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[1]刘冬梅,娄喜艳,吴狄,等.基于棉花转录组测序的SSR分子标记的开发[J].江苏农业科学,2019,47(07):32-35.
　Liu Dongmei,et al.Excavation of SSR molecular markers based on transcriptome sequencing of cotton[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(07):32-35.
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基于棉花转录组测序的SSR分子标记的开发(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第47卷
期数:
2019年第07期
页码:
32-35
栏目:
生物技术
出版日期:
2019-05-10

文章信息/Info

Title:
Excavation of SSR molecular markers based on transcriptome sequencing of cotton
作者:
刘冬梅1;  娄喜艳2;  吴狄1;  喻拥1;  裴冬丽1
1.商丘师范学院生物与食品学院/植物与微生物互作省级重点实验室，河南商丘 476000； 2.商丘工学院土木工程学院，河南商丘 476000
Author(s):
Liu Dongmei; et al
关键词:
棉花; 转录组测序; SSR; 分子标记; 引物设计
Keywords:
-
分类号:
S562.024
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes，利用MISA软件进行搜索，得出简单重复序列(simple sequence repeat，简称SSR)的分布情况，共挖掘检索得到1 886个SSR位点，SSR的出现频率为3.27%。所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上，发生频率为3.05%，平均每20.8 kb会出现1个SSR位点。有117条Unigenes含有1个以上SSR位点，含有复合型SSR的Unigenes数目为56条，其中三核苷酸基元类型分布最多，SSR数量为 1 582个，占挖掘出总SSR数量的83.88%，而单、二、四、五、六核苷酸重复类型所占的比例较小。最后通过Primer 3程序进行SSR引物设计，得到部分引物序列，可用于棉花遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及种质资源的保存等。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2018-05-31
基金项目：国家自然科学基金(编号：31571997)；河南省高等学校重点科研项目(编号：16A210036)。
作者简介：刘冬梅(1978—)，女，黑龙江哈尔滨人，博士，讲师，主要从事棉花种植资源利用与创新研究。E-mail：liudongmei78@126.com。
通信作者：裴冬丽，博士，教授，主要从事植物与微生物互作研究。E-mail：peidongli@126.com。
更新日期/Last Update: 2019-04-05