业科学院畜牧兽医研究所/上海种猪工程技术研究中心/农业农村部畜禽资源(猪)评价利用重点实验室，上海 201106

Author(s):

Tu Weilong; et al

关键词:

微卫星; 重复单元; 长度多态性; 小型猪; 分子标记

Keywords:

-

分类号:

S828.2

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

挖掘五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中全基因组SSR，比较分析4个猪种中SSR分布特性并进行功能性SSR注释，为小型猪种质资源的保存及利用提供分子标记。选取4个品种猪各15头，分别构建全基因组SSR文库并进行测序，结合生物信息学分析方法，统计不同类型SSR(双、三、四、五、六核苷酸)的数量、SSR重复单元的分布模式、SSR的长度多态性并对功能性SSR进行注释，比较分析4个小型猪品种中全基因组的SSR特性。对猪参考基因组和4个猪种全基因组SSR统计发现，五指山猪中SSR的数量最多，巴马猪和近交陆川猪其次，藏香猪中最少，且每个品种中双、三、四核苷酸SSR的数量占比最多，与猪参考基因组中不同类型SSR的占比结果相似。SSR重复单元的分布模式显示，4个猪种中双、五核苷酸SSR中重复单元的分布模式相同，藏香猪中三、四核苷酸SSR中重复单元的分布模式与其他3个猪种不同，而六核苷酸SSR中重复单元的分布模式在4个猪种中完全不同。SSR的长度多态性分析表明，五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中分别有19 957、14 099、20 671、14 120个长度多态性>1的SSR定位到猪参考基因组，其中，有2 518个SSR共同存在于4个品种中，而特异存在于4个猪种中的SSR分别有 5 173、2 802、5 969、4 463个。此外，对SSR进行注释发现，多态性SSR可能影响FGF23、MYF6、IGF1R和LEPROT等与猪的生长发育相关基因的编码区和调控区。本试验首次构建猪全基因组SSR文库并测序，在全基因组水平上比较分析4个小型猪品种的SSR，揭示了不同小型猪品种间SSR重复单元的分布模式存在差异，并对品种间共有及特异的SSR进行挖掘和注释，发现了可能与小型猪的生长发育相关具有长度多态性的SSR。本研究挖掘得到的SSR补充了猪基因组遗传变异信息和小型猪分子标记，建立的SSR分析方法可为不同物种、品种间SSR分析及鉴定工作提供参考。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2023-09-19
基金项目：上海市科技兴农技术创新项目(编号：X2022-02-08-00-12-F01106)。
作者简介：涂尾龙(1983—)，男，江西抚州人，博士研究生，高级畜牧师，主要从事动物遗传育种研究。E-mail：tuweilong@saas.sh.cn。
通信作者：王洪洋，博士，副研究员，主要从事动物遗传育种研究。E-mail：wanghongyang@saas.sh.cn。

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更新日期/Last Update: 2024-12-05